biolomolo egzamin

Dwuniciowe interferujące cząsteczki RNA są wytwarzane z prekursorowego RNA kodowanego w genomie komórki.

Krótkie interferujące cząsteczki RNA wiążą się z rybosomem, aby zapobiec translacji wirusowych mRNA.

Antysensowne cząsteczki RNA przyłączają się do nie ulegającego translacji regionu 3’ docelowego RNA

Dwuniciowe cząsteczki RNA są cięte przez nukleazę na krótkie interferujące cząsteczki RNA

Dwuniciowe cząsteczki RNA wiążą się z białkami, które blokują ich translację.

Interferencja RNA może być przyczyną braku produktu białkowego kodowanego przez transgen.

Dwuniciowe cząsteczki RNA są cięte przez nukleazę na krótkie interferujące cząsteczki RNA

Interferencja RNA może być przyczyną braku produktu białkowego kodowanego przez transgen.

sekwencje które w swoich normalnych położeniach izolują poszczególne geny danej domeny funkcjonalnej

Sekwencja występująca wyłącznie w genomie Drosophilia melanogaster

sekwencje o długości 1­2 kb wyznaczające granice domen, tzw. domen funkcjonalnych charakteryzujących się zwartą strukturą

Sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji’’ między sąsiednimi domenami.

sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnego (tak), przejawiającego się w nieobecności izolatorów zamiennością lokalizacji, w której wbudowywany jest rekombinowany gen.

sekwencje które najprawdopodobniej do spełniania swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie zarówno izolatory jak i sieć włókien zbudowanych z RNA i białek przenikających całe jadro.

Sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji’’ między sąsiednimi domenami.

sekwencje które najprawdopodobniej do spełniania swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie zarówno izolatory jak i sieć włókien zbudowanych z RNA i białek przenikających całe jadro.

w jej skład wchodzi np DNA centromerów i telomerów

zawiera ona geny nieaktywne w pewnych komórkach lub na niektórych etapach cyklu komórkowego

jest jednym z głównych składników chromosomu Y

w rejonach, w których występuje heterochromatyna konstytutywna można zaobserwować przy pomocy mikroskopu elektronowego pętle zbudowane z włókna chromatynowego.

w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

można ją obserwować czasami w pewnych komórkach

zawiera ona DNA który ma zwartą strukturę

jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci

w jej skład wchodzi DNA nie zawierający żadnych genów.

w jej skład wchodzi np DNA centromerów i telomerów

jest jednym z głównych składników chromosomu Y

w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

zawiera ona DNA który ma zwartą strukturę

w jej skład wchodzi DNA nie zawierający żadnych genów.

Moduły represorów

Moduły konstytutywne

Moduły regulatorów rozwoju

Moduły odpowiedzi(response modules)

Moduł w kształcie palca cynkowego

Moduły komórkowo specyficzne

Moduły odpowiedzi(response modules)

Aktywatory transkrypcji są istotne dla inicjacji transkrypcji przez polimerazy RNAII i RNAIII, natomiast ich rola w przypadku polimerazy RNAI przeprowadzającej transkrypcję wielokrotnie powtórzonej jednostki transkrypcyjnej zawierającej sekwencję kodującą niektóre z rybosomalnych RNA nie jest dobrze określona

Koaktywator, to białko, stymulujące inicjację transkrypcji przez specyficzne bezpośrednie wiązanie DNA.

Inicjacja transkrypcji u Eukaryota różni się od inicjacji transkrypcji jaka ma miejsce w komórkach bakteryjnych, między innymi tym, że podstawowy poziom inicjacji transkrypcji eukariotycznej jest stosunkowo wysoki dla większości promotorów, z wyjątkiem najsłabszych.

Powszechną cechą aktywatorów transkrypcji jest ich zdolność do bezpośredniego oddziaływania z kompleksem preinicjacyjnym polimerazy RNAII przez tzw. domenę poliprolinową

Ilość zachodzących inicjacji transkrypcji polimerazy RNAII, zależy od tego, które moduły promotorowe danego genu w danym czasie są związane ze specyficznymi białkami

Aktywatory transkrypcji są istotne dla inicjacji transkrypcji przez polimerazy RNAII i RNAIII, natomiast ich rola w przypadku polimerazy RNAI przeprowadzającej transkrypcję wielokrotnie powtórzonej jednostki transkrypcyjnej zawierającej sekwencję kodującą niektóre z rybosomalnych RNA nie jest dobrze określona

Ilość zachodzących inicjacji transkrypcji polimerazy RNAII, zależy od tego, które moduły promotorowe danego genu w danym czasie są związane ze specyficznymi białkami

Domena C­końcowa (CTD) polimerazy jest zaktywowana ze względu na defosforylację jaka miała miejsce w czasie pierwszej inicjacji

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA, TFIIH) pozostają związane z polimerazą RNA umożliwiając reinicjację

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA i TFIIH) pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne oddysocjowują od promotora ale promotor jest ciągle eksponowany, co umożliwia szybkie ponowne zbudowanie kompleksu inicjującego

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA i TFIIH) pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

łączy inicjatorowy tRNA z dużą podjednostką rybosomu w czasie inicjacji translacji

Wiąże cząsteczkę GTP potrzebną w procesie formowania kompleksu inicjacyjnego.

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzi w kierunku C­>N.

Blokuje łańcuch boczny Met tak, że nie może ona oddziaływać z czynnikiem inicjacyjnym IF­3.

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N­>C

żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z dwóch subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.

Identyfikacji sekwencji istotnych dla inicjacji replikacji DNA w tych komórkach dokonano stosując techniki badawcze wcześniej użyte do ustalenia sekwencji oriC bakteryjnego.

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B3.

Kompleks ORC działa jako pośrednik pomiędzy miejscem inicjacji replikacji z sygnałami regulacyjnymi odpowiedzialnymi za koordynację inicjacji replikacji z cyklem komórkowym.

Typowa sekwencja ARS jest zwykle dłuższa niż oriC w genomie E.coli

Identyfikacji sekwencji istotnych dla inicjacji replikacji DNA w tych komórkach dokonano stosując techniki badawcze wcześniej użyte do ustalenia sekwencji oriC bakteryjnego.

Kompleks ORC działa jako pośrednik pomiędzy miejscem inicjacji replikacji z sygnałami regulacyjnymi odpowiedzialnymi za koordynację inicjacji replikacji z cyklem komórkowym.

związek sygnalizacyjny, który jest białkiem, może działać, na przykład przez oddziaływanie z eksonowymi wzmacniaczami lub wyciszaczami składania RNA.

aktywatory transkrypcji, należące do nadrodziny receptorów jądrowych, są głównym celem dla hormonów steroidowych ­związków sygnalizujących wnikających do komórki i koordynujących szeroki zakres aktywności fizjologicznych u wyższych eukariontów.

laktoferyna, białko znajdowane w mleku ssaków, a w mniejszej ilości w krwioobiegu pełni rolę zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego, który może stymulować transkrypcję specyficznych genów. (wiąże żelazo/DNA, odgrywa rolę w obronie przed atakiem mikroorganizmów)

bezpośrednie oddziaływanie związku sygnalizującego z białkiem regulacyjnym obecnym w komórce ma miejsce tylko w przypadku komórek eukariotycznych.

rola glukozy, w odpowiedzi diauksycznej operonu laktozowego polega na tym że wywiera ona pośredni wpływ na aktywator kataboliczny (CAP, ang catabolite activator protein) dokonuje tego przez hamowanie aktywności cyklazy adenylowej.

laktoferyna, białko znajdowane w mleku ssaków, a w mniejszej ilości w krwioobiegu pełni rolę zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego, który może stymulować transkrypcję specyficznych genów. (wiąże żelazo/DNA, odgrywa rolę w obronie przed atakiem mikroorganizmów)

rola glukozy, w odpowiedzi diauksycznej operonu laktozowego polega na tym że wywiera ona pośredni wpływ na aktywator kataboliczny (CAP, ang catabolite activator protein) dokonuje tego przez hamowanie aktywności cyklazy adenylowej.

e) Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowanych do DNA, w miejscach komplementarnych do miejsc metylowanych w nici rodzicielskiej.

f) Metylacja DNA de novo to u myszy proces metylacji zależny od metylotransferaz DNA kodowanych przez geny Dnmt3a i Dnmt3b.

d) Metylacja DNA de novo skutkuje przyłączeniem grupy metylowanej do reszty C-­cytozyny wchodzącej w skład niektórych sekwencji 5’­CG­3’ a u roślin 5’­CNG­3’.

a) Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowych do DNA w nowym miejscu, prowadzące do zmiany wzoru metylacji genomu.

d) Metylacja DNA de novo skutkuje przyłączeniem grupy metylowanej do reszty G(guaniny) wchodzącej w skład niektórych sekwencji 5’­CG­3’ a u roślin 5’­CNG­3’.

c) Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowanych do promotorów, aktywujące ekspresję genów.

f) Metylacja DNA de novo to u myszy proces metylacji zależny od metylotransferaz DNA kodowanych przez geny Dnmt3a i Dnmt3b.

d) Metylacja DNA de novo skutkuje przyłączeniem grupy metylowanej do reszty C-­cytozyny wchodzącej w skład niektórych sekwencji 5’­CG­3’ a u roślin 5’­CNG­3’.

a) Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowych do DNA w nowym miejscu, prowadzące do zmiany wzoru metylacji genomu.

Inteina to zewnętrzny lub wewnętrzny fragment białka usuwany przez cięcie proteolityczne prowadzące do powstania aktywnego białka

Wycinanie intein jest odpowiednikiem wycinania intronów z pre­mRNA.

po wycięciu inteiny, eksteiny łączone są przez specyficzną ligazę białkową

Inteina jest usuwana bezpośrednio po zakończeniu transkrypcji, czemu towarzyszy łączenie zewnętrznych segmentów, t.j ekstein

Większość intein zidentyfikowano w białkach wyższych eukariotów.

Niektóre z intein są specyficznymi endonukleazami zdolnymi do usuwania specyficznej sekwencji DNA w allelu który nie zawiera sekwencji kodującej inteinę

Wycinanie intein jest odpowiednikiem wycinania intronów z pre­mRNA.

Niektóre z intein są specyficznymi endonukleazami zdolnymi do usuwania specyficznej sekwencji DNA w allelu który nie zawiera sekwencji kodującej inteinę

Ubikiwitynacja

Metylacja

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

Przemieszczenie trans

remodelowanie

Acetylacja

Ubikiwitynacja

Metylacja

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

Acetylacja

sekwencja zawierająca wiele reszt purynowych

kaseta CAAT

kaseta Pribnowa

kaseta Hognessa

rejon –35

kaseta Pribnowa

rejon –35

Biblioteki genomowe

Klonowanie DNA

Southern

RLFP

Yac­i

Kosmidy

Klonowanie DNA

Southern

RLFP

Yac­i

Kosmidy

ramiona podwłókien A są zbudowane z dyneiny wykazującej aktywność ATPazową

dyneina przyłącza się do A

ramiona podwłókien A i B przyłączone są do kinezyny

gł. Składnikiem włókien rzęsek komórek eucaryotycznych są mikrofilamenty tubulinowe, które wchodzą w skład podstawowej wiązki włókien zwanej aksodyskiem

siła powstająca przez mostki poprzeczne między A i B

poszczególne pary mikrotubul są trzymane razem przez łączniki zbudowane z dyneiny

ramiona podwłókien A są zbudowane z dyneiny wykazującej aktywność ATPazową

odp z SSB

topoizomeraza I tnie dwie nici, topoizomeraza II tnie jedną nić

nie potrzebują ATP

Jest semikonserwatywna

gyraza­ wymaga ATP, odpowiada za superskręty

Jest semikonserwatywna

gyraza­ wymaga ATP, odpowiada za superskręty

są polimorficzne i odrzucają przeszczepy

kodowane przez HLA

MHC II­ cd8

układ zawiera 3 grupy MHC I, MHC II, MHC III

MHC I­ cd 4

Opryszczka

są polimorficzne i odrzucają przeszczepy

kodowane przez HLA

układ zawiera 3 grupy MHC I, MHC II, MHC III

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

3 etapy­ etap drugià temperatura nie zalezy od długości startera; od długości startera zależy czas trwania drugiego etapu

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów

coś z rearanżacjami chromosomów

potrzebuje dwóch starterów komplementarnych do siebie jak w metodzie dideoksy

białaczka

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów

białaczka

Różne ramki odczytu

V,D,J,C

Różne rodzaje przeciwciał powstają przez ...

10^8

V,D,J,C

10^8

cząsteczka rozpoznająca sygnał (SRP) jest białkiem składającym się z 7 a­ helis/ łańcuchów polipeptydowych

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę ER

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez błonę

Cykl ATP­ADP... sekwencję sygnałową z SRP i odłącza ją od

SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę ER

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez błonę

SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka