inżynieria genetyczna

21. Poniżej podany jest schemat wektora. Korzystając z zawartych w schemacie informacji proszę wybrać te z cech/ charakterystyk, które są prawdziwe:Rys. Mapa wektora pGEM T Zaznaczono geny: amp oporności na ampicylinę, origin replikacji, lacZ oraz promotory T7 i SP6. Zaznaczono również miejsce do klonowania, które jest przerwane, a jego sekwencja na końcu 3’ zawiera tymidynę (T), co pozwala na szybkąligację odpowiednich produktów po reakcji PCR z wektorem.  Wektor ten posiada 3’ terminalne tymidyny, co zapobiega jego recyrkularyzacji, a jednoczeście pozwala na ligowanie z nim produktów reakcji PCR bez potrzeby cięcia nukleazami.  Jest to możliwe, ponieważ niektóre polimerazy (np. Taq polimeraza) pozostawiają na 3’ końcach wolne nukleotydy adeninowe komplementarne do pojedynczych tymidyn wektora pGEM-T Easy.

22. Wektor będący pochodną faga lambda (lambda EMBL4; replacement vector) poddano trawieniu enzymem EcoRI, a następnie powstałe produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposób “ramiona” wektora poddano ligacji z fragmentami DNA o końcach EcoRI i długości około 20 kb. Po ligacji upakowano fagi in vitro i infekowano nimi bakterie. Analizie poddano DNA wszystkich powstałych łysinek i zidentyfikowano takie, które zawierały:

23. W analizie Southern (ang. Southern hybridization) fragment sekwencji genu aktyny z drożdży został użyty jako sonda do analizy fragmentów powstałych w wyniku trawienia EcoRI DNA genomowego z D. stramonium. Na autoradiogramie zaobserwowano jedno pasmo odpowiadające cząsteczkom DNA o długości 4 kb. Oznacza to, że:

24. W pewnym laboratorium prowadzono badania, których celem było scharakteryzowanie aktywatora transkrypcji genu glukokinazy wątrobowej. W tym celu korzystając z odpowiedniej biblioteki sklonowano gen, z wysokim prawdopodobienstwem kodujący ten aktywator. W celu eksperymentalnego potwierdzenia, że otrzymany DNA rzeczywiście koduje aktywator posłużono się testem zilustrowanym na przedstawionym poniżej schemacie. W teście tym wykorzystano dwa plazmidy - jeden z nich zawierał gen kodujący aktywator, drugi gen reporterowy. Plazmidami tymi transfekowano odpowiednie komórki. Które z poniższych twierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do testu zilustrowanego na schemacie

25. Spośród podanych poniżej zestawów proszę wybrać zawierający najwłaściwsze uzupełnienia dla następującego twierdzenia: “ddNTP, używany do sekwencjonowania DNA metodą Sangera charakteryzuje się tym, że nie posiada on …....... przy węglach …..... i ….... .”

26. Jednym z etapów eksperymentu zmierzającego do izolacji nieznanego czynnika transkrypcji (represora XYZ) była chromatografia jonowymienna. W celu identyfikacji frakcji zwierających ten czynnik posłużono się techniką odcisku stopy z wykorzystaniem DNazy I (ang. Dnase I footprinting). Jako sondę użyto znakowany radioizotopowo fragment DNA zawierający sekwencje elementu regulatorowego specyficznie oddziałującego z represorem XYZ. Na rysunku poniżej przedstawiono wyniki analizy autoradiograficznej żelu poliakrylamidowego otrzymanego po wykonaniu DNase I footprinting dla 22 frakcji (od 1 do 22) jakie otrzymano po chromatografii. Na autoradiogramie widoczne są też inne kontrolne/ pomocnicze ślady. Na podstawie analizy autoradiogramu można przypuszczać, że:

27. Produkty PCR, otrzymane przy pomocy polimerazy Taq zazwyczaj zawierają na swoich 5’ koncach niesparowane reszty A. Fakt ten można wykorzystać do klonowania tych produktów przy pomocy zlinearyzowanego, tzn. występującego w formie liniowej cząsteczki ds DNA, wektora plazmidowego posiadajacego na 3’ końcach komplementarne do produktu PCR reszty. Wektor w formie bezpośrednio nadającej się do ligacji z produktami PCR można otrzymac w laboratorium. W tym celu wektor plazmidowy jest trawiony w obrębie sekwencji polilinkerowej przez enzym restrykcyjny, którego produkty mają końce tępe. Spośród podanych poniżej enzymów/ odczynników prosze wybrać te, które pozwolą otrzymać, z tak przygotowanego wektora, wektor w formie nadającej się do klonowania zdefiniowanych powyżej produktów PCR:

28. W celu wyznaczenia sekwencji 5’ końca transkryptu można posłużyć się metodą RACE. Kluczowym etapem RACE jest synteza polinukleotydu komplementarnego do transkryptu. Spośród enzymów/ odczynników podanych poniżej proszę wybrać te, które mogą być w tym celu użyteczne:

29. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do ligacji fragmentów DNA o koncach tępych przy pomocy topoizomerazy DNA?

30. Indukowane przez wirusa wyciszanie genów (virus induced gene silencing VIGS) to technika:

31. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do eksperymentu pirosekwencjonowania DNA?

32. Które z poniższych twierdzeń jest prawdziwe w odniesieniu do real- time PCR?

33. Aby komórki E.Coli uległy transformacji cząsteczkami rekombinowanych plazmidów komórki te muszą być:

e34. Które z poniższych elementów są konieczne do przeprowadzenia ekspresji sekwencji kodującej genu eukariotycznego w komórce bakteryjnej:

.35. Jeżeli fragment sekwencji nici DNA, która podlega sekwencjonowaniu jest 5’-AAACCCGGGTTTAAACCCGGGTTT-3’, to sekwencja oligonukleotydu, który ma być użyty jako starter/prajmer powinna być:

36. Eksperyment, którego celem jest określenie profilu genetycznego w oparciu o PCR, w trakcie którego wykorzystywanych jest jednocześnie kilka różnych zestawów starterów, nazywamy:

37. Które z opisanych poniżej problemów/ zjawisk mogą być przyczyną nieskutecznej ekspresji cDNA genu eukariotycznego w komórce bakteryjnej, przejawiającej się brakiem rozpuszczalnego produktu białkowego:

38. Które poniższych enzymów nie są potrzebne przy tworzeniu cDNA na matrycy z mRNA

39. Który z podanych niżej związków jest odpowiednim substratem do radioaktywnego znakowania 5’ końca startera, który zostanie wykorzystany do PCR, mającego na celu otrzymanie fragmentu DNA zawierającego znacznik 32P na jednym z 5’ końców:

40. W celu przeprowadzenia trawienia enzymem restrykcyjnym XYZ do 14ml próbki zawierającej DNA dodano 2 ml odpowiedniego dla tego enzymu buforu, 2 ml roztworu zawierającego enzym i 2 ml wody destylowanej, tak przygotowana mieszanina reakcyjna pozwoliła na otrzymanie prawidłowych i z dobrą wydajnością produktów. Wiedząc, że optymalne dla enzymu XYZ stężenie NaCl wynosi 100mM można wywnioskować iż w buforze wyjściowym wartość stężenia tej soli wynosi: