Podczas procesu splicingu katalizowanego prrzez spliceosomy zachodza dwie reakcje transestryfikacji

Spliceosom jest kompleksem składającym się z kilku rodzajów rRNA i wielu białek pełniących ważne role w procesie splicingu

W komórce ssaków splicing rozpoczyna się od rozpoznania miejsca splicingowego 3’ przez snRNP U4-U5-U6

Spliceosomy sa duzymi kompleksami czasteczek snRNA wielu specyficznych białek oraz pre-mRNA

Centrum katalityczne spliceosomu tworzą snRNA U2 i snRNA U6

Splicing katallizowany przez spliceosomy wymaga obecnosci wolnego nukleotydu adeninowego

Podczas splicingu katalizowanego przez spliceosomy tworzy sie struktura rozgałęziona w kształcie lassa

Centrum katalityczne spliceosomu tworzą snRNA U2 i snRNP U6

W komórkach ssaków splicing rozpoczyna się od rozpoznania miejsca splicingowego 5’ przez snRNP U4

Podczas procesu splicingu katalizowanego prrzez spliceosomy zachodza dwie reakcje translikozylacji

Za syntezę ogona poli(A) odpowiedzialna jest polimeraza poli(A), która czerpie instrukcję z nici matrycowej DNA, która jest częścią polimerazy poli(A) ● Poliadenylacja zwiększa stabilność cząsteczki mRNA oraz

Poliadenylacja zwiększa stabilność cząsteczki mRNA oraz m.in wpływa na czas życia cząsteczki mRNA

Większość eukariotycznych mRNA ma na końcu 3’ ogon zbudowany z 5’monofosforanów deoksyryboadenozyny

Większość eukariotycznych mRNA ma na końcu 3’ ogon zbudowany z 5’-difosforanów ryboadenozyny

Natywnym donorem reszt A jest 5’-trifosforan deoksyryboadenozyny

Natywnym donorem reszt A jest adenozyno-5’-trifosforan

Ogon poli(A) jest produktem reakcji katalizowanej przez terminalną transkryptazę końca 3’

Pierwotne transkrypty eukariontów rozcinane są przez specyficzną endonukleazę kompleksu rozpoznającego sekwencję AAUAAA.

Długość życia oraz stabilność mRNA zależą od szybkości syntezy ogona poli(A)

Ogon poli(A) jest spięty z końcem (‘kapem’) 5’ cząsteczki mRNA za pośrednictwem białka wiążącego ogon poli(A) (PABPI) oraz kompleksu eukariotycznych czynników inicjatorowych translacji, który wiąże się do “kapu”

Delecja sekwencji Shine-Dalgarno u Prokaryota prowadzi do spadku wydajności translacyjnej danego genu

Wybór miejsca startu translacji u Prokaryota zależy od oddziaływania regionu 5’-UTR transkryptu mRNA z małą podjednostką rybosomu

Delecja sekwencji Shine-Dalgarno u Eukaryota prowadzi do spadku wydajności translacyjnej danego genu

Mutacja w obszarze bogatym w pirymidyny poprzedzającym kodon START, zamieniająca je na szereg puryn, może prowadzić najprawdopodobniej do spadku wydajności translacyjnej danego genu zarówno u Prokaryota jak i Eukaryota

Translacja u Eukaryota rozpoczyna się w miejscu promotorowym CAP położonym najbliżej kodonu AUG

Translacja u Eukaryota rozpoczyna się od kodonu AUG, wchodzącego w skład sekwencji KOZAK, położonego najbliżej Cap-5’

Wybór miejsca startu translacji zależy od oddziaływania regionu 3’-UTR transkryptu mRNA z ogonem poli(A)

Transkrypt mRNA u Prokaryota może zawierać kilka miejsc startu translacji

Transkrypt mRNA u Eukaryota często zawiera kilka miejsc startu translacji

Miejsce splicingowe 5’ jest ustawione w odpowiedniej pozycji dzięki parowaniu się fragmentu sekwencji bogatego w pirymidyny, występującego w egzonie poprzedzającym intron i fragmentu bogatego w puryny, która występuje w sekwencji w intronie

Podczas tego splicingu dochodzi do tworzenia wiązań estrowych

Kofaktor atakuje miejsce rozgałęzienia i tworzy wiązanie fosfodiestrowe z końcem 5’ intronu

Miejsce splicingowe 5; jest ustawione w odpowiedniej pozycji dzięki parowaniu się zasad rejonu bogatego w pirymidyny, występującego w intronie poprzedzającym egzon, i sekwencji przewodnika bogatej w puryny, która występuje w egzonie

Pre-rRNA zawiera specjalną „kieszeń” wiążącą kofaktor

Jest przykładem grupy pierwszej splicingu autokatalitycznego

Kofaktor atakuje miejsce splicingowe 5’ i tworzy wiązania fosfodiestrowe z końcem 3’ egzonu

Jest to splicing wymagający dopływu energii w postaci ATP

Do splicingu tego pre-rRNA wymagany jest kofaktor w postaci GTP, GDP,GMP albo guanozyny

Kofaktor atakuje miejsce rozgałęzienia i tworzy wiązanie fosfodiestrowe z końcem 3’ intronu

Jest to splicing wymagający dopływu energii w formie wykorzystania wolnego ATP

Kofaktor atakuje miejsce splicingowe 5' i tworzy wiązanie fosfodiestrowe z końcem 5’ intronu

“Kapy” wpływają na stabilność mRNA oraz stymulują transkrypcję u Eukaryota

Kapy” eukariotycznych mRNA zawieraja 7-metyloguanozynę

“Kapy” wpływają na stabilność mRNA, chroniąc koniec 5; przed przedwczesna degradacje oraz stymulują translację u Eukaryota w wyniku oddziaływania z czynnikami inicjatorowymi translacji

W strukturze “kap” występuje wiązanie 5’5’ trifosforanowe, które powstaje w wyniku ataku diforanu na atom fosforu w pozycji alfa cząsteczki dGTP

“Kapy” eukariotycznych mRNA zawierają 7-acetyloguanozynę.

Koniec 5’ nowego łańcucha prokariotycznego mRNA zaczyna się od 3’-trifosforanu adenozyny lub 3’-trifosforanu guanozyny

W strukturze “kap” występuje wiązanie 5’5’ trifosforanowe, które powstaje w wyniku ataku monoforanu na atom fosforu w pozycji BETA cząsteczki dGTP

Koniec 5’ nowego łańcucha prokariotycznego mRNA zaczyna się od 5’-trifosforanu adenozyny lub 5’-trifosforanu guanozyny

Cząsteczki mRNA wielu ssaczych wirusów mają identyczne lub bardzo podobne “kapy” jak cząsteczki mRNA ssaków

Jeżeli w trzeciej pozycji antykodonu znajduje się inozyna, to może ona parować z adeniną, uracylem lub cytozyną w pierwszej pozycji kodonu

Dany antykodon może być rozpoznawany przez więcej niż trzy kodony

Niektóre cząsteczki tRNA mogą rozpoznawać więcej niż jeden kodon

Konformacja giętkość ramienia akceptorowego cząsteczki tRNA pozwala na swobodne przemieszczenie fragmentu aminoacylowego i peptydylowego aminoacylo-tRNA i peptydylo-tRNA odpowiednio w obrębie dużej podjednostki rybosomu bez przesuwania tych cząsteczek względem małej podjednostki rybosomu.

Dany kodon może być rozpoznawany przez więcej niż trzy antykodony.

W helikalnych regionach cząsteczek RNA tworzenie par zasad I-A, I-C, I-U oraz G-U jest równie prawdopodobne, co powstawanie par A-U i G-C

Niektóre cząsteczki rRNA mogą rozpoznawać więcej niż jeden kodon

Jeżeli w pierwszej pozycji antykodonu znajduje się inozyna, to może ona parować z adeniną, uracylem lub cytozyną w trzeciej pozycji kodonu

Jeżeli w pierwszej pozycji antykodonu znajduje się uracyl, to może on parować z adeniną lub guaniną w trzeciej pozycji kodonu

Zbudowane są m.in. z helikalnych regiowno polaczonych pętlami tak ze tworza przestrzenna strukturę w kształcie litery L

Koniec 3’ wszystkich tRNA jest fosforylowany

Zawierają sekwencje CCA na końcu 3’ która przyłączana jest podczas procesu dojrzewania (edycji) tRNA

W cząsteczkach tRNA około połowa nukleotydów występuje w sparowanych regionach helikalnych

Koniec 5’ wszystkich tRNA jest fosforylowany

Cząsteczki tRNA sa dłuższe niż 100 nukleotydów z czego około połowa występuje w regionach tworzących pętle

Zbudowane są m.in z helikalnych regionów połączonych pętlami tak, że tworzą przestrzenną strukturę w kształcie litery T.

Pętla antykodonu to wewnętrznie sparowany region helikalny, który może zawierać w strukturze helikalnej ksantynę oprócz typowych nukleotydów A,U, C i G

Typowy i akceptowalny poziom błędów syntetaz aminoacylo-tRNA wynosi mniej niż 1 błąd na 10^-4 włączanych aminokwasów.

Hydroliza błędnego aminoacylo- tRNA zachodzi w tym samym centrum aktywnym co jego synteza

Mimo iż Tyr różni się od Phe tylko obecnością jednej grupy hydroksylowej, syntetaza tyrozyno tRNA odróżnia tę… że posiadają aktywność korekcyjną.

Induktaza Thr-tRNAThr z syntetazą treonylo tRNA doprowadzi do hydrolizy tego aminoacylo- tRNA.

Syntetaza tyrozylo-tRNA wykazuje aktywność korekcyjną, która prowadzi do hydrolizy tyrozylo-tRNATyr.

Inkubacja Ser- tRNAThr z syntetazą treonylo- tRNA doprowadzi do hydrolizy tego aminoacylo- tRNA.

Inkubacja Ser-tRNAThr z syntetazą serylo-tRNA doprowadzi do hydrolizy tego aminoacylo-tRNA

Centra acylujące syntetaz odrzucają aminokwasy podobne do właściwego, ale zbyt małe, ponieważ nie posiadają one wszystkich grup funkcyjnych oddziałujących z enzymem, przez co wiążą się zbyt słabo.