BioloMolo 2014

Interferencja RNA może być przyczyną braku produktu białkowego kodowanego przez transgen.

Dwuniciowe interferujące cząsteczki RNA są wytwarzane z prekursorowego RNA kodowanego w genomie komórki.

Dwuniciowe cząsteczki RNA wiążą się z białkami, które blokują ich translację.

Dwuniciowe cząsteczki RNA są cięte przez nukleazę na krótkie interferujące cząsteczki RNA.

Krótkie interferujące cząsteczki RNA wiążą się z rybosomem, aby zapobiec translacji wirusowych mRNA.

Antysensowne cząsteczki RNA przyłączają się do nie ulegającego translacji regionu 3’ docelowego RNA

Interferencja RNA może być przyczyną braku produktu białkowego kodowanego przez transgen.

Dwuniciowe cząsteczki RNA są cięte przez nukleazę na krótkie interferujące cząsteczki RNA.

Sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji’’ między sąsiednimi domenami.

Sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnegoc ​(tak)​, przejawiającego się w nieobecności izolatorów zamiennością lokalizacji, w której wbudowywany jest rekombinowany gen.

Sekwencje o długości 1­2 kb wyznaczające granice domen, tzw. domen funkcjonalnych charakteryzujących się zwartą strukturą

Sekwencje które najprawdopodobniej do spełnianie swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie zarówno izolatory jak i sieć włókien zbudowanych z RNA i białek przenikających całe jadro.

Sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji’’ między sąsiednimi domenami.

Sekwencje które najprawdopodobniej do spełnianie swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie zarówno izolatory jak i sieć włókien zbudowanych z RNA i białek przenikających całe jadro.

w rejonach, w których występuje heterochromatyna konstytutywna można zaobserwować przy pomocy mikroskopu elektronowego pętle zbudowane z włókna chromatynowego

zawiera ona DNA który ma zwartą strukturę

jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci

zawiera ona geny nieaktywne w pewnych komórkach lub na niektórych etapach cyklu komórkowego

w jej skład wchodzi DNA nie zawierający żadnych genów.

jest jednym z głównych składników chromosomu Y

można ją obserwować czasami w pewnych komórkach. – konstytutywna – zawsze zwarta, ​występuje stale we wszystkich komórkach

w jej skład wchodzi np DNA centromerów i telomerów.

w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

zawiera ona DNA który ma zwartą strukturę

w jej skład wchodzi DNA nie zawierający żadnych genów.

jest jednym z głównych składników chromosomu Y

w jej skład wchodzi np DNA centromerów i telomerów.

w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

Moduły represorów

Moduły regulatorów rozwoju

Moduły odpowiedzi(response modules)

Moduły komórkowo specyficzne

Moduły konstytutywne

Moduł w kształcie palca cynkowego

Moduły odpowiedzi(response modules)

Inicjacja transkrypcji u Eukaryota różni się od inicjacji transkrypcji jaka ma miejsce w komórkach bakteryjnych, między innymi tym, że podstawowy poziom inicjacji transkrypcji eukariotycznej jest stosunkowo wysoki dla większości promotorów, z wyjątkiem najsłabszych

Koaktywator, to białko, stymulujące inicjację transkrypcji przez specyficzne bezpośrednie wiązanie DNA.

Powszechną cechą aktywatorów transkrypcji jest ich zdolność do bezpośredniego oddziaływania z kompleksem preinicjacyjnym polimerazy RNAII przez tzw. domenę poliprolinową

Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Ilość zachodzących inicjacji transkrypcji polimerazy RNAII, zależy od tego, które moduły promotorowe danego genu w danym czasie są związane ze specyficznymi białkami

Aktywatory transkrypcji są istotne dla inicjacji transkrypcji przez polimerazy RNAII i RNAIII, natomiast ich rola w przypadku polimerazy RNAI przeprowadzającej transkrypcję wielokrotnie powtórzonej jednostki transkrypcyjnej zawierającej sekwencję kodującą niektóre z rybosomalnych RNA nie jest dobrze określona.

Ilość zachodzących inicjacji transkrypcji polimerazy RNAII, zależy od tego, które moduły promotorowe danego genu w danym czasie są związane ze specyficznymi białkami

Aktywatory transkrypcji są istotne dla inicjacji transkrypcji przez polimerazy RNAII i RNAIII, natomiast ich rola w przypadku polimerazy RNAI przeprowadzającej transkrypcję wielokrotnie powtórzonej jednostki transkrypcyjnej zawierającej sekwencję kodującą niektóre z rybosomalnych RNA nie jest dobrze określona.

Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA, TFIIH) pozostają związane z ​polimerazą RNA ​umożliwiając reinicjację

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne oddysocjowują od promotora ale promotor jest ciągle eksponowany, co umożliwia szybkie ponowne zbudowanie kompleksu inicjującego

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

Domena C­końcowa (CTD) polimerazy jest zaktywowana ze względu na defosforylację jaka miała miejsce w czasie pierwszej inicjacji

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA i TFIIH) pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA i TFIIH) pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

Blokuje łańcuch boczny Met tak, że nie może ona oddziaływać z czynnikiem inicjacyjnym IF­3.

łączy inicjatorowy tRNA z dużą podjednostką rybosomu w czasie inicjacji translacji.

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N­>C​ ​ pasowałoby, gdyby było u Procaryota

Wiąże cząsteczkę GTP potrzebną w procesie formowania kompleksu inicjacyjnego.

U procaryota - Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N­>C

żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzi w kierunku C­>N.

U procaryota - Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N­>C

żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B2

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z dwóch subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.

Typowa sekwencja ARS jest zwykle dłuższa niż oriC w genomie E.coli

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B3

Identyfikacji sekwencji istotnych dla inicjacji replikacji DNA w tych komórkach dokonano stosując techniki badawcze wcześniej użyte do ustalenia sekwencji oriC bakteryjnego.

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z czterech subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.

Kompleks ORC działa jako pośrednik pomiędzy miejscem inicjacji replikacji z sygnałami regulacyjnymi odpowiedzialnymi za koordynację inicjacji replikacji z cyklem komórkowym.

Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B2

Identyfikacji sekwencji istotnych dla inicjacji replikacji DNA w tych komórkach dokonano stosując techniki badawcze wcześniej użyte do ustalenia sekwencji oriC bakteryjnego.

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z czterech subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.

Kompleks ORC działa jako pośrednik pomiędzy miejscem inicjacji replikacji z sygnałami regulacyjnymi odpowiedzialnymi za koordynację inicjacji replikacji z cyklem komórkowym.

związek sygnalizacyjny, który jest białkiem, może działać, na przykład przez oddziaływanie z ​eksonowymi wzmacniaczami lub wyciszaczami ​składnika​ RNA.

bezpośrednie oddziaływanie związku sygnalizującego z białkiem regulacyjnym obecnym w komórce ma miejsce tylko w przypadku komórek eukariotycznych

aktywatory transkrypcji, należące do nadrodziny receptorów jądrowych, są głównym celem dla hormonów steroidowych ­ związków sygnalizujących wnikających do komórki i kordynujących szeroki zakres aktywności fizjologicznych u wyższych eukariontów

żadna z powyższych informacji nie jest prawdziwa.

rola glukozy, w odpowiedzi diauksycznej operonu latozowego polega na tym że wywiera ona pośredni wpływ na aktywator kataboliczny (CAP, ang catabolite activator protein) dokonuje tego przez hamowanie aktywnośći cyklazy adenylowej.

laktoferyna, białko znajdywane w mleku ssaków, a w mniejszej ilości w krwioobiegu pełni rolę zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego, który może stymulować transkrypcję specyficznych genów.

rola glukozy, w odpowiedzi diauksycznej operonu latozowego polega na tym że wywiera ona pośredni wpływ na aktywator kataboliczny (CAP, ang catabolite activator protein) dokonuje tego przez hamowanie aktywnośći cyklazy adenylowej.

laktoferyna, białko znajdywane w mleku ssaków, a w mniejszej ilości w krwioobiegu pełni rolę zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego, który może stymulować transkrypcję specyficznych genów.

Metylacja DNA de novo sktutkuje przyłączeniem grupy metylowanej do reszty ​G(guaniny)​(C­cytozyny!) wchodzącej w skład niektórych sekwencji 5’­CG­3’ a u roślin 5’­CNG­3’.

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowanych do DNA, w miejscach komplementarnych do miejsc metylowanych w nici rodzicielskiej.

Metylacja DNA de novo to u myszy proces metylacji zależny od metylotransferaz DNA kodowanych przez geny Dnmt3a i Dnmt3b.

Metylacja DNA de novo

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowanych do promotorów, aktywujące ekspresję genów.

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowych do DNA w nowym miejscu, prowadzące do zmiany wzoru metylacji genomu.

Metylacja DNA de novo to u myszy proces metylacji zależny od metylotransferaz DNA kodowanych przez geny Dnmt3a i Dnmt3b.

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowych do DNA w nowym miejscu, prowadzące do zmiany wzoru metylacji genomu.

Inteina to zewnętrzny lub wewnętrzny fragment białka usuwany przez cięcie proteolityczne prowadzące do powstania aktywnego białka.

Wycinanie intein jest odpowiednikiem wycinania intronów z pre­mRNA

Niektóre z intein są specyficznymi endonukleazami zdolnymi do ​usuwania​ specyficznej sekwencji DNA w allelu który nie zawiera sekwencji kodującej inteinę

po wycięciu inteiny, eksteiny łączone są przez specyficzną ligazę białkową

Inteina jest usuwana bezpośrednio po zakończeniu transkrypcji, czemu towarzyszy łączenie zewnętrznych segmentów, t.j ekstein

Większość intein zidentyfikowano w białkach wyższych eukariotnów

Wycinanie intein jest odpowiednikiem wycinania intronów z pre­mRNA

Niektóre z intein są specyficznymi endonukleazami zdolnymi do ​usuwania​ specyficznej sekwencji DNA w allelu który nie zawiera sekwencji kodującej inteinę

remodelowanie

Metylacja

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

Acetylacja

Przemieszczenie trans

Ubikiwitynacja

Metylacja

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

Acetylacja

Ubikiwitynacja

sekwencja zawierająca wiele reszt purynowych...

rejon –35

kaseta Pribnowa

kaseta CAAT

kaseta Hognessa

rejon –35

kaseta Pribnowa

kaseta Hognessa

kaseta CAAT

rejon –35

kaseta Pribnowa

sekwencja zawierająca wiele reszt purynowych...

kaseta Hognessa

kaseta CAAT

Biblioteki genomowe

Kosmidy mają 100kpz

RLFP

Southern

Yac­i

Klonowanie DNA­ dogodnymi wektorami do klonowania są bakteriofagi i plazmidy

Biblioteki genomowe

Southern

Jest semikonserwatywna

gyraza­ wymaga ATP, odpowiada za superskręty

odp z SSB

topoizomeraza I tnie dwie nici, topoizomeraza II tnie jedną nić odwrotnie

nie potrzebuja ATP

Jest semikonserwatywna

gyraza­ wymaga ATP, odpowiada za superskręty

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów

białaczka

potrzebuje dwóch starterów komplementarnych do siebie jak w metodzie dideoksy

3 etapy­ etap drugi temperatura nie zależy od długości startera; od długości startera zależy czas  trwania drugiego etapu

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów

białaczka

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

Rózne ramki odczytu

Rożne rodzaje przeciwciał powstają przez ...

10^8

V,D,J,C

10^8

V,D,J,C

Cykl ATP­ADP...

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie sa odcinane po przejściu przez błonę ER

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez  błone

cząsteczka rozpoznająca sygnał (SRP) jest białkiem składającym się z 7 a­ helis

SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie sa odcinane po przejściu przez błonę ER

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez  błone

SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka

Terapia powodująca inaktywację telomerazy powinna być skuteczna w walce z rakiem,  tylko wtedy gdy aktywacja telomerazy jest przyczyną powstania raka, a nie skutkiem.

Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Telomeraza syntezuje tylko jeden z łańcuchów polinukleotydowych telomeru korzystając z  matrycy bogatej w reszty G

Telomeraza jest polimerazą RNA zależną od DNA.

Aktywność telomerazy jest kontrolowana przez białko TRF1, które wiąże się z  powtarzającymi się sekwencjami telomerowymi

Telomeraza jest aktywna w wybranych typach komórek­ enzym jest aktywny w  komórkach embrionalnych, natomiast po urodzeniu jego aktywność przejawia się w  komórkach rozrodczych i macierzystych.

Aktywność telomerazy jest kontrolowana przez białko TRF1, które wiąże się z  powtarzającymi się sekwencjami telomerowymi

Telomeraza jest aktywna w wybranych typach komórek­ enzym jest aktywny w  komórkach embrionalnych, natomiast po urodzeniu jego aktywność przejawia się w  komórkach rozrodczych i macierzystych.