inżynieria genetyczna

61. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do eksperymentu pirosekwencjonowania DNA?

62. Wektor będący pochodną faga lambda (lambda EMBL4; replacement vector) poddano trawieniu enzymem EcoRI, a następnie powstałe produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposób “ramiona” wektora poddano ligacji z fragmentami DNA o końcach EcoRI i długości około 20 kb. Po ligacji upakowano fagi in vitro i infekowano nimi bakterie. Analizie poddano DNA wszystkich powstałych łysinek i zidentyfikowano takie, które zawierały:

63. W pewnym laboratorium prowadzono badania, których celem było scharakteryzowanie aktywatora transkrypcji genu glukokinazy wątrobowej. W tym celu korzystając z odpowiedniej biblioteki sklonowano gen, z wysokim prawdopodobieństwem kodujący ten aktywator. W celu eksperymentalnego potwierdzenia, że otrzymany DNA rzeczywiście koduje aktywator posłużono się testem zilustrowanym na przedstawionym poniżej schemacie. W teście tym wykorzystano dwa plazmidy - jeden z nich zawierał gen kodujący aktywator, drugi gen reporterowy. Plazmidami tymi transfekowano odpowiednie komórki. Które z poniższych twierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do testu zilustrowanego na schemacie:

64. Jednym z etapów eksperymentu zmierzającego do izolacji nieznanego czynnika transkrypcji (represora XYZ) była chromatografia jonowymienna. W celu identyfikacji frakcji zawierających ten czynnik posłużono się techniką odcisku stopy z wykorzystaniem DNazy I (ang. Dnase I footprinting). Jako sondę użyto znakowany radioizotopowo fragment DNA zawierający sekwencje elementu regulatorowego specyficznie oddziałującego z represorem XYZ. Na rysunku poniżej przedstawiono wyniki analizy autoradiograficznej żelu poliakrylamidowego otrzymanego po wykonaniu DNase I footprinting dla 22 frakcji (od 1 do 22) jakie otrzymano po chromatografii. Na autoradiogramie widoczne są też inne kontrolne/ pomocnicze ślady. Na podstawie analizy autoradiogramu można przypuszczać, że:

65. Kolejne zdjęcie żelu: brak tekstu zadania więc nie wiadomo jaka ma być odpowiedź

66. W celu wyznaczenia sekwencji 5’ końca transkryptu można posłużyć się metodą RACE. Kluczowym etapem RACE jest synteza polinukleotydu komplementarnego do transkryptu. Spośród enzymów/ odczynników podanych poniżej proszę wybrać te, które mogą być wtym celu użyteczne:

67. Produkty PCR, otrzymane przy pomocy polimerazy Taq zazwyczaj zawierają na swoich 5’ koncach niesparowane reszty A. Fakt ten można wykorzystać do klonowania tych produktów przy pomocy zlinearyzowanego, tzn. występującego w formie liniowej cząsteczki ds DNA, wektora plazmidowego posiadajacego na 3’ końcach komplementarne do produktu PCR reszty. Wektor w formie bezpośrednio nadającej się do ligacji z produktami PCR można otrzymac w laboratorium. W tym celu wektor plazmidowy jest trawiony w obrębie sekwencji polilinkerowej przez enzym restrykcyjny, którego produkty mają końce tępe. Spośród podanych poniżej enzymów/ odczynników prosze wybrać te, które pozwolą otrzymać, z tak przygotowanego wektora, wektor w formie nadającej się do klonowania zdefiniowanych powyżej produktów PCR:

68. Indukowane przez wirusa wyciszanie genów (virus induced gene silencing VIGS) to technika:

69. W analizie Southern (ang. Southern hybridization) fragment sekwencji genu aktyny z drożdży został użyty jako sonda do analizy fragmentów powstałych w wyniku trawienia EcoRI DNA genomowego z D. stramonium. Na autoradiogramie zaobserwowano jedno pasmo odpowiadające cząsteczkom DNA o długości 4 kb. Oznacza to, że:

70. Rysunek wektora (chyba Shuttle Vector). Co jest charakterystyczne tylko dla drożdży?

71. Poniżej podany jest schemat wektora. Korzystając z zawartych w schemacie informacji proszę wybrać te z cech/ charakterystyk, które są prawdziwe:

72. Charakterystyka wektora pBluescript II KS

73. Charakterystyka wektora pBluescript II KS(+/‐):

74. Które ze zdań dotyczących Nukleazy SI są poprawne?

75. Który ze zwiazków może być użyty jako substrat do enzymatycznego znakowania izotopem P32 fragmentu DNA o końcach tępych?

76.Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej:

77. Dwie próbki kompetentnych komórek E. coli poddano transformacji wektorem / plazmidem zawierającym gen AmpR (oporność na ampicylinę). Do pierwszej próbki dodano niewielką ilość pożywki i wylano na podłoże. Do drugiej również dodano niewielką ilość pożywki i wylano na podłoże bez antybiotyku, inkubowano przez 30 min w 37’C, a później na antybiotyk. Jakie zanotowano obserwacje:

78. Dla elektroforezy nie jest prawdą:

79. Enzym restrykcyjny ClaI rozpoznaje sekwencje ATˇCGAT i trawi wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy resztami T i C. Enzym restrykcyjny TaqI rozpoznaje sekwencje TˇCGA:

80. Może być użyty jako substrat do radioaktywnego znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu fragmentu Klenowa polimerazy I DNA: