Test: inżynieria genetyczna

Pytanie 57

57. (otwarte) Co byłoby skutkiem całkowitego zastąpienia jednego z dNTP mieszaniny reakcyjnej używanej do sekwencjonowania DNA metodą Sangera przez jego 2’,3’- dideoksyanalog? Odpowiedź proszę uzasadnić ZOBACZYĆ W BAZIE

Pytanie 58

58. Spośród podanych poniżej zestawów proszę wybrać zawerający najwłaściwsze uzupełnienia dla następującego twierdzenia: “ddNTP, używany do sekwencjonowania DNA metodą Sangera charakteryzuje się tym, że nie posiada on …....... przy węglach …..... i ….... .”

b) metyl, 2’, 3’

c) karboksyl, 2’, 3’

a) OH, 2’, 3’

e) żaden z powyższych

d) OH, 2’, 5’

Pytanie 59

59. Które z poniżych twierdzeń jest prawdziwe w odniesieniu do real- time PCR?

h) może służyć do oznaczenia stężenia RNA, jeśli na początku eksperymentu użyje się odwrotnej transkryptazy

e) metoda ta jest tożsama z tzw. ilościową PCR (quantitative PCR)

d) ilość produktu powstającego podczas real- time PCR może być precyzyjnie określona przez pomiar fluorescencji związku kowalencyjnie przyłączonego do jednego z końców oligonukleotydu pełniącego funkcję specyficznej sondy wiążącej się z produktem amplifikacji

g) stosuje się sondę reporterową hybrydyzującą z produktem

b) metoda ta pozwala na określenie ilości transkryptów analizowanego genu

a) metoda ta pozwala na określenie ilości DNA w analizowanej próbce

c) ilość produktu powstającego podczas real- time PCR może być precyzyjnie określona przez pomiar fluorescencji związku specyficznie wiążącego (niekowalencyjnie) dsDNA

f) stosuje się związek wiążący się niekowalencyjnie do dwuniciowego DNA- barwnik wiąże się do dwuniciowego DNA, tyle jest w książce, ale nie wiem jakie jest to wiązanie, czy kowalencyjne czy też nie? Zaznaczam na czerwono dlatego.

Pytanie 60

60. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do ligacji fragmentów DNA o koncach tępych przy pomocy topoizomerazy DNA?

b) wektor przygotowany do ligacji przy pomocy topoizomerazy, może też być, bez żadnych dodatkowych zabiegów, użyty do ligacji z syntetycznym ds. oligonukleotydem, przy pomocy ligazy T4

c) fragmenty DNA poddawane ligacji z wektorem, przy pomocy topoizomerazy, muszą posiadać końce tępe, pozbawione reszt kwasu fosforowego

a) ligacja tego typu wymaga wektora, który musi byc poddany linearyzacji przy pomocy enzymu restrykcyjnego dającego produkty o końcach tępych

e) produkty nie posiadają 4 wiązań fosfodiestrowych

d) reakcja ligacji przy pomocy topoizomerazy skutkuje powstaniem rekombinowanego DNA, w którym brakuje dwóch wiązań fosfodiestrowych,( wiązania te są formowane, po transformacji, przez geny komórki bakteryjnej

f) tworzy 4 wiązania fosfodiestrowe (tworzy 2 wiązania)Ligacja tępych końców za pomocą topoizomerazy DNA.

Pytanie 61

61. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do eksperymentu pirosekwencjonowania DNA?

b) pojedynczy eksperyment pirosekwencjonowania pozwala na poznanie dłuższej sekwencji niż w metodzie Sangera / jednorazowo sekwencjonuje się odcinki DNA dłuższe niż przy zastosowaniu metody Sangera.

f) ciąg identycznych zasad daje sygnał silniejszy.

d) podczas pirosekwencjonowania długość emisji światła (chemiluminescencji) rejestrowana po inkubacji z kolejnym dNTP, zależy od ilości uwolnionych cząsteczek pirofosforanu, a więc od ilości wbudowanych reszt.

c) podczas pirosekwencjonowania sekwencja jest odczytywana na podstawie informacji o wbudowaniu kolejnych dideoksynukleotydów.

a) sekwencjonowanie tą metodą wymaga otrzymania ssDNA

e) jednoczesne równoległe pirosekwencjonowanie wielu fragmentów DNA jest wykonywane po PCR w emulsji, PCR jest przeprowadzane niezależnie dla każdego fragmentu, jednak z użyciem różnych starterów.

Pytanie 62

62. Wektor będący pochodną faga lambda (lambda EMBL4; replacement vector) poddano trawieniu enzymem EcoRI, a następnie powstałe produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposób “ramiona” wektora poddano ligacji z fragmentami DNA o końcach EcoRI i długości około 20 kb. Po ligacji upakowano fagi in vitro i infekowano nimi bakterie. Analizie poddano DNA wszystkich powstałych łysinek i zidentyfikowano takie, które zawierały:

e) brak łysinek ponieważ sekwencja była za długa.

c) DNA rekombinowanego wektora zawierającego fragmenty DNA o długości ok. 40 kb.

a) DNA wektora, który uległ religacji.

b) DNA rekombinowanego wektora zawierającego fragmenty DNA o długości ok. 20 kb.

d) DNA całego genomu faga .

Pytanie 63

63. W pewnym laboratorium prowadzono badania, których celem było scharakteryzowanie aktywatora transkrypcji genu glukokinazy wątrobowej. W tym celu korzystając z odpowiedniej biblioteki sklonowano gen, z wysokim prawdopodobieństwem kodujący ten aktywator. W celu eksperymentalnego potwierdzenia, że otrzymany DNA rzeczywiście koduje aktywator posłużono się testem zilustrowanym na przedstawionym poniżej schemacie. W teście tym wykorzystano dwa plazmidy - jeden z nich zawierał gen kodujący aktywator, drugi gen reporterowy. Plazmidami tymi transfekowano odpowiednie komórki. Które z poniższych twierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do testu zilustrowanego na schemacie:

e) żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe

b) plazmid oznaczony numerem 2 zawiera gen reporterowy, a plazmid oznaczony numerem 1 gen kodujący aktywator.

c) pojawienie się transkryptów genu reporterowego w komórce zależy od oddziaływania produktu sklonowanego genu z elementem regulatorowym, kontrolującym transkrypcję genu reporterowego

d) element regulatorowy, obecny w plazmidzie z genem reporterowym, to sekwencja specyficznie wiążąca produkt genu reporterowego

a) plazmid oznaczony numerem 1 zawiera gen reporterowy, a plazmid oznaczony numerem 2 gen kodujący aktywator.

Pytanie 64

64. Jednym z etapów eksperymentu zmierzającego do izolacji nieznanego czynnika transkrypcji (represora XYZ) była chromatografia jonowymienna. W celu identyfikacji frakcji zawierających ten czynnik posłużono się techniką odcisku stopy z wykorzystaniem DNazy I (ang. Dnase I footprinting). Jako sondę użyto znakowany radioizotopowo fragment DNA zawierający sekwencje elementu regulatorowego specyficznie oddziałującego z represorem XYZ. Na rysunku poniżej przedstawiono wyniki analizy autoradiograficznej żelu poliakrylamidowego otrzymanego po wykonaniu DNase I footprinting dla 22 frakcji (od 1 do 22) jakie otrzymano po chromatografii. Na autoradiogramie widoczne są też inne kontrolne/ pomocnicze ślady. Na podstawie analizy autoradiogramu można przypuszczać, że:

b) represor jest z całą pewnością obecny we frakcjach od 9 do 12

e) ślad oznaczony literami FT to ślad kontrolny, który z całą pewnością nie zwiera represora XYZ

a) we frakcji 18 obecny jest represor XYZ

c) ślad oznaczony literą O odpowiada preparatowi naniesionemu na kolumnę jonowymienną, czyli poddawanemu na niej rozdziałowi

d) ślad oznaczony literą NE odpowiada preparatowi naniesionemu na kolumnę jonowymienną, czyli poddawanemu na niej rozdziałowi

Strona 8

inżynieria genetyczna