Inżynieria genetyczna

Spośród podanych temperatur wybrać która z największym powodzeniem da wydajne otrzymanie produktów PCR przeprowadzając dla startera 5’ GGTAATCGGTTAGGCTCC3’:

Wektor plazmidowy zawiera gen markerowy odpowiadający za odporność na erytromycynę (EryR) i gen markerowy odpowiedzialny za oporność na ampicylinę. Gen AmpR został przecięty enzymem restrykcyjnym a powstały w ten sposób plazmid połączono z fragmentem 1000pz o końcach komplementarnych do wektora. Które z poniższych fenotypów maja komórki transformowane:

Kolista cząsteczka DNA posiada n-miejsc restrykcyjnych EcoRI. Ile fragmentów DNA powstanie po całkowitym jej strawieniu?:

Pewien student zamierzał otrzymać bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrębie centrum aktywnego enzymu XYZ. Gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i fosfatazą usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy.

Rysunek z wektorem YAC

Fragmenty / ramiona (o łącznej długości 30kb) WEKTORA ZASTĘPCZEGO z faga . poddawano ligacji z fragmentami DNA majacymi prawidlowe konce lepkie odpowiednie do ramion wektora. Jaki maksymalny rozmiar mogl mieć wsczepiany w ten wektor odcinek (insert):

Nokaut genu mysiego spowoduje, że komórki macierzyste będą / Jednym z etapów doświadczenia, którego celem jest nokaut mysiego genu jest selekcja komórek macierzystych, które są:

Załóżmy, ze w plazmidzie, który jest kolistą cząsteczką , na którą składa się 3200 pz występują sekwencja rozpoznawane prze EcoRI położone w odległości : 400, 700, 1400 i 2600 pz od arbitralnie położonego punktu zerowego . Po całkowitym trawieniu wymienionym enzymem – powstaną produkty:

Pewien haploidalny szczep grzyba Neurospora jest transgeniczny pod wzgledem genu lucyferazy (gen LUX). Gen ten nie wystepuje w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny zostal skrzyzowany ze szczepem dzikim a powstale aksospory poddano analizie PCR wykorzystujac startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakladajac, ze PCR przeprowadzono w sposob optymalny mozna przypuszczac ze udzial aksospor dla ktorych zidentyfikowano specyficzny produkt wynosil:

Obserwowane pasma obrazują wszystkie produkty jakie powstały w wyniku trawienia długiego fragmentu, które z poniższych twierdzeń są prawdziwe:

Jaka technika może być użyta do inaktywacji genu bez uszkodzenia jego sekwencji ?

Cechy charakterystyczne dla ligazy:

Jakie czynniki są w mieszaninie reakcyjnej w metodzie dideoksy Sangera?

Pojedyncza mieszanina reakcyjna stosowana w sekwencjonowaniu termicznym (thermal cycle sequencing) musi zawierać:

Do czego można użyć techniki PCR?

Po PCR otrzymuje się fragment zawierający AAA na 3’końcu. Czego należy użyć, aby w 1 etapie otrzymać DNA o końcach tępych i wbudować do wektora, którego końce zaopatrzone są w sekwencję złożoną z TTT? / Jak należy skonstruować prawidłowy wektor dla tego fragmentu?

Co potrzeba do złączenia wektora linearnego o tępych końcach z produktem reakcji PCR prowadzonej za pomocą polimerazy Taq?

Co jest nieprawdziwe dla faga lambda?

Było podane 5 enzymów restrykcyjnych. Wskazać, które mogą być użyte, żeby otrzymać lepkie końce? GC str 53

Szczególnie użytecznymi cechami wektora używanego do klonowania są:

Które z podanych poniżej związków jest odpowiednim substratem do radioaktywnego oznakowania cDNA o końcach tępych, który zostanie wykorzystany do eksperymentu footprintingu:

EMSA, jakie odczynniki potrzebne?

Przy pomocy nukleazy S1 mozna znakowac koniec 5' trankskryptu. Przy pomocy tego samego enzymu mozna zmapowac tez 3' koniec po wprowadzeniu odpowiednmich zmian do naszych działan. Ktore z ponizszych czynnosci ma miejsce TYLKO podczas mapowania 3' konca :

Cztery klony BAC fragmentów ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecność sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecność w poszczególnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecność STS w danym klonie:

Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram :

10. Podane niżej enzymy restrykcyjne trawią DNA w specyficznych miejscach (jak poniżej) : Wszystkie one hydrolizują wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy pierwszym a drugim nukleotydem (licząc od 5' końca każdej linii – czyli lepkie końce robią), przy czym produkty (tu niestety brak tresci ale to raczej malo istotne) Spośród podanych poniżej zdań proszę wybrać prawdziwe:

Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcąc go wykryć użyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Była to metoda fluorescencyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano

Odwrotna genetyka (reverse genetics) to metoda badawcza, której celem jest określenie funkcji genu, na drodze eksperymentalnej. Które z poniższych stwierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do odwrtonej genetyki:

SAGE (serial analysis of gene expression) czyli seryjna analiza ekspresji genów to metoda:

Drożdżowy system dwuhybrydowy może być użyty do bezpośredniej identyfikacji:

Która z podanych poniżej metod, używanych do funkcjonalnej inaktywacji genu, powodują zmianę jego sekwencji: