związek sygnalizacyjny, który jest białkiem, może działać, na przykład przez oddziaływanie z eksonowymi wzmacniaczami lub wyciszaczami składania RNA. (przez aktywację lub represję składania kompleksu inicjacji transkrypcji lub przez oddziaływanie ze wzmacniaczem lub wyciszaczem składania RNA)

laktoferyna, białko znajdowane w mleku ssaków, a w mniejszej ilości w krwioobiegu pełni rolę zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego, który może stymulować transkrypcję specyficznych genów. (wiąże żelazo/DNA, odgrywa rolę w obronie przed atakiem mikroorganizmów)

bezpośrednie oddziaływanie związku sygnalizującego z białkiem regulacyjnym obecnym w komórce ma miejsce tylko w przypadku komórek eukariotycznych. (operon laktozowy u E. Coli i wpływ allolaktozy ma białko regulacyjne

aktywatory transkrypcji, należące do nadrodziny receptorów jądrowych, są głównym celem dla hormonów steroidowych związków sygnalizujących wnikających do komórki i koordynujących szeroki zakres aktywności fizjologicznych u wyższych eukariontów. (aktywatory transkrypcji są głównym celem dla hormonów steroidowych, “inny zestaw receptorów białowych – nadrodzinę receptorów jądrowych, należą do tej samej klasy co receptory steroidów<- hormony nie są steroidami” Steroidowe to receptory jądrowe, a nadrodzina obejmuje niesteroidowe.)

rola glukozy, w odpowiedzi diauksycznej operonu laktozowego polega na tym że wywiera ona pośredni wpływ na aktywator kataboliczny (CAP, ang catabolite activator protein) dokonuje tego przez hamowanie aktywności cyklazy adenylowej. (glukoza nie oddziałuje bezpośrednio z CAP, kontroluje poziom cAMO poprzez hamowanie aktywności cyklazy adenylanowej)

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z dwóch subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.(ARS 4 subdomeny)

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B3. (B2)

Kompleks ORC działa jako pośrednik pomiędzy miejscem inicjacji replikacji z sygnałami regulacyjnymi odpowiedzialnymi za koordynację inicjacji replikacji z cyklem komórkowym.

Typowa sekwencja ARS jest zwykle dłuższa niż oriC w genomie E.coli.( (w e.coli 245 bp, w drożdżach 200 bp))

Identyfikacji sekwencji istotnych dla inicjacji replikacji DNA w tych komórkach dokonano stosując techniki badawcze wcześniej użyte do ustalenia sekwencji oriC bakteryjnego.

Wiąże cząsteczkę GTP potrzebną w procesie formowania kompleksu inicjacyjnego.(nie wiąże)

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzi w kierunku C -> N.

Blokuje łańcuch boczny Met tak, że nie może ona oddziaływać z czynnikiem inicjacyjnym IF-3.

żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N -> C ( u prokariota to dobra)

łączy inicjatorowy tRNA z dużą podjednostką rybosomu w czasie inicjacji translacji.(nie łączy u eukariota, raczej z mała jak już)

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA, TFIIH) pozostają związane z polimerazą RNA umożliwiając reinicjację. (pozostają związane z promotorem.)

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne oddysocjowują od promotora ale promotor jest ciągle eksponowany, co umożliwia szybkie ponowne zbudowanie kompleksu inicjującego. (nie wszystkie)

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA i TFIIH) pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację.

Domena Ckońcowa (CTD) polimerazy jest zaktywowana ze względu na defosforylację jaka miała miejsce w czasie pierwszej inicjacji. ze względu na fosforylację- dodanie grup fosforanowych, co zmienia właściwości jonowe polimerazy

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację. tylko TFIID, TFIIA, TFIIH

Inicjacja transkrypcji u Eukaryota różni się od inicjacji transkrypcji jaka ma miejsce w komórkach bakteryjnych, między innymi tym, że podstawowy poziom inicjacji transkrypcji eukariotycznej jest stosunkowo wysoki dla większości promotorów, z wyjątkiem najsłabszych.

Koaktywator, to białko, stymulujące inicjację transkrypcji przez specyficzne bezpośrednie wiązanie DNA. Koaktywator (białko) wiąże DNA niespecyficznie lub wpływa poprzez oddziaływania typu białko-białko

Powszechną cechą aktywatorów transkrypcji jest ich zdolność do bezpośredniego oddziaływania z kompleksem preinicjacyjnym polimerazy RNAII przez tzw. domenę poliprolinową Oddziaływania nie są bezpośrednie, ponieważ pośredniczy w nich mediator. Istnieją trzy domeny: kwaśna, poliglutaminowa, poliprolinowa. str. 323--324

Ilość zachodzących inicjacji transkrypcji polimerazy RNAII, zależy od tego, które moduły promotorowe danego genu w danym czasie są związane ze specyficznymi białkami (wiążącymi) s.321

Aktywatory transkrypcji są istotne dla inicjacji transkrypcji przez polimerazy RNAII i RNAIII, natomiast ich rola w przypadku polimerazy RNAI przeprowadzającej transkrypcję wielokrotnie powtórzonej jednostki transkrypcyjnej zawierającej sekwencję kodującą niektóre z rybosomalnych RNA nie jest dobrze określona. s.323

Moduły odpowiedzi(response modules)

Moduły regulatorów rozwoju

Moduł w kształcie palca cynkowego(struktura wiążąca DNA)

Moduły konstytutywne/ konserwatywne “Moduły konstytutywne nie odpowiadają na żadne sygnały tkankowo specyficzne czy rozwojowe”..

Moduły komórkowo specyficzne

Moduły represorów

Antysensowne cząsteczki RNA przyłączają się do nie ulegającego translacji regionu 3’ docelowego RNA.

Dwuniciowe interferujące cząsteczki RNA są wytwarzane z prekursorowego RNA kodowanego w genomie komórki.

Dwuniciowe cząsteczki RNA są cięte przez nukleazę na krótkie interferujące cząsteczki RNA.

Interferencja RNA może być przyczyną braku produktu białkowego kodowanego przez transgenu.

Krótkie interferujące cząsteczki RNA wiążą się z rybosomem, aby zapobiec translacji wirusowych mRNA.

Dwuniciowe cząsteczki RNA wiążą się z białkami, które blokują ich translację.

jeden z pary alleli ulega metylacji w procesie zależnym od tzw. elementów kontrolujących piętnowanie

b) piętnowaniu podlegają tylko geny kodujące białka. (są to zarówno geny kodujące białka, jak i geny kodujące funkcjonalny RNA.)

jest to bardzo często występująca cecha genomów ssaków. piętnowanie genomowe jest stosunkowo rzadką, ale ważną cechą genomów ssaków.(rzadko, ale jest ważne u ssaków)

Skutkiem piętnowania jeden gen z pary alleli ulega ekspresji, drugi jest metylowany i wyciszany. (zawsze ten sam gen z pary ulega)

funkcją piętnowania jest to, że DNA pary alleli (obu jednocześnie) homologicznych podlega metylacji, co skutkuje brakiem ich ekspresji. (tylko jeden z pary ulega mutacji)