Fiszki
biochemia kolos I
Do identyfikacji obszarów DNA, w których położone są zmutowane geny nie można wykorzystać metody RFLP [można, tniemy DNA endonukleazami restrykcyjnymi i wykrywamy zmiany w DNA w miejscach ich rozpoznawania]
RFLP - polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych -> pozwala wykrywać zaburzenia dziedziczone takie jak anemia sierpowata, β-talasemia, fenyloketonuria, choroba Huntingtona. Obejmuje cięcie dsDNA przez enzymy- endonukleazy restrykcyjne
Analiza ekspresji genów może odbywać się na poziomie mRNA lub białka. W pierwszym przypadku po wyizolowaniu komórkowego RNA przeprowadza się reakcję odwrotnej transkrypcji w celu przepisania cząsteczek mRNA na cDNA, a następnie przy użyciu metody PCR powiela się konkretne cDNA. Po powieleniu, DNA z łatwością daje się oddzielić od reszty, która nie została powielona podczas elektroforezy w żelu agarozowym. Obecność prążka o określonej ilości par zasad, widzianego w świetle UV świadczy o ekspresji genu na poziomie mRNA
Ekspresja mRNA -> Northern blot
Ekspresja na poziomie białka -> Western blot
Tylko RNA [RT-PCR]
Elektroforeza w żelu poliakrylamidowym z SDS [tylko od masy, bo SDS nadaje wszystkim białkom ten sam silny ładunek ujemny, dzięki czemu prędkość ich poruszania w elektroforezie zależy od ich masy, nie od ładunku]
W pH = pI białko nie porusza się w polu elektrycznym i ma największą rozpuszczalność [w tym punkcie wartość ładunku elektrycznego białka oraz jego przewodnictwo jest najmniejsze, ponadto białka wykazują również najmniejszą ruchliwość i w związku z tym wiele z nich ulega wówczas wytrąceniu lub też przejściu z postaci zolu na powstać żelu. W punkcie izoelektrycznym białka cechuje też najmniejsza lepkość, zdolność pęcznienia i rozpuszczalność oraz wartość ciśnienia osmotycznego
W pH = pI białko ma najmniejszą rozpuszczalność i wędruje odpowiednio do katody i anody [największą]
chromatografia powinowactwa [najwyższa prezycyjność]
Białkiem globularnym występującym w macierzy pozakomórkowej tkanki łącznej [fibrylarnym]
Skleroproteiną przestrzeni wewnątrzkomórkowej [zewnątrzkomórkowej]
Nadmiar kwasu askorbinowego prowadzi do upośledzenia syntezy kolagenu [witamina C jest rozpuszczalna w wodzie, więc nie da się jej przedawkować; niedobór witaminy C by upośledzał, bo hydroksylazy potrzebują witaminy C]
Kolagen wydzielany jest poza komórkę w formie dojrzałej [niedojrzałej, bo poza komórką jeszcze dochodzi chociażby do ograniczonej proteolizy]
Hydroksyprolina wchodząca w skład kolagenu posiada bezpośredni kodon w mRNA [nie, bo powstaje na drodze hydroksylacji proliny]
Wszystkie kolageny mają strukturę 3-rzędową / potrójnej helisy / superhelisy (ale niektóre ''paciorkowe'' FACIT)
W kolagenie wiązania dwusiarczkowe powstają na etapie tworzenia się struktury trójhelikalnej (III-rzędowa)
Kolageny w błonach: IX, VI, VII
Do kolagenów tworzących układ sieciowy zaliczamy kolageny typu: [kolageny usiateczkowane]