Fiszki
JUMPJET 1.1
Test w formie fiszek Biolomolo 1.1
Ilość pytań: 58
Rozwiązywany: 920 razy
Kwasy nukleinowe
W DNA obok standardowych wiązań fosfodiestrowych 3’-5’ występują także przejściowo 2’-5’. fosfodiestrowe
Podczas rozplatania dwuniciowej helisy DNA pod wpływem wzrostu temperatury następuje spadek absorbancji przy długości fali 260 nm
Temperatura topnienia DNA zależy od długości cząsteczki DNA w sposób odwrotnie proporcjonalny
Ryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 3’
Jednoniciowy RNA może tworzyć helisę z komplementarnym jednoniciowym DNA
Deoksyryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2’
Jednoniciowy RNA może tworzyć helisę z komplementarnym jednoniciowym DNA
Deoksyryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2’
Mutacja genów
Metylacja cytozyny w pozycji C5 może skutkować zwiększonym poziomem mutacji z powodu zachodzącej spontanicznie jej deaminacji
Głównym efektem działania światła ultrafioletowego jest powstanie wiązań kowalencyjnych łączących komplementarne zasady pirymidynowe w jednej nici DNA TAK
Głównym efektem działania światła ultrafioletowego jest powstanie wiązań kowalencyjnych łączących komplementarne zasady pirymidynowe w jednej nici DNA
Psoralen i jego chemiczne pochodne mogą połączyć kowalencyjnie dwie nici DNA
Produkt utlenienia guaniny, 8 - oksyguanina, tworzy wiązania wodorowe z adeniną
Wprowadzenie do DNA 5-bromouracylu zwiększa częstość pojawiania się insercji
Puste miejsca powstałe w wyniku wycięcia uszkodzonego DNA wypełnia polimeraza DNA III
Guanina ulega deaminacji oksydacyjnej do ksantyny
Hipoksantyna tworzy parę z cytozyną
Transwersja jest jednym z rodzajów delecji
Za usuwanie dimerów pirymidynowych w komórkach jest odpowiedzialne białko FGIR będące fotoligazą
Insercja polega na wstawieniu jednej lub większej liczby zasad do danej cząsteczki DNA
Zamiana zasady purynowej na purynę jest przykładem transwersji
Spontaniczne pojawienie się uracylu w DNA podlega naprawie polegającej na jego metylacji w odpowiedniej pozycji z utworzeniem tyminy
Metylacja cytozyny w pozycji C5 może skutkować zwiększonym poziomem mutacji z powodu zachodzącej spontanicznie jej deaminacji
Głównym efektem działania światła ultrafioletowego jest powstanie wiązań kowalencyjnych łączących komplementarne zasady pirymidynowe w jednej nici DNA TAK
Głównym efektem działania światła ultrafioletowego jest powstanie wiązań kowalencyjnych łączących komplementarne zasady pirymidynowe w jednej nici DNA
Psoralen i jego chemiczne pochodne mogą połączyć kowalencyjnie dwie nici DNA
Produkt utlenienia guaniny, 8 - oksyguanina, tworzy wiązania wodorowe z adeniną
Guanina ulega deaminacji oksydacyjnej do ksantyny
Hipoksantyna tworzy parę z cytozyną
Insercja polega na wstawieniu jednej lub większej liczby zasad do danej cząsteczki DNA
Spośród poniższych składników wybierz te, które są wymagane dla aktywności polimerazy DNA zależnej od DNA do przeprowadzenia reakcji syntezy nowego łańcucha (DNA):
Jony Mg2+
Wszystkie 4 aktywowane prekursory dATP, dCTP, dGTP, dTTP
Wszystkie 4 aktywowane prekursory ATP, CTP, GTP, TTP
Wszystkie 4 aktywowane prekursory 5’-trifosforany deoksyrybonukleozydów
Odcinek starterowy posiadający wolną grupę hydroksylową 5’
Jednoniciowa lub dwuniciowa matryca DNA
NAD+, który dostarcza energii do syntezy
Jony Mg2+
Wszystkie 4 aktywowane prekursory dATP, dCTP, dGTP, dTTP
Wszystkie 4 aktywowane prekursory 5’-trifosforany deoksyrybonukleozydów
Jednoniciowa lub dwuniciowa matryca DNA
Ligazy DNA
Mechanizm katalizowanej reakcji wymaga utworzenia związania kowalencyjnie enzym-adenylan
Źródłem energii dla danej ligazy może być ATP jak i NAD+
Mogą łączyć końce jednoniciowego DNA w formę kolistą
Wymagają końców DNA z wolną grupą 3’-OH oraz ufosforylowaną grupą hydroksylową 5’
Ligaza T4 bierze udział w przyłączeniu białka regulatorowego do sekwencji promotorowej
Wymaga kofaktora NAD+ albo ATP zależnie od źródła enzymu, dostarcza energii do tworzenia wiązań fosfodiestrowych
Katalizują tworzenie wiązań fosfatydylowych w miejscach zerwania łańcucha DNA
Jednym z etapów reakcji jest przeniesienie reszty AMP na ufosforylowany koniec 5’ DNA z utworzeniem wiązania bezwodnikowego
Wymagana w replikacji DNA do naprawy i rekombinacji
Katalizuje reakcje przez mechanizm, który wymaga aktywacji fosforanem DNA przez formowanie wiązania fosfobezwodnikowego z AMP
Katalizuje tworzenie się wiązania 3OH i 5P
Mechanizm katalizowanej reakcji wymaga utworzenia związania kowalencyjnie enzym-adenylan
Źródłem energii dla danej ligazy może być ATP jak i NAD+
Wymagają końców DNA z wolną grupą 3’-OH oraz ufosforylowaną grupą hydroksylową 5’
Wymaga kofaktora NAD+ albo ATP zależnie od źródła enzymu, dostarcza energii do tworzenia wiązań fosfodiestrowych
Wymagana w replikacji DNA do naprawy i rekombinacji
Katalizuje reakcje przez mechanizm, który wymaga aktywacji fosforanem DNA przez formowanie wiązania fosfobezwodnikowego z AMP
Katalizuje tworzenie się wiązania 3OH i 5P
Topologia DNA:
Wr-Liczba zwojów-liczba zwrotów, które oś dupleksu DNA wykonuje wokół osi superhelisy
Lk-liczba opleceń mówi, ile razy jedna nić DNA oplata prawoskrętnie drugą nić DNA i dlatego jest zawsze dodatnia dla DNA- B
liczba opleceń mówi ile razy jedna nić DNA oplata prawoskrętnie drugą nić DNA i dlatego jest zawsze dodatnią helisą typu B
Prokariotyczne izomerazy typu II katalizują
Liczba zwojów (Wr) jest cechą topologiczną
Liczba opleceń (Lk) naturalnie występująca u cząsteczek DNA, jest cechą dotyczącą wyłącznie DNA kolistego
Tw-liczba skrętów- móri nam ile razy jedna nić oplata się wokół osi dupleksu w DNA
Lk naturalnie występujących cząsteczek DNA nie jest cechą dotyczącą wyłącznie kolistego DNA
Lk=Tw+Wr
DNA chromosomów człowieka jest superskręcone negatywnie/ujemnie, dzięki toroidalnemu nawinięciu DNA na szkielet
Wr-Liczba zwojów- mówi nam ile razy oś helisy DNA oplata prawoskrętnie samą siebie
Lk-liczba opleceń- jest topologiczną właściwością DNA
Do zmiany konformacji cząsteczki DNA wystarczy jej rozplecenie i ponowne splecenie do nowej postaci bez przecinania którejkolwiek z nici, podczas gdy do zmiany topologii konieczne jej rozcięcie przynajmniej jednej z nici
Wr-Liczba zwojów-liczba zwrotów, które oś dupleksu DNA wykonuje wokół osi superhelisy
Lk-liczba opleceń mówi, ile razy jedna nić DNA oplata prawoskrętnie drugą nić DNA i dlatego jest zawsze dodatnia dla DNA- B
Tw-liczba skrętów- móri nam ile razy jedna nić oplata się wokół osi dupleksu w DNA
Lk naturalnie występujących cząsteczek DNA nie jest cechą dotyczącą wyłącznie kolistego DNA
Lk=Tw+Wr
DNA chromosomów człowieka jest superskręcone negatywnie/ujemnie, dzięki toroidalnemu nawinięciu DNA na szkielet
Wr-Liczba zwojów- mówi nam ile razy oś helisy DNA oplata prawoskrętnie samą siebie
Lk-liczba opleceń- jest topologiczną właściwością DNA
Do zmiany konformacji cząsteczki DNA wystarczy jej rozplecenie i ponowne splecenie do nowej postaci bez przecinania którejkolwiek z nici, podczas gdy do zmiany topologii konieczne jej rozcięcie przynajmniej jednej z nici
Wskaż zdania dotyczące dwuniciowej DNA, które są prawdziwe
Połączenie puryny z rybozą i pirymidyny z deoksyrybozą nosi nazwę nukleozydu
Komplementarne pary tworzą się między pirymidyna a pirymidyna, puryna a puryną
Deoksyryboza ma przy 3’ wolna grupę OH
Zasady w superhelisie znajdują się wewnątrz helisy prostopadle do osi helisy
Guanina paruje z cytozyną poprzez 3 wiązania wodorowe
Jest jednokierunkowa
Zasady w superhelisie znajdują się wewnątrz helisy prostopadle do osi helisy
Guanina paruje z cytozyną poprzez 3 wiązania wodorowe
Mamy oligonukleotyd, który ma tępe końce. Jakich odczynników musimy dodać, aby powstał peptyd o końcach lepkich:
Endonukleaza EcoRI
ATP
Pi
Ligaza z faga T-4
Kinaza polinukleotydowa
Endonukleaza EcoRI
ATP
Ligaza z faga T-4
Kinaza polinukleotydowa
Które zdania są prawdziwe o DNA
Ze wzrostem ilości nukleotydów temperatura topnienia wzrasta
Hiperchromizm jest to efekt podczas topnienia DNA, który powoduje obniżenie absorbancji przy promieniu 260 nm
Jeżeli na jednej nici A+G wynosi 30%, to możliwe jest by na drugiej T stanowiło 20%
Zawsze jest dwuniciowa
Paruje 5 zasad
Ze wzrostem ilości nukleotydów temperatura topnienia wzrasta
Jeżeli na jednej nici A+G wynosi 30%, to możliwe jest by na drugiej T stanowiło 20%
Które z poniższych zdań są cechami kodu genetycznego?
Znakami przestankowymi w kodzie genetycznym są zwykle cytozyny metylowane przy C-5
W różnych organizmach ten sam kodon może kodować inny aminokwas, co jest nazywane degeneracją kodu genetycznego
Jest całkowicie zdegradowany
61 trojek koduje aminokwasy
Kod genetyczny jest w pełni uniwersalny, co oznacza, że wszystkie systemy translacyjne organizmów żywych używają tego samego kodonu, lub tej samej grupy kodonów, dla tych samych aminokwasów.
Mutacja w sekwencji końca 5' cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon STOP w mRNA będzie rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas.
Kodony, które określają ten sam aminokwas są nazywane akronimami.
Każdy aminokwas może być kodowany przez więcej niż jeden kodon, przy czym skład pierwszej i drugiej zasady dla danego aminokwasu jest taki sam
Jest zdegenerowany
Sekwencja jest odczytywana kolejno, od określonego miejsca startowego
Mutacja w pętli antykodonu cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon STOP w mRNA będzie rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas
61 trojek koduje aminokwasy
Jest zdegenerowany
Sekwencja jest odczytywana kolejno, od określonego miejsca startowego
Mutacja w pętli antykodonu cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon STOP w mRNA będzie rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas
Gen
Introny kodują łączniki pomiędzy białkami
Splicing autokatalityczny jest jedną z metod do otrzymania białka o innnych właściwościach
Eukariota mają introny, a większość prokariota nie ma
W genie prokariota występuje współliniowa zależność pomiędzy genem i kodowanym przez niego białkiem.
Egzony mogą kodować całe domeny białek
Eukariota mają introny, a większość prokariota nie ma
Egzony mogą kodować całe domeny białek
Czym się różni polimeraza RNA od polimerazy DNA
Syntezę RNA ułatwia nukleofilowy atak na gr 2’
Jako startera wymaga RNA zamiast DNA
Wydłuża rosnący łańcuch w kierunku 5’->3’
Nie ma właściwości nukleazowej
Jako matryce wykorzystuje RNA zamiast DNA
Wymaga dUTP zamiast dTTP
Katalizuje tworzenie wiązań fosfodiestrowych tylko wtedy, gdy zasada przyłączonego nukleotydu jest komplementarna do zasady w łańcuchu stanowiącym matrycę
Wymaga jonu 2-wartościowego
Umożliwia syntezę łańcucha DNA poprzez atak nukleofilowy grupy hydroksylowej 3’ rosnącego łańcucha na atom fosforu w pozycji α odpowiedniego dNTP
Umożliwia syntezę łańcucha DNA poprzez ułatwienie ataku nukleofilowego grupy hydroksylowej 3’ rosnącego łańcucha na atom fosforu w pozycji alfa odpowiedniego bifosforanu deoksyrybonukleotydu
Nie ma właściwości nukleazowej
PCR
Klasyczny PCR może być wykorzystany do amplifikacji dwuniciowych matryc DNA
Metodą tą możemy skutecznie poddać amplifikacji także ten fragment cząsteczki DNA, którego sekwencji nie znamy, pod warunkiem, że znamy sekwencje go oskrzydlające (otaczające)
Składają się na niego 3 etapy: denaturacja w 90℃, hybrydyzacja w 72℃, elongacja, dla której temp jest zależna od długości startera
DNA jest syntezowany w sposób geometryczny
Wymaga użycia dwóch komplementarnych do siebie oligonukleotydów jako starterów
Ma ważne zastosowanie w mutagenezie ukierunkowanej sterowanej oligonukleotydem
Wymaga polimerazy DNA
Typowym enzymem wykorzystywanym w tej metodzie jest termostabilna polimeraza DNA z Thermus aquaticus, nazywana polimerazą Taq
Służy do wykrywania śladowych ilości wirusów i bakterii
Wykorzystywana do wykrywania białaczki (spowodowane rearanżacją chromosomów)
Klasyczny PCR może być wykorzystany do amplifikacji dwuniciowych matryc DNA
Metodą tą możemy skutecznie poddać amplifikacji także ten fragment cząsteczki DNA, którego sekwencji nie znamy, pod warunkiem, że znamy sekwencje go oskrzydlające (otaczające)
DNA jest syntezowany w sposób geometryczny
Ma ważne zastosowanie w mutagenezie ukierunkowanej sterowanej oligonukleotydem
Wymaga polimerazy DNA
Typowym enzymem wykorzystywanym w tej metodzie jest termostabilna polimeraza DNA z Thermus aquaticus, nazywana polimerazą Taq
Służy do wykrywania śladowych ilości wirusów i bakterii
Wykorzystywana do wykrywania białaczki (spowodowane rearanżacją chromosomów)
Która z odpowiedzi dotyczącej łańcuchowej polimeryzacji jest nieprawdziwa:
Potrzebne są: 2 odcinki startera, trifosforany 4 nukleozydów, polimeraza RNA
W PCR: 3 etapy: denaturacja w 90℃, hybrydyzacja w 72℃, elongacja , dla której temp jest zależna od długości startera
Służy do wykrywania rzadkich rodzajów białek
W reakcji PCR DNA jest wydłużane w sposób geometryczny
Produkty PCR są wykrywane przy pomocy western blotting
Można wykrywać śladowe ilości białek i cukrów
Potrzebne są: 2 odcinki startera, trifosforany 4 nukleozydów, polimeraza RNA
W PCR: 3 etapy: denaturacja w 90℃, hybrydyzacja w 72℃, elongacja , dla której temp jest zależna od długości startera
Produkty PCR są wykrywane przy pomocy western blotting
Można wykrywać śladowe ilości białek i cukrów
Jakie wiązanie występuje między nukleozydami?
Fosfodiestrowe
Beta-laktamowe
Glikozydowe
Kowalencyjne
Fosfodiestrowe
Cechy charakterystyczne mRNA eukariota
Posiadają na końcu 5’ rejon bogaty w ppG lub pppG
Translacja jest sprzężona z transkrypcją i zachodzi w tym samym czasie
Posiadają na końcu 3’ ogon poliA, niekodowany przez matryce
Zazwyczaj powstają z pre-mRNA
Posiadają na końcu 5’ rejon bogaty w ppG
Posiadają na końcu 3’ ogon poliA, niekodowany przez matryce
Zazwyczaj powstają z pre-mRNA
Odwrotna transkryptaza
Polimeraza DNA zależna od DNA
Polimeraza DNA zależna od RNA
Powstaje hybryda DNA-RNA
Odwrotna transkryptaza RNA zależna od DNA
Wirusowa czy komórki gospodarza
Replikaza RNA-polimeraza RNA zależna od RNA
Dwuniciowy RNA wbudowuje się do genomu
Organizmy eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa zmieniać metabolizm
Polimeraza DNA zależna od DNA
Polimeraza DNA zależna od RNA
Powstaje hybryda DNA-RNA
Organizmy eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa zmieniać metabolizm
Enzymy restrykcyjne: pocięto jakiś liniowy odcinek DNA enzymem EcoRV, obraz po elektroforezie uwidoczniono na żelu. Co możesz powiedzieć na podstawie rysunku poniżej; żel wybarwiono bromkiem etydyny; zwróć uwagę na słabo rozdzielone elementy o długościach 433 i 415 par zasad.
W żelu znajduje się bromek etydyny
Długość cząsteczki DNA wynosi 2220
Metoda ta może być stosowania do produktów ekspresji metody Sangera
Na tym odcinku DNA znajduje się 5 unikalnych miejsc restrykcyjnych rozpoznawanych przez enzym
Żadna z powyższych nie jest prawdziwa
Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o długości 210 pz
Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o długości 2220 pz
W żelu znajduje się bromek etydyny
Na tym odcinku DNA znajduje się 5 unikalnych miejsc restrykcyjnych rozpoznawanych przez enzym
Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o długości 210 pz
Co jest wymagane do przeprowadzenia reakcji Sangera, ale chodziło o to, że jest obecny zawsze w jednym z odczynników?
Matryca
γ-P32-ATP
Polimeraza DNA
2’,5’-dideoksy analog jednego z 4 dNTP
α-P32-ATP
Jeden z 4 dNTP
Wszystkie 4 dNTP
Matryca
Polimeraza DNA
α-P32-ATP
Chcesz syntezować nić DNA - co jest do tego niezbędne?
Polimeraza DNA
Aktywność egzonukleazowa 3---5’
Wszystkie 4 NTP
Wszystkie 4 dNTP
Matryca 1 lub 2 niciowa
Matryca komplementarna do startera
Starter z 3’-OH
Magnez
Polimeraza DNA
Wszystkie 4 dNTP
Matryca 1 lub 2 niciowa
Matryca komplementarna do startera
Starter z 3’-OH
Pytanie dotyczące usuwania deaminowanej cytozny do uracylu w DNA
Enzymy usuwające tę mutację – proces naprawy – glikozydaza uracylowa, potem endonukleaza AP, polimeraza DNA i ligaza na końcu
Jeżeli jest w mRNA to w znaczący sposób wpływa na ekspresję
Czy da to mutację CG – AT w niciach potomnych
Coś z tyminą, że jest obecna w RNA, mimo że koszt energetyczny syntezy jest większy niż w uracylu, występującym w RNA
Mutacje w DNA są widoczne we wszystkich następnych pokoleniach
Jest to spontaniczna modyfikacja, prowadzi do powstania nowych kodonów
Jeżeli jest w mRNA to w znaczący sposób wpływa na ekspresję
Jest to spontaniczna modyfikacja, prowadzi do powstania nowych kodonów