molekularna egzamin

remodelowanie

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

Ubikiwitynacja(sygnał np. degradacji białka)

Metylacja

Acetylacja(ułatwia rozluźnieniu chromatyny, co sprzyja transkrypcji)

Przemieszczenie trans(translokacja odnosi się do zmian histonowych)

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

Ubikiwitynacja(sygnał np. degradacji białka)

Metylacja

Acetylacja(ułatwia rozluźnieniu chromatyny, co sprzyja transkrypcji)

zwiększa różnorodność genomu

zachodzi autokatalitycznie

Zachodzi przy udziale enzymów, np. polimerazy poli(A) (inny przykład to deaminaza przy Apolipoproteinie B 100 i 48)

Zachodzi już po transkrypcji

dodatkowa zmienność genetyczna

Zachodzi przy udziale enzymów, np. polimerazy poli(A) (inny przykład to deaminaza przy Apolipoproteinie B 100 i 48)

Zachodzi już po transkrypcji

dodatkowa zmienność genetyczna

żadna poprawna

5’ P laczy się z ε Lys

wymagają ATP – nie tylko Giraza wymaga

top. 1 rozcina 2 nici top. 2 jedną

przekształcają topoizomery, rozcinają DNA

zmieniają liczbę opleceń

przekształcają topoizomery, rozcinają DNA

zmieniają liczbę opleceń

10^8

Różne ramki odczytu

Różne rodzaje przeciwciał powstają przez ...

V,D,J,C

10^8

V,D,J,C

jeden

To się zmienia mogą być trzy albo dwa

dwa

cztery

trzy

To się zmienia mogą być dwa lub jeden

jeden

w splicuinu gr 1 następuje atak guaniny lub guanozyny ma na 2’ OH? Na miejsce splicingowe 5’ powinno być (tak, że powstaje wolna gr.3’0h egzonu pierwszego)

splajsing autokatalityczny grupy 1 wymaga guaznozyny lub guanylanu i wiąże się do miejsca splajsingowego 3’

w splicosomie uczestniczą katalityczne cząsteczki snRna - to było poprawne

gr 1 jest u Procaryota gr 2 u Eucaryota – u prokariota nie ma splicingu bo nie ma intronów!!!

w splicosomie uczestniczą katalityczne cząsteczki snRna - to było poprawne

organizmy eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa zmieniać metabolizm.

powstaje hybryda DNA – RNA(retrowirusy

Replikaza RNA-polimeraza RNA zalezna od RNA

odwrotna transkryptaza RNA zależna od DNA

wirusowa czy komórki gospodarza – wirusowa(to jest enzym wprowadzany do komórki gospodarza przez wirus razem z jego materiałem genetycznym)

stępuje etap gdzie o.t. tworzy DNA wirusowego RNA i potem integracja z chromosomem gospodarza

polimeraza DNA zalezna od DNA

2-niciowy RNA wbudowuje się do genomu (dwuniciowy DNA)

polimeraza DNA zalezna od RNA

organizmy eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa zmieniać metabolizm.

powstaje hybryda DNA – RNA(retrowirusy

stępuje etap gdzie o.t. tworzy DNA wirusowego RNA i potem integracja z chromosomem gospodarza

polimeraza DNA zalezna od RNA

Posiadają na końcu 5’ rejon bogaty w ppG( na końcu 5’ jest kap, który nie jest bogaty w ppG)

Posiadają na końcu 3’ ogon poliA , nie kodowany przez matryce

Translacja jest sprzężona z transkrypcja i zachodzi w tym samym czasie - tylko u prokariotów zachodzi jednocześnie, bo nie ma tam dojrzewania mRNA

Zazwyczaj powstają z premRNA

Posiadają na końcu 5’ rejon bogaty w ppG lub pppG

Posiadają na końcu 3’ ogon poliA , nie kodowany przez matryce

Zazwyczaj powstają z premRNA

który zachodzi przy udziale złożonych kompleksów białkowych np. Swi/Snfi i wpływa na ekspresję całego genomu -kompleks swi/snfi nie działa ogólnie na cały genom, ale wpływa na ekspresję tylko ograniczonej liczby genów - krótkie rejony w genomie, ale zachodzi przy udziale kompleksów białkowych Swi/Snfi

który jest indukowany przez zależny od energii proces osłabiający oddziaływania pomiędzy nukleosomem i związanym z nim DNA - (str. 284)

który jest bezwzględnie konieczny dla rozpoczęcia transkrypcji genu. - nie jest to niezbędny warunek

który wiąże się z intensywnymi modyfikacjami chemicznymi histonów - (zmiany struktury nukleosomu, poślizg lub przemieszczenie cis, transfer lub przemieszczenie trans)

które może skutkować tzw. przemieszczeniem cis, skutkujący transportem(?) nukleosomu na inną cząsteczkę DNA - przemieszczenie cis jest fizycznym przesunięciem nukleosomu wzdłuż nici DNA, a transprzeniesienie nukleosomu na inną cząsteczkę DNA lub dalszy fragment tej samej cząsteczki (str.285)

który jest indukowany przez zależny od energii proces osłabiający oddziaływania pomiędzy nukleosomem i związanym z nim DNA - (str. 284)

który wiąże się z intensywnymi modyfikacjami chemicznymi histonów - (zmiany struktury nukleosomu, poślizg lub przemieszczenie cis, transfer lub przemieszczenie trans)

które może skutkować tzw. przemieszczeniem cis, skutkujący transportem(?) nukleosomu na inną cząsteczkę DNA - przemieszczenie cis jest fizycznym przesunięciem nukleosomu wzdłuż nici DNA, a transprzeniesienie nukleosomu na inną cząsteczkę DNA lub dalszy fragment tej samej cząsteczki (str.285)

może uczestniczyć w procesie, w którym uczestniczy wielobiałkowy składnik zwany egzosomem, który degraduje mRNA przy udziale spokrewnionych z enzymami bakteryjnego degradosomu.

może przebiegać w procesie w którym następuje usuwanie czapeczek skutkiem czego dochodzi do usunięcia łańcuchów poliA, co z kolei prowadzi do braku translacji mRNA i szybkiego i szybkiego trawienia eksonukleotydów.

może przebiegac wg mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA (RNA surveillance), który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych

w prawidłowej, niezmienionej komórce (tzn. niezainfekowanej wirusami i nietransformowanej egzogennym DNA) może być skutkiem wyciszania RNA (interferencji RNA) dwuniciowe genomy wirusowe są wyciszane

może zachodzić w kierunku od 5’ do 3’ lub 3’ do 5’ w odróżeniniu od degradacji w komórkach bakteryjnych, która zawsze zachodzi w kierunku od 3’ do 5’ zachodzi w kierunku 5' -> 3'

może zależeć od obecności tzw. elementów niestabilności, znajdujących się w obrębie transkryptu

może uczestniczyć w procesie, w którym uczestniczy wielobiałkowy składnik zwany egzosomem, który degraduje mRNA przy udziale spokrewnionych z enzymami bakteryjnego degradosomu.

może przebiegac wg mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA (RNA surveillance), który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych

w prawidłowej, niezmienionej komórce (tzn. niezainfekowanej wirusami i nietransformowanej egzogennym DNA) może być skutkiem wyciszania RNA (interferencji RNA) dwuniciowe genomy wirusowe są wyciszane

może zależeć od obecności tzw. elementów niestabilności, znajdujących się w obrębie transkryptu

Rybosom dochodzi do końca sekwencji kodującej, uwalnia właściwie zsyntezowane białko i rozpoczyna syntezę nowego białka począwszy od następnego kodonu inicjacyjnego

Rybosom zatrzymuje się w czasie translacji, przesuwa o jeden nukleotyd do przodu lub do tyłu i potem kontynuuje translację.

Rybosom przeprowadza translację cząsteczki tRNA, która zawiera jeden dodatkowy nukleotyd lub brakuje w niej nukleotydu.

W czasie translacji cząsteczek RNA rybosomu pomija kodon.

Rybosom zatrzymuje się w czasie translacji przesuwa o jeden kodon do przodu lub do tyłu i potem kontynuuje translację.

Rybosom kończy translację na kodonie, który koduje aminokwas.

Rybosom zatrzymuje się w czasie translacji, przesuwa o jeden nukleotyd do przodu lub do tyłu i potem kontynuuje translację.

Niektóre RNA uczestniczące w tym procesie zawierają informację z dwóch genów, co skutkuje jednoczesną translacją, prowadzącą do dwóch produktów białkowych.

Składanie w układzie trans jest powszechnym zjawiskiem w odniesieniu do transkryptów genów człowieka.

Odbywa się pomiędzy eksonami zawartymi w obrębie różnych cząsteczek RNA.

eksony z różnych transkryptów RNA są łączone ze sobą

Sekwencje intronowe nie są usuwane z transkryptów RNA i podlegają translacji do białek.

Składanie w układzie trans zachodzi w sposób podobny do składania przebiegającego z wycinaniem intronów GUAG, z tym że zamiast lassa tworzona jest struktura widełek.

Następuje zastąpienie wybranych eksonów w niektórych transkryptach przez ekson liderowy.

Odbywa się pomiędzy eksonami zawartymi w obrębie różnych cząsteczek RNA.

eksony z różnych transkryptów RNA są łączone ze sobą

jest miejscem w jądrze komórkowym gdzie biegnie transkrypcja zależna od polimerazy RNAII

jest miejscem syntezy i obróbki cząsteczek rRNA

jest miejscem obróbki cząsteczek mRNA

jest rusztowaniem chromosomowym zmieniającym swoją strukturę w czasie podziału komórki co prowadzi do kondensacja chromosomów

jest miejscem ekspresji genów kodujących białka

jest miejscem w jądrze komórkowym gdzie biegnie transkrypcja zależna od polimerazy RNA I - polimeraza RNA I jest umieszczona w jąderku no i tworzy transkrypty komórkowe dla rRNA.

jest miejscem syntezy i obróbki cząsteczek rRNA

jest miejscem w jądrze komórkowym gdzie biegnie transkrypcja zależna od polimerazy RNA I - polimeraza RNA I jest umieszczona w jąderku no i tworzy transkrypty komórkowe dla rRNA.

w prawidłowej, niezmienionej komórce skutkuje powstaniem krótkich interferujących RNA o długości 21--28 nukleotydów. na tej podstawie wyciszane są wirusowe RNA

może zależeć od sekwencji znajdujących się w obrębie transkryptu – np. dzięki granicom egzon-intron

może zależeć od szlaku, którego jednym z elementów są cząsteczki RNA o strukturze spinki do włosów, powstające z prekursorowego RNA, syntezowanego przez polimerazę RNA II. chodzi o mikroRNA

może przebiegać, w procesie, w którym następuje usuwanie czapeczki mRNA skutkiem czego dochodzi do usunięcia łańcucha Poli(A), co z kolei prowadzi do braku translacji i szybkiego trawienia eksonukleolitycznego. na odwrót, najpierw łańcuch potem czapeczka

powoduje, że eukariotyczne mRNA są cząsteczkami żyjącymi dłużej niż ich odpowiedniki bakteryjne, jednak z typowym okresem półtrwania rzędu 10--20 minut. ssacze mRNA mogą kilka godzin, drożdże 10-20 minut, bakterie max kilka minut

może przebiegać według mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA, który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych.

może zależeć od sekwencji znajdujących się w obrębie transkryptu – np. dzięki granicom egzon-intron

może zależeć od szlaku, którego jednym z elementów są cząsteczki RNA o strukturze spinki do włosów, powstające z prekursorowego RNA, syntezowanego przez polimerazę RNA II. chodzi o mikroRNA

może przebiegać według mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA, który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych.

poszukiwanie pierwszego kodonu AUG od 5’ końca transkryptu hudrolizującego ATP hydroliza GTP

formylometionylo-tRNAf powstaje w reakcji:

peptydylotRNA może znajdować się zarówno w miejscu P lub A rybosomu, w zależności od fazy cyklu translacyjnego

mRNA policistronowe

czynnik elongacyjny Ts (EFTs) wiąże nukleotyd GTP, przez co w wyniku hydrolizy uwalnia się GDP EF-Ts łączy się z EF-Tu co powoduje odłączenie GDP od EF-Tu

czynnik elongacyjny Tu(EF-Tu) oddziałuje ze wszystkimi cząsteczkami aminoacetylo-tRNA oprócz fMet-tRNAf

fMet-tRNAf inicjatorowy wiąże się w przeciwieństwie do...

fMet-tRNAf zajmuje miejsce P jako jedyn h1-IF1 skierowuje fMet-tRNA od razu do miejsca P podczas inicjacji

peptydylotRNA może znajdować się zarówno w miejscu P lub A rybosomu, w zależności od fazy cyklu translacyjnego

mRNA policistronowe

czynnik elongacyjny Tu(EF-Tu) oddziałuje ze wszystkimi cząsteczkami aminoacetylo-tRNA oprócz fMet-tRNAf

fMet-tRNAf zajmuje miejsce P jako jedyn h1-IF1 skierowuje fMet-tRNA od razu do miejsca P podczas inicjacji

sygnałem terminacji transkrypcji jest część RNA o strukturze spinki do włosów przed kilkoma resztami UUU

za prawidłowe rozpoznanie miejsca startu transkrypcji odpowiada podjednostka alfa polimerazy RNA podjednostka sigma

promotory genów szoku cieplnego różnią się w sposób zasadniczy od typowych promotorów rozpoznawanych przez inne warianty odpowiedniej podjednostki polimerazy RNA

typowe promotory E.Coli zawierają w obrębie –10 tzw. Kasete tata, o sekwencji zgodnej TATAA kaseta TATA ma inną sekwencję niż podana, dodatkowo jest promotorem u eukariota a nie e.coli

heksametryczne białko RHO jest ATPazą w obecności jednoniciowego RNA i uczestniczy w terminacji transkrypcji niektórych genów E.coli (jest dobrze, ponieważ białko RHO ma aktywność ATPazową oraz działa również jak helikaza)

u E.coli wyspecjalizowane sygnały terminacji transkrypcji zwane atenuatorami podlegając regulacji określonych genów dostosowują się do potrzeb pokarmowych komórki np. operon tryptofanowy - jest tryptofan nie trzeba nic robić, koniec transkrypcji

mRNA policistronowe

sygnałem terminacji transkrypcji jest część RNA o strukturze spinki do włosów przed kilkoma resztami UUU

promotory genów szoku cieplnego różnią się w sposób zasadniczy od typowych promotorów rozpoznawanych przez inne warianty odpowiedniej podjednostki polimerazy RNA

heksametryczne białko RHO jest ATPazą w obecności jednoniciowego RNA i uczestniczy w terminacji transkrypcji niektórych genów E.coli (jest dobrze, ponieważ białko RHO ma aktywność ATPazową oraz działa również jak helikaza)

u E.coli wyspecjalizowane sygnały terminacji transkrypcji zwane atenuatorami podlegając regulacji określonych genów dostosowują się do potrzeb pokarmowych komórki np. operon tryptofanowy - jest tryptofan nie trzeba nic robić, koniec transkrypcji

mRNA policistronowe

połączenie zasady z cukrem nosi nazwę nukteozydu, bo nukleotyd to nukleozyd plus gr.fosforanowa.

eżeli A+G =30% to T może być więcej niż 20%(reguła Chargaffa)

deoksyryboza ma przy węglu 2’ wolną grupę OH (RYBOZA)

efekt hiperchromowy - efekt podczas topnienia DNA, który powoduje podwyższenie absorbancji przy długości fali 260 nm może być pytanie o efekt hipochromowy - obniżenie absorbancji!!

temp topnienia jest odwrotnie proporcjonalna do długości łańcucha temp. topnienia rośnie wraz z długością(wprost)

adenozyna i guanina wiąże się przez N9 z C1 deoksyrybozy wiązaniem N- -glikozydowym , a cytozyna i tymina przez N-1 z C1

komplementarne pary tworzą się pomiędzy puryna i puryną oraz pirymidyną i pirymidyną puryna z pirymidyną.(NIE)

nie pełnią funkcji strukturalnej(?)

zasady w superhelisie są wewnątrz helisy

guanina paruje się z cytozyna poprzez 3 wiązania wodorowe

dwuniciowe RNA może przyjmować strukturę A DNA.(podobną)

połączenie zasady z cukrem nosi nazwę nukteozydu, bo nukleotyd to nukleozyd plus gr.fosforanowa.

eżeli A+G =30% to T może być więcej niż 20%(reguła Chargaffa)

efekt hiperchromowy - efekt podczas topnienia DNA, który powoduje podwyższenie absorbancji przy długości fali 260 nm może być pytanie o efekt hipochromowy - obniżenie absorbancji!!

adenozyna i guanina wiąże się przez N9 z C1 deoksyrybozy wiązaniem N- -glikozydowym , a cytozyna i tymina przez N-1 z C1

zasady w superhelisie są wewnątrz helisy

guanina paruje się z cytozyna poprzez 3 wiązania wodorowe

Cykl ATPADP... sekwencję sygnałową z SRP i odłącza ją od …

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę ER

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

cząsteczka rozpoznająca sygnał (SRP) jest białkiem składającym się z 7 ahelis/ łańcuchów polipeptydowych

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez błonę

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę ER

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez błonę

białaczka

3 etapyetap drugià temperatura nie zalezy od długości startera; od długości startera zależy czas trwania drugiego etapu (2 etap- przyłączanie starterów (40-60oC) - w tym kroku startery reakcji przyłączają się do matrycowego DNA, temperatura zależy od temperatury topnienia starterów, a im dłuższy starter tym wyzsza temp topnienia- dlatego ta odp. jest zła)

coś z rearanżacjami chromosomówodp błędna (PCR to metoda powielania łańcuchów DNA polegająca na łańcuchowej reakcji polimerazy DNA w wyniku wielokrotnego podgrzewania i oziębiania próbki- nic nie znalazłam o żadnej rearanżacji chromosomów)

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

potrzebuje dwóch starterów komplementarnych do siebie jak w metodzie dideoksy (potrzebujemy parę starterów, które hybrydyzują z sekwencjami przylegającymi do sekwencji docelowej-każdy starter chyba musi być komplementarny do jednej nici, czyli dwa startery, ale NIE są komplementarne do siebie)

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów (wymaga termostabilnej DNA i wszystkich 4 dNTP)

białaczka

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów (wymaga termostabilnej DNA i wszystkich 4 dNTP)

są polimorficzne i odrzucają przeszczepy

kodowane przez HLA

MHC II- cd8(MHC klasy II prezentuje antygeny pomocniczym limfocytom T CD4+, a nie CD8+.)

MHC I- cd 4(Fałsz. MHC klasy I prezentuje antygeny cytotoksycznym limfocytom T CD8+, a nie CD4+.)

układ zawiera 3 grupy MHC I, MHC II, MHC III

Opryszczka (układ zgodności tkankowej)

są polimorficzne i odrzucają przeszczepy

kodowane przez HLA

układ zawiera 3 grupy MHC I, MHC II, MHC III