inżynieria genetyczna

81.Zakładajac ze polimeraza Taq nie traci aktywności, a substraty PCR nie ulegają rozkładowi, można powiedzieć, że docelowa sekwencja DNA jest powielona po n-cyklach:

83. Spośród podanych temperatur wybrać która z największym powodzeniem da wydajne otrzymanie produktów PCR przeprowadzając dla startera 5’ GGTAATCGGTTAGGCTCC3’:

84.Który z podanych czynników istotny dla jednej z metod pozwalających na otrzymanie cDNA jest głównym winowajcą odpowiedzialnym za brak w cDNA informacji reprezentującej 5’ koniec transkryptu:

85.Wektor plazmidowy zawiera gen markerowy odpowiadający za odporność na erytromycynę (EryR) i gen markerowy odpowiedzialny za oporność na ampicylinę. Gen AmpR został przecięty enzymem restrykcyjnym a powstały w ten sposób plazmid połączono z fragmentem 1000pz o końcach komplementarnych do wektora. Które z poniższych fenotypów maja komórki transformowane:

86.Kolista cząsteczka DNA posiada n-miejsc restrykcyjnych EcoRI. Ile fragmentów DNA powstanie po całkowitym jej strawieniu? NIE MA TU ODPOWIEDZI DOBREJ ZAZNACZONEJ

87. Pożywka płynna M9: tutaj też nie czaję co ma być jako dobra odpowiedź

88. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilości, iż wartość pH wynosila ok. 12,35. Które z opisow sa prawdziwe: / Przygotowano ekstrakt z DNA, do którego dodano NaOH przez co pH zwiększyło się do 12,35. Jakie cechy tego eksrtaktu:

89. Pewien student zamierzał otrzymać bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrębie centrum aktywnego enzymu XYZ. Gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i fosfatazą usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy.

90. Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna FISH (Fluorescence in situ hybridization), a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy (mitozy?). Co zaobserwowano:

.91. Cztery klony BAC fragmentow ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecnosc sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecnosc w poszczegolnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecnosc STS w danym klonie:

92. Rysunek wektora pGEM3Z i wskazać cechy prawdziwe:

93. Rysunek z wektorem YAC

94. Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksytrifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram:

95. Plazmid X ma gen markerowy AmpR czyli na ampicyline opornosc. Bierzemy jakiś inny plazmid co ma geny oporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd. Tniemy go i kolekcję otrzymanych fragmentów wklonowujemy w nasz plazmid X, ten przenosimy do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:

96. Chromosome walking. Które czynności wybierzesz (niektóre) i w jakiej kolejności je ułożysz żeby otrzymac klony reprezentujące odcinek dna o długości 200kb. Na 1 koncu ma być gen A do którego już masz klon i możesz z niego zrobic sonde, na drugim koncu ma być gen odp za nowotwor piersi / Wyobraź sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegos genu, który, mozesz przypuszczac na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odleglosci nie wiekszej niz 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakies choroby (nowotworu). Sposrod podanych ponizej czynności prosze wybrac TYLKO NIEKTORE skladajace sie w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technike) ktory pozwoli na odczytanie sekwencji w tym obszarze 200kb.

97. Podane nizej enzymy restrykcyjne trawia DNA w specyficznych miejscach (jak ponizej): BamHI NheI Xbal EcoRI 5’-GˇGATCC-3’ 5’-GˇCTAGC-3’ 5’-TˇCTAGA-3’ 5’-GˇAATTC-3’ 3’-CCTAG^G-5’ 3’-CGATC^G-5’ 3’-AGATC^T-5’ 3’-CTTAA^G-3’ Wszystkie one hydrolizuja wiazanie fosfodiestrowe pomiedzy pierwszym a drugim nukleotydem (liczac od 5' konca każdej linii), przy czym produkty ....(tu niestety brak tresci ale to raczej malo istotne) Sposrod podanych ponizej zdan prosze wybrac prawdziwe:

98. były różne wartości/ W celu przeprowadzenia trawienia enzymem restrykcyjnym XYZ do 14ml próbki zawierającej DNA dodano 2 ml odpowiedniego dla tego enzymu buforu, 2 ml roztworu zawierającego enzym i 2 ml wody destylowanej, tak przygotowana mieszanina reakcyjna pracowała na optymalnych parametrach i z dużą wydajnością substratową. Wiedząc, że optymalne dla enzymu XYZ stężenie NaCl wynosi 100mM można wywnioskować iż w buforze wyjściowym wartość stężenia tej soli wynosi:

99. Mamy16 µl DNA w probowce. Do tego dodajemy kolejno 2 µl buforu oraz 2 µl roztworu z enzymem. Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 50mM to jakie bylo wyjsciowe stezenie tej soli dodawanym buforze

100. Mamy opisany eksperyment restrykcji jakiegoś faga. Najpierw 14ul DNA w probówce. Do tego dodajemy kolejno: 2ul buforu i 2 ul roztworu z enzymem. Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 100mM to jakie było wyjściowe stężenie tej soli dodawanym buforze?

101. W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny: