inżynieria genetyczna

1.Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej:

2.Pytanie na temat pożywki M9 :(jej charakterystyka)

3. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilosci iz wartosc pH wynosila 12.5 Ktory z opisow / charakterystyk jest prawdziwe:

4.Przy pomocy nukleazy S1 mozna znakowac koniec 5' trankskryptu. Przy pomocy tego samego enzymu mozna zmapowac tez 3' koniec po wprowadzeniu odpowiednmich zmian do naszych działan. Ktore z ponizszych czynnosci ma miejsce TYLKO podczas mapowania 3' konca :

5. Pewien student zamierzał otrzymac bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrebie centrum aktywnego enzymu XYZ. No i madrala zrobił jakoś tak: gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i kinazą polinukleotydową usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy.

6.Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcąc go wykryć użyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Była to metoda fluorescencyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano:

7.Cztery klony BAC fragmentów ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecność sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecność w poszczególnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecność STS w danym klonie: STS DNA 1 2 3 4 5 A + + + B + + C + + D + +

8.Byl rysunek wektoru (umieszczam jego dolny fragment ☺ niestety wiecej nie mam):

9.Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram : ddATP ddCTP ddGTP ddTTP 3’ 5’ Która sekwencja będzie odpowiadała sekwencji nici matrycowej (czyli badanej):

10. Każdy rodzic ma dwa allele genu X. może on mieć postać dziką - dominującą(A) -ZDROWA...albo zmutowaną - recesywną(a)- wywołuje hemofilie albo cos równie paskudnego – o już wiem : anemie sierpowatą. W przypadku zmutowanej wersji gen nie jest przecinany przez enzym restrykcyjny np. EcoRI bo nie ma miejsca rozpoznawanego przez ten enzym i otrzymujemy jeden tylko fragment o dł. 1,3 kb. Jeśli tniemy gen dziki to otrzymujemy 2 fragmenty : 1,1kb i 0,2 kb. Znaczy gdzieś tam w środku ma jedno miejsce które jest rozpoznawane przez ten enzym restrykcyjny. Pytanie: Jakie fragmenty będziemy widzieć u rodziców których PRZYSZLE DZIECKO MA 25% PRAWDOPODOBIENSTWO NA ZACHOROWANIE NA TĄ CHOROBE

Plazmid X ma gen markerowy AmpR czyli na ampicyline opornosc. Bierzemy jakiś inny plazmid co ma geny oporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd. Tniemy go i kolekcję otrzymanych fragmentów wklonowujemy w nasz plazmid X, ten przenosimy do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:

12.Wyobraź sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegoś genu, który, możesz przypuszczać na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odległości nie większej niż 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakieś choroby. Spośród podanych poniżej czynności proszę wybrać TYLKO NIEKTORE składające się w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technikę) który pozwoli na odczytanie sekwencji w tym obszarze 200kb. A) częściowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania zachodzących na siebie (względem sekwencji) fragmentów o dl ok. 20 kb B) całkowite (wyczerpujące) trawienie DNA enzymem EcoRI C) izolacja ludzkiego genomowego DNA D) izolacja genomowego DNA z E.coli E) Northern-blotting sondą otrzymana przy wykorzystaniu genu A F) powtarzanie czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach do momentu otrzymania odpowiedniej ilości klonów G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda H) przeszukiwanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w oparciu o sekwencje genu A w etapie pierwszym, potem izolacja klonu hybrydowanego z sonda I) subklonowanie fragmentu z końca nowoizolowanego klonu w celu otrzymania nowej sondy do ponownego przeszukiwania biblioteki i identyfikacji nowego klonu hybrydyzowanego z sond Proszę wybrać, który z poniższych zapisów, następujących po sobie czynności składających się na scharakteryzowany powyżej eksperyment, jest prawidłowy :

13. Podane niżej enzymy restrykcyjne trawią DNA w specyficznych miejscach (jak poniżej) : BamHI NheI Xbal EcoRI 5’-GGATCC-3’ 5’-GCTAGC-3’ 5’-TCTAGA-3’ 5’-GAATTC-3’ 3’-CCTAGG-5’ 3’-CGATCG-5’ 3’-AGATCT-5’ 3’-CTTAAG-5’ Wszystkie one hydrolizują wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy pierwszym a drugim nukleotydem (licząc od 5' końca każdej linii – czyli lepkie końce robią), przy czym produkty ....(tu niestety brak tresci ale to raczej malo istotne) Spośród podanych poniżej zdań proszę wybrać prawdziwe:

14.Mamy opisany eksperyment restrykcji jakiegoś faga. Najpierw 16 µl DNA w probówce. Do tego dodajemy kolejno: 1. 2µl buforu 2. 2 µl roztworu z enzymem Pytanie: Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 50mM to jakie było wyjściowe stężenie tej soli w dodawanym buforze (po obliczeniach rozcieńczenie buforu wyszło R=10)

15. W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny:

y)16.Dwie próbki kompetentnych komórek E.coli poddano transformacji wektorem zawierającym gen AmpR (opornosc na ampicyline). I potem mamy dwie różne sytuacje: 1. dodano do nich niewielka ilosc pozywki plynnej i po ok. 2 min umieszczono na pożywce zawierająca ampicylinę. 2. dodano ta sama ilosci pozywki plynnej i po 30 min inkubacji umieszczono na pożywce z ampicylina. Jakie zanotowano obserwacje:

17.Fragmenty (ramiona - w sumie 30kb) WEKTORA ZASTĘPCZEGO poddawano ligacji z fragmentami DNA majacymi prawidlowe konce lepkie odpowiednie do ramion wektora. Jaki maksymalny rozmiar mogl mieć wsczepiany w ten wektor odcinek:

18.Doświadczenie ktorego celem jest nokaut genu mysiego XYZ. Komórki macierzyste, do których wprowadzany jest gen rekombinowany:

19.Kulisty DNA poddano linearyzacji enzymem dajacym konce lepkie. Nastepnie potraktowano go nukleza S1 i po zahamowaniu aktywnosci tejze nukleazy uzyto terminalej transferazy przy obecnosci dNTP. Najprawdopodobniej końce powstalego fragmentu DNA beda mialy charakter taki jak te pokazane w punkcie :

20. Pewien haploidalny szczep grzybaa Neurospora jest transgeniczny pod wzgledem genu lucyferazy. Gen ten nie wystepuje w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny zostal skrzyzowany ze szczepem dzikim a powstale askospory poddano analizie PCR wykorzystujac startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakladajac, ze PCR przeprowadzono w sposob optymalny mozna przypuszczac ze udzial askospor dla ktorych zidentyfikowano specyficzny produkt wynosil :