Twój wynik: inżynieria genetyczna

1.Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej:

2.Pytanie na temat pożywki M9 :(jej charakterystyka)

3. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilosci iz wartosc pH wynosila 12.5 Ktory z opisow / charakterystyk jest prawdziwe:

4.Przy pomocy nukleazy S1 mozna znakowac koniec 5' trankskryptu. Przy pomocy tego samego enzymu mozna zmapowac tez 3' koniec po wprowadzeniu odpowiednmich zmian do naszych działan. Ktore z ponizszych czynnosci ma miejsce TYLKO podczas mapowania 3' konca :

5. Pewien student zamierzał otrzymac bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrebie centrum aktywnego enzymu XYZ. No i madrala zrobił jakoś tak: gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i kinazą polinukleotydową usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy.

6.Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcąc go wykryć użyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Była to metoda fluorescencyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano:

7.Cztery klony BAC fragmentów ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecność sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecność w poszczególnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecność STS w danym klonie: STS DNA 1 2 3 4 5 A + + + B + + C + + D + +

8.Byl rysunek wektoru (umieszczam jego dolny fragment ☺ niestety wiecej nie mam):

9.Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram : ddATP ddCTP ddGTP ddTTP 3’ 5’ Która sekwencja będzie odpowiadała sekwencji nici matrycowej (czyli badanej):

10. Każdy rodzic ma dwa allele genu X. może on mieć postać dziką - dominującą(A) -ZDROWA...albo zmutowaną - recesywną(a)- wywołuje hemofilie albo cos równie paskudnego – o już wiem : anemie sierpowatą. W przypadku zmutowanej wersji gen nie jest przecinany przez enzym restrykcyjny np. EcoRI bo nie ma miejsca rozpoznawanego przez ten enzym i otrzymujemy jeden tylko fragment o dł. 1,3 kb. Jeśli tniemy gen dziki to otrzymujemy 2 fragmenty : 1,1kb i 0,2 kb. Znaczy gdzieś tam w środku ma jedno miejsce które jest rozpoznawane przez ten enzym restrykcyjny. Pytanie: Jakie fragmenty będziemy widzieć u rodziców których PRZYSZLE DZIECKO MA 25% PRAWDOPODOBIENSTWO NA ZACHOROWANIE NA TĄ CHOROBE

Plazmid X ma gen markerowy AmpR czyli na ampicyline opornosc. Bierzemy jakiś inny plazmid co ma geny oporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd. Tniemy go i kolekcję otrzymanych fragmentów wklonowujemy w nasz plazmid X, ten przenosimy do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:

12.Wyobraź sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegoś genu, który, możesz przypuszczać na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odległości nie większej niż 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakieś choroby. Spośród podanych poniżej czynności proszę wybrać TYLKO NIEKTORE składające się w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technikę) który pozwoli na odczytanie sekwencji w tym obszarze 200kb. A) częściowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania zachodzących na siebie (względem sekwencji) fragmentów o dl ok. 20 kb B) całkowite (wyczerpujące) trawienie DNA enzymem EcoRI C) izolacja ludzkiego genomowego DNA D) izolacja genomowego DNA z E.coli E) Northern-blotting sondą otrzymana przy wykorzystaniu genu A F) powtarzanie czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach do momentu otrzymania odpowiedniej ilości klonów G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda H) przeszukiwanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w oparciu o sekwencje genu A w etapie pierwszym, potem izolacja klonu hybrydowanego z sonda I) subklonowanie fragmentu z końca nowoizolowanego klonu w celu otrzymania nowej sondy do ponownego przeszukiwania biblioteki i identyfikacji nowego klonu hybrydyzowanego z sond Proszę wybrać, który z poniższych zapisów, następujących po sobie czynności składających się na scharakteryzowany powyżej eksperyment, jest prawidłowy :

13. Podane niżej enzymy restrykcyjne trawią DNA w specyficznych miejscach (jak poniżej) : BamHI NheI Xbal EcoRI 5’-GGATCC-3’ 5’-GCTAGC-3’ 5’-TCTAGA-3’ 5’-GAATTC-3’ 3’-CCTAGG-5’ 3’-CGATCG-5’ 3’-AGATCT-5’ 3’-CTTAAG-5’ Wszystkie one hydrolizują wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy pierwszym a drugim nukleotydem (licząc od 5' końca każdej linii – czyli lepkie końce robią), przy czym produkty ....(tu niestety brak tresci ale to raczej malo istotne) Spośród podanych poniżej zdań proszę wybrać prawdziwe:

14.Mamy opisany eksperyment restrykcji jakiegoś faga. Najpierw 16 µl DNA w probówce. Do tego dodajemy kolejno: 1. 2µl buforu 2. 2 µl roztworu z enzymem Pytanie: Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 50mM to jakie było wyjściowe stężenie tej soli w dodawanym buforze (po obliczeniach rozcieńczenie buforu wyszło R=10)

15. W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny:

y)16.Dwie próbki kompetentnych komórek E.coli poddano transformacji wektorem zawierającym gen AmpR (opornosc na ampicyline). I potem mamy dwie różne sytuacje: 1. dodano do nich niewielka ilosc pozywki plynnej i po ok. 2 min umieszczono na pożywce zawierająca ampicylinę. 2. dodano ta sama ilosci pozywki plynnej i po 30 min inkubacji umieszczono na pożywce z ampicylina. Jakie zanotowano obserwacje:

17.Fragmenty (ramiona - w sumie 30kb) WEKTORA ZASTĘPCZEGO poddawano ligacji z fragmentami DNA majacymi prawidlowe konce lepkie odpowiednie do ramion wektora. Jaki maksymalny rozmiar mogl mieć wsczepiany w ten wektor odcinek:

18.Doświadczenie ktorego celem jest nokaut genu mysiego XYZ. Komórki macierzyste, do których wprowadzany jest gen rekombinowany:

19.Kulisty DNA poddano linearyzacji enzymem dajacym konce lepkie. Nastepnie potraktowano go nukleza S1 i po zahamowaniu aktywnosci tejze nukleazy uzyto terminalej transferazy przy obecnosci dNTP. Najprawdopodobniej końce powstalego fragmentu DNA beda mialy charakter taki jak te pokazane w punkcie :

20. Pewien haploidalny szczep grzybaa Neurospora jest transgeniczny pod wzgledem genu lucyferazy. Gen ten nie wystepuje w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny zostal skrzyzowany ze szczepem dzikim a powstale askospory poddano analizie PCR wykorzystujac startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakladajac, ze PCR przeprowadzono w sposob optymalny mozna przypuszczac ze udzial askospor dla ktorych zidentyfikowano specyficzny produkt wynosil :

21. Poniżej podany jest schemat wektora. Korzystając z zawartych w schemacie informacji proszę wybrać te z cech/ charakterystyk, które są prawdziwe:Rys. Mapa wektora pGEM T Zaznaczono geny: amp oporności na ampicylinę, origin replikacji, lacZ oraz promotory T7 i SP6. Zaznaczono również miejsce do klonowania, które jest przerwane, a jego sekwencja na końcu 3’ zawiera tymidynę (T), co pozwala na szybkąligację odpowiednich produktów po reakcji PCR z wektorem.  Wektor ten posiada 3’ terminalne tymidyny, co zapobiega jego recyrkularyzacji, a jednoczeście pozwala na ligowanie z nim produktów reakcji PCR bez potrzeby cięcia nukleazami.  Jest to możliwe, ponieważ niektóre polimerazy (np. Taq polimeraza) pozostawiają na 3’ końcach wolne nukleotydy adeninowe komplementarne do pojedynczych tymidyn wektora pGEM-T Easy.

22. Wektor będący pochodną faga lambda (lambda EMBL4; replacement vector) poddano trawieniu enzymem EcoRI, a następnie powstałe produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposób “ramiona” wektora poddano ligacji z fragmentami DNA o końcach EcoRI i długości około 20 kb. Po ligacji upakowano fagi in vitro i infekowano nimi bakterie. Analizie poddano DNA wszystkich powstałych łysinek i zidentyfikowano takie, które zawierały:

23. W analizie Southern (ang. Southern hybridization) fragment sekwencji genu aktyny z drożdży został użyty jako sonda do analizy fragmentów powstałych w wyniku trawienia EcoRI DNA genomowego z D. stramonium. Na autoradiogramie zaobserwowano jedno pasmo odpowiadające cząsteczkom DNA o długości 4 kb. Oznacza to, że:

24. W pewnym laboratorium prowadzono badania, których celem było scharakteryzowanie aktywatora transkrypcji genu glukokinazy wątrobowej. W tym celu korzystając z odpowiedniej biblioteki sklonowano gen, z wysokim prawdopodobienstwem kodujący ten aktywator. W celu eksperymentalnego potwierdzenia, że otrzymany DNA rzeczywiście koduje aktywator posłużono się testem zilustrowanym na przedstawionym poniżej schemacie. W teście tym wykorzystano dwa plazmidy - jeden z nich zawierał gen kodujący aktywator, drugi gen reporterowy. Plazmidami tymi transfekowano odpowiednie komórki. Które z poniższych twierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do testu zilustrowanego na schemacie

25. Spośród podanych poniżej zestawów proszę wybrać zawierający najwłaściwsze uzupełnienia dla następującego twierdzenia: “ddNTP, używany do sekwencjonowania DNA metodą Sangera charakteryzuje się tym, że nie posiada on …....... przy węglach …..... i ….... .”

26. Jednym z etapów eksperymentu zmierzającego do izolacji nieznanego czynnika transkrypcji (represora XYZ) była chromatografia jonowymienna. W celu identyfikacji frakcji zwierających ten czynnik posłużono się techniką odcisku stopy z wykorzystaniem DNazy I (ang. Dnase I footprinting). Jako sondę użyto znakowany radioizotopowo fragment DNA zawierający sekwencje elementu regulatorowego specyficznie oddziałującego z represorem XYZ. Na rysunku poniżej przedstawiono wyniki analizy autoradiograficznej żelu poliakrylamidowego otrzymanego po wykonaniu DNase I footprinting dla 22 frakcji (od 1 do 22) jakie otrzymano po chromatografii. Na autoradiogramie widoczne są też inne kontrolne/ pomocnicze ślady. Na podstawie analizy autoradiogramu można przypuszczać, że:

27. Produkty PCR, otrzymane przy pomocy polimerazy Taq zazwyczaj zawierają na swoich 5’ koncach niesparowane reszty A. Fakt ten można wykorzystać do klonowania tych produktów przy pomocy zlinearyzowanego, tzn. występującego w formie liniowej cząsteczki ds DNA, wektora plazmidowego posiadajacego na 3’ końcach komplementarne do produktu PCR reszty. Wektor w formie bezpośrednio nadającej się do ligacji z produktami PCR można otrzymac w laboratorium. W tym celu wektor plazmidowy jest trawiony w obrębie sekwencji polilinkerowej przez enzym restrykcyjny, którego produkty mają końce tępe. Spośród podanych poniżej enzymów/ odczynników prosze wybrać te, które pozwolą otrzymać, z tak przygotowanego wektora, wektor w formie nadającej się do klonowania zdefiniowanych powyżej produktów PCR:

28. W celu wyznaczenia sekwencji 5’ końca transkryptu można posłużyć się metodą RACE. Kluczowym etapem RACE jest synteza polinukleotydu komplementarnego do transkryptu. Spośród enzymów/ odczynników podanych poniżej proszę wybrać te, które mogą być w tym celu użyteczne:

29. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do ligacji fragmentów DNA o koncach tępych przy pomocy topoizomerazy DNA?

30. Indukowane przez wirusa wyciszanie genów (virus induced gene silencing VIGS) to technika:

31. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do eksperymentu pirosekwencjonowania DNA?

32. Które z poniższych twierdzeń jest prawdziwe w odniesieniu do real- time PCR?

33. Aby komórki E.Coli uległy transformacji cząsteczkami rekombinowanych plazmidów komórki te muszą być:

e34. Które z poniższych elementów są konieczne do przeprowadzenia ekspresji sekwencji kodującej genu eukariotycznego w komórce bakteryjnej:

.35. Jeżeli fragment sekwencji nici DNA, która podlega sekwencjonowaniu jest 5’-AAACCCGGGTTTAAACCCGGGTTT-3’, to sekwencja oligonukleotydu, który ma być użyty jako starter/prajmer powinna być:

36. Eksperyment, którego celem jest określenie profilu genetycznego w oparciu o PCR, w trakcie którego wykorzystywanych jest jednocześnie kilka różnych zestawów starterów, nazywamy:

37. Które z opisanych poniżej problemów/ zjawisk mogą być przyczyną nieskutecznej ekspresji cDNA genu eukariotycznego w komórce bakteryjnej, przejawiającej się brakiem rozpuszczalnego produktu białkowego:

38. Które poniższych enzymów nie są potrzebne przy tworzeniu cDNA na matrycy z mRNA

39. Który z podanych niżej związków jest odpowiednim substratem do radioaktywnego znakowania 5’ końca startera, który zostanie wykorzystany do PCR, mającego na celu otrzymanie fragmentu DNA zawierającego znacznik 32P na jednym z 5’ końców:

40. W celu przeprowadzenia trawienia enzymem restrykcyjnym XYZ do 14ml próbki zawierającej DNA dodano 2 ml odpowiedniego dla tego enzymu buforu, 2 ml roztworu zawierającego enzym i 2 ml wody destylowanej, tak przygotowana mieszanina reakcyjna pozwoliła na otrzymanie prawidłowych i z dobrą wydajnością produktów. Wiedząc, że optymalne dla enzymu XYZ stężenie NaCl wynosi 100mM można wywnioskować iż w buforze wyjściowym wartość stężenia tej soli wynosi:

41. Komórki większości szczepów bakteryjnych, używanych w laboratorium inżynierii genetycznej, mogą być hodowane w pożywce płynnej. Dostarcza ona różnych składników potrzebnych dla wzrostu kultury bakteryjnej. Jedną ze znanych pożywek jest minimalna pożywka M9. Które z podanych poniżej charakterystyk/opisów są prawdziwe w odniesieniu do pożywki M9:

42. Profilowane genetyczne wymaga identyfikacji wariantów sekwencji typu STR (short tandem repeats) w allelach. W tym celu wykonywany jest PCR a następnie analiza produktów amplifikacji. Typowa analiza polega na określeniu:

43. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. Bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilości, iż wartość pH wynosila ok. 12,35. Które z opisow sa prawdziwe :

44. Kolisty DNA poddano linearyzacji enzymem dającym końce lepkie (5’wystające) a następnie potraktowano go nukleaza S1 i po zahamowaniu aktywności tejże nukleazy użyto terminalnej transferazy przy obecnościdNTP. Najprawdopodobniej końce powstałego fragmentu DNA będą miały charakter taki jak te pokazane w punkcie:

45. Spośród podanych poniżej temperatur hybrydyzacji proszę wybrać tę, która pozwoli z najwyższym prawdopodobieństwem na wydajne otrzymanie specyficznego produktu w PCR przeprowadzonym przy udziale następującej pary starterów 5’GGTAATCGGTTAGGCTCC3’oraz 5’GGAGCCTAACCGATTACC3’

46. Anemia sierpowata jest wynikiem mutacji występującej w recesywnym allelu genu (jakimś tam). Mutacja powoduje, iż w genomie brak jest charakterystycznego dla sekwencji dzikiej miejsca restrykcyjnego Mst II. W konsekwencji analiza Southerna( Southern Blotting) identyfikuje tylko jeden fragment DNA (1.3 kb) dla allelu zmutowanego i dwa fragmenty (1,1 kb i 0,2 kb) dla allelu dzikiego gdy przed analizą DNA jest trawiony enzymem Mst II. Poniżej podano opisy różnych wyników analizy Southerna. Który z nich odpowiada parze rodziców, których dziecko z 25 % prawdopodobieństwem będzie chore na anemię sierpowatą:

47. Poniżej przedstawiono wynik analizy elektroforetycznej produktów PCR otrzymanych w wyniku eksperymentu, którego celem było oznaczenie płci na podstawie analizy DNA wyizolowanego z próbek archeologicznych. Ślad 1 standard wagowy (marker), ślady 2,3,4 analiza 3 produktów PCR. Podczas eksperymentu zastosowano typowe dla tego typu analizy startery, które eliminują możliwość otrzymania niejednoznacznego wyniku, gdy PCR nie będzie miało miejsca- na przykład z powodu słabej jakości matrycy. Które z poniższych stwierdzeń są prawdziwe:

48. Wektor plazmidowy posiada gen markerowy Amp odpowiadający za odporność transformowanych bakterii na ampicylinę. Jedno z miejsc restrykcyjnych zlokalizowanych w obrębie sekwencji wielokrotnego klonowania (MCS) tego wektora zostało strawione enzymem restrykcyjnym a powstały w ten sposób zlinearyzowany plazmid ligowano z biblioteką fragmentów DNA o komplementarnych do wektora końcach. Biblioteka zastała otrzymana z plazmidu odpowiedzialnego za oporność niektórych szczepów bakteryjnych na działanie ampicyliny, chloramfenikolu, erytromycyny i innych antybiotyków. Poniżej podano zawartość antybiotyków w kilku różnych podłożach stałych. Które z tych podłoży mogą być użyte do wyselekcjonowania klonu zawierającego gen kodujący acetylotransferazę chloramfenikolu, enzym który modyfikując chloramfenikol zmienia go w związek nietoksyczny dla komórek bakteryjnych?

49. Wektor plazmidowy poddany linearyzacji enzymem EcoRI został, bezpośrednio po inaktywacji enzymu, użyty do ligacji z ds. DNA powstałym w wyniku hybrydyzacji dwóch syntetycznych oligonukleotydów (insert); syntetyczny ds. DNA został tak zaprojektowany, iż posiada końce identyczne z końcami wektora (EcoRI). Mieszaniną koligacyjną poddano transformacji komórki bakteryjne i wysiano je na podłoże zawierające odpowiedni dla wektora antybiotyk. Które z podanych poniżej twierdzeń są prawdziwe ( zakładamy, że analizie poddano odpowiednio dużą ilość klonów):

50. Przy pomocy techniki primer extension można mapować (określić, zlokalizować) 5’ koniec transkryptu. W tym samym celu można też posłużyć się techniką wykorzystującą nukleazę S1 (S1 mapping). Która z podanych poniżej czynności/informacji nie ma miejsca ( nie jest prawdziwa) w przypadku pierwszej z wymienionych technik? GC 190

51. Które z twierdzeń dotyczących reakcji łańcuchowej polimeryzacji (PCR) są prawdziwe?

52. Wektor kosmidowy został poddany ligacji z fragmentami DNA o przypadkowej (różnej) długości w celu przygotowania biblioteki genomowej człowieka. Maksymalna długość insertów składających się na bibliotekę będzie najprawdopodobniej wynosić:

53. W pewnym laboratorium postanowiono zidentyfikować w bibliotece cDNA pochodzącej z komórek człowieka klon odpowiadający genowi XYZ. W tym celu postanowiono posłużyć się techniką hybrydyzacji z użyciem sondy, będącej fragmentem cDNA genu homologicznego, zidentyfikowanego uprzednio podczas analizy klonów, pochodzących z biblioteki otrzymanej z komórek Drosophila melanogaster. Jaka, Twoim zdaniem, powinna być temperatura hybrydyzacji sondy z repliką biblioteki, zawierającej klon poszukiwanego genu, wykonaną na krążku nitrocelulozowym?

54. Które z podanych poniżej enzymów będą dawały produkty, które można poddać, bez dodatkowych zabiegów, radioaktywnemu znakowaniu przy pomocy [α32P]-dATP i fragmentu Klenowa? W nawiasach podano sekwencje, dla uproszczenia tylko jednej z nici, rozpoznawanej przez odpowiednie enzymy, gwiazdka oznacza położenie trawionego wiązania fosfodiestrowego.

55. Poniżej podany jest schemat wektora. Korzystając z przedstawionych na wykresie informacji proszę wybrać tę z cech/charakterystyk, która jest prawdziwa: NIE MA TU ODPOWIEDZI DOBREJ ZAZNACZONEJ POPATRZEĆ NA BAZĘ I PRZECZYTAĆ WYJAŚNIENIA

56. (otwarte) W pewnym laboratorium posiadano tylko dwa enzymy restrykcyjne EcoRI EcoRI(GA*ATTC) oraz HpaII (C*GGG). Który z nich powinien być użyty do optymalnego przygotowania fragmentów DNA składających się na reprezentatywną bibliotekę genomową (w wektorze będącym pochodną geny faga lambda). Odpowiedź proszę uzasadnić. TO TEŻ ZOBACZYĆ W BAZIE

57. (otwarte) Co byłoby skutkiem całkowitego zastąpienia jednego z dNTP mieszaniny reakcyjnej używanej do sekwencjonowania DNA metodą Sangera przez jego 2’,3’- dideoksyanalog? Odpowiedź proszę uzasadnić ZOBACZYĆ W BAZIE

58. Spośród podanych poniżej zestawów proszę wybrać zawerający najwłaściwsze uzupełnienia dla następującego twierdzenia: “ddNTP, używany do sekwencjonowania DNA metodą Sangera charakteryzuje się tym, że nie posiada on …....... przy węglach …..... i ….... .”

59. Które z poniżych twierdzeń jest prawdziwe w odniesieniu do real- time PCR?

60. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do ligacji fragmentów DNA o koncach tępych przy pomocy topoizomerazy DNA?

61. Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do eksperymentu pirosekwencjonowania DNA?

62. Wektor będący pochodną faga lambda (lambda EMBL4; replacement vector) poddano trawieniu enzymem EcoRI, a następnie powstałe produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposób “ramiona” wektora poddano ligacji z fragmentami DNA o końcach EcoRI i długości około 20 kb. Po ligacji upakowano fagi in vitro i infekowano nimi bakterie. Analizie poddano DNA wszystkich powstałych łysinek i zidentyfikowano takie, które zawierały:

63. W pewnym laboratorium prowadzono badania, których celem było scharakteryzowanie aktywatora transkrypcji genu glukokinazy wątrobowej. W tym celu korzystając z odpowiedniej biblioteki sklonowano gen, z wysokim prawdopodobieństwem kodujący ten aktywator. W celu eksperymentalnego potwierdzenia, że otrzymany DNA rzeczywiście koduje aktywator posłużono się testem zilustrowanym na przedstawionym poniżej schemacie. W teście tym wykorzystano dwa plazmidy - jeden z nich zawierał gen kodujący aktywator, drugi gen reporterowy. Plazmidami tymi transfekowano odpowiednie komórki. Które z poniższych twierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do testu zilustrowanego na schemacie:

64. Jednym z etapów eksperymentu zmierzającego do izolacji nieznanego czynnika transkrypcji (represora XYZ) była chromatografia jonowymienna. W celu identyfikacji frakcji zawierających ten czynnik posłużono się techniką odcisku stopy z wykorzystaniem DNazy I (ang. Dnase I footprinting). Jako sondę użyto znakowany radioizotopowo fragment DNA zawierający sekwencje elementu regulatorowego specyficznie oddziałującego z represorem XYZ. Na rysunku poniżej przedstawiono wyniki analizy autoradiograficznej żelu poliakrylamidowego otrzymanego po wykonaniu DNase I footprinting dla 22 frakcji (od 1 do 22) jakie otrzymano po chromatografii. Na autoradiogramie widoczne są też inne kontrolne/ pomocnicze ślady. Na podstawie analizy autoradiogramu można przypuszczać, że:

65. Kolejne zdjęcie żelu: brak tekstu zadania więc nie wiadomo jaka ma być odpowiedź

66. W celu wyznaczenia sekwencji 5’ końca transkryptu można posłużyć się metodą RACE. Kluczowym etapem RACE jest synteza polinukleotydu komplementarnego do transkryptu. Spośród enzymów/ odczynników podanych poniżej proszę wybrać te, które mogą być wtym celu użyteczne:

67. Produkty PCR, otrzymane przy pomocy polimerazy Taq zazwyczaj zawierają na swoich 5’ koncach niesparowane reszty A. Fakt ten można wykorzystać do klonowania tych produktów przy pomocy zlinearyzowanego, tzn. występującego w formie liniowej cząsteczki ds DNA, wektora plazmidowego posiadajacego na 3’ końcach komplementarne do produktu PCR reszty. Wektor w formie bezpośrednio nadającej się do ligacji z produktami PCR można otrzymac w laboratorium. W tym celu wektor plazmidowy jest trawiony w obrębie sekwencji polilinkerowej przez enzym restrykcyjny, którego produkty mają końce tępe. Spośród podanych poniżej enzymów/ odczynników prosze wybrać te, które pozwolą otrzymać, z tak przygotowanego wektora, wektor w formie nadającej się do klonowania zdefiniowanych powyżej produktów PCR:

68. Indukowane przez wirusa wyciszanie genów (virus induced gene silencing VIGS) to technika:

69. W analizie Southern (ang. Southern hybridization) fragment sekwencji genu aktyny z drożdży został użyty jako sonda do analizy fragmentów powstałych w wyniku trawienia EcoRI DNA genomowego z D. stramonium. Na autoradiogramie zaobserwowano jedno pasmo odpowiadające cząsteczkom DNA o długości 4 kb. Oznacza to, że:

70. Rysunek wektora (chyba Shuttle Vector). Co jest charakterystyczne tylko dla drożdży?

71. Poniżej podany jest schemat wektora. Korzystając z zawartych w schemacie informacji proszę wybrać te z cech/ charakterystyk, które są prawdziwe:

72. Charakterystyka wektora pBluescript II KS

73. Charakterystyka wektora pBluescript II KS(+/‐):

74. Które ze zdań dotyczących Nukleazy SI są poprawne?

75. Który ze zwiazków może być użyty jako substrat do enzymatycznego znakowania izotopem P32 fragmentu DNA o końcach tępych?

76.Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej:

77. Dwie próbki kompetentnych komórek E. coli poddano transformacji wektorem / plazmidem zawierającym gen AmpR (oporność na ampicylinę). Do pierwszej próbki dodano niewielką ilość pożywki i wylano na podłoże. Do drugiej również dodano niewielką ilość pożywki i wylano na podłoże bez antybiotyku, inkubowano przez 30 min w 37’C, a później na antybiotyk. Jakie zanotowano obserwacje:

78. Dla elektroforezy nie jest prawdą:

79. Enzym restrykcyjny ClaI rozpoznaje sekwencje ATˇCGAT i trawi wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy resztami T i C. Enzym restrykcyjny TaqI rozpoznaje sekwencje TˇCGA:

80. Może być użyty jako substrat do radioaktywnego znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu fragmentu Klenowa polimerazy I DNA:

81.Zakładajac ze polimeraza Taq nie traci aktywności, a substraty PCR nie ulegają rozkładowi, można powiedzieć, że docelowa sekwencja DNA jest powielona po n-cyklach:

83. Spośród podanych temperatur wybrać która z największym powodzeniem da wydajne otrzymanie produktów PCR przeprowadzając dla startera 5’ GGTAATCGGTTAGGCTCC3’:

84.Który z podanych czynników istotny dla jednej z metod pozwalających na otrzymanie cDNA jest głównym winowajcą odpowiedzialnym za brak w cDNA informacji reprezentującej 5’ koniec transkryptu:

85.Wektor plazmidowy zawiera gen markerowy odpowiadający za odporność na erytromycynę (EryR) i gen markerowy odpowiedzialny za oporność na ampicylinę. Gen AmpR został przecięty enzymem restrykcyjnym a powstały w ten sposób plazmid połączono z fragmentem 1000pz o końcach komplementarnych do wektora. Które z poniższych fenotypów maja komórki transformowane:

86.Kolista cząsteczka DNA posiada n-miejsc restrykcyjnych EcoRI. Ile fragmentów DNA powstanie po całkowitym jej strawieniu? NIE MA TU ODPOWIEDZI DOBREJ ZAZNACZONEJ

87. Pożywka płynna M9: tutaj też nie czaję co ma być jako dobra odpowiedź

88. W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilości, iż wartość pH wynosila ok. 12,35. Które z opisow sa prawdziwe: / Przygotowano ekstrakt z DNA, do którego dodano NaOH przez co pH zwiększyło się do 12,35. Jakie cechy tego eksrtaktu:

89. Pewien student zamierzał otrzymać bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrębie centrum aktywnego enzymu XYZ. Gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i fosfatazą usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy.

90. Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna FISH (Fluorescence in situ hybridization), a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy (mitozy?). Co zaobserwowano:

.91. Cztery klony BAC fragmentow ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecnosc sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecnosc w poszczegolnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecnosc STS w danym klonie:

92. Rysunek wektora pGEM3Z i wskazać cechy prawdziwe:

93. Rysunek z wektorem YAC

95. Plazmid X ma gen markerowy AmpR czyli na ampicyline opornosc. Bierzemy jakiś inny plazmid co ma geny oporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd. Tniemy go i kolekcję otrzymanych fragmentów wklonowujemy w nasz plazmid X, ten przenosimy do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:

97. Podane nizej enzymy restrykcyjne trawia DNA w specyficznych miejscach (jak ponizej): BamHI NheI Xbal EcoRI 5’-GˇGATCC-3’ 5’-GˇCTAGC-3’ 5’-TˇCTAGA-3’ 5’-GˇAATTC-3’ 3’-CCTAG^G-5’ 3’-CGATC^G-5’ 3’-AGATC^T-5’ 3’-CTTAA^G-3’ Wszystkie one hydrolizuja wiazanie fosfodiestrowe pomiedzy pierwszym a drugim nukleotydem (liczac od 5' konca każdej linii), przy czym produkty ....(tu niestety brak tresci ale to raczej malo istotne) Sposrod podanych ponizej zdan prosze wybrac prawdziwe:

98. były różne wartości/ W celu przeprowadzenia trawienia enzymem restrykcyjnym XYZ do 14ml próbki zawierającej DNA dodano 2 ml odpowiedniego dla tego enzymu buforu, 2 ml roztworu zawierającego enzym i 2 ml wody destylowanej, tak przygotowana mieszanina reakcyjna pracowała na optymalnych parametrach i z dużą wydajnością substratową. Wiedząc, że optymalne dla enzymu XYZ stężenie NaCl wynosi 100mM można wywnioskować iż w buforze wyjściowym wartość stężenia tej soli wynosi:

99. Mamy16 µl DNA w probowce. Do tego dodajemy kolejno 2 µl buforu oraz 2 µl roztworu z enzymem. Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 50mM to jakie bylo wyjsciowe stezenie tej soli dodawanym buforze

100. Mamy opisany eksperyment restrykcji jakiegoś faga. Najpierw 14ul DNA w probówce. Do tego dodajemy kolejno: 2ul buforu i 2 ul roztworu z enzymem. Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 100mM to jakie było wyjściowe stężenie tej soli dodawanym buforze?

101. W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny:

102. Fragmenty / ramiona (o łącznej długości 30kb) WEKTORA ZASTĘPCZEGO z faga . poddawano ligacji z fragmentami DNA majacymi prawidlowe konce lepkie odpowiednie do ramion wektora. Jaki maksymalny rozmiar mogl mieć wsczepiany w ten wektor odcinek (insert):

103. Nokaut genu mysiego spowoduje, że komórki macierzyste będą / Jednym z etapów doświadczenia, którego celem jest nokaut genu jest selekcja komórek macierzystych, które są:

104. Załóżmy, ze w plazmidzie, który jest kolistą cząsteczką , na którą składa się 3200 pz występują sekwencja rozpoznawane prze EcoRI położone w odległości : 400, 700, 1400 i 2600 pz od arbitralnie położonego punktu zerowego . Po całkowitym trawieniu wymienionym enzymem – powstaną produkty:

105. Pewien haploidalny szczep grzyba Neurospora jest transgeniczny pod wzgledem genu lucyferazy (gen LUX). Gen ten nie wystepuje w szczepie dzikim. Szczep transgeniczny zostal skrzyzowany ze szczepem dzikim a powstale aksospory poddano analizie PCR wykorzystujac startery specyficzne dla genu lucyferazy. Zakladajac, ze PCR przeprowadzono w sposob optymalny mozna przypuszczac ze udzial aksospor dla ktorych zidentyfikowano specyficzny produkt wynosil:

106. Obserwowane pasma obrazują wszystkie produkty jakie powstały w wyniku trawienia długiego fragmentu, które z poniższych twierdzeń są prawdziwe

107. Jaka technika może być użyta do inaktywacji genu bez uszkodzenia jego sekwencji ?

108. Która z podanych poniżej metod, używanych do funkcjonalnej inaktywacji genu, powodują zmianę jego sekwencji:

109. Cechy charakterystyczne dla ligazy:

110. Jakie czynniki są w mieszaninie reakcyjnej w metodzie dideoksy Sangera? W pytaniu powinno być sprecyzowane czy chodzi o Sangera klasycznego (czyli znakowanie promieniotwórcze) czy wersję alternatywną (znakowanie fluorescencyjne)

111. Pojedyncza mieszanina reakcyjna stosowana w sekwencjonowaniu termicznym (thermal cycle sequencing) musi zawierać:

112. Do czego można użyć techniki PCR?

113. Po PCR otrzymuje się fragment zawierający AAA na 3’końcu. Czego należy użyć, aby w 1 etapie otrzymać DNA o końcach tępych i wbudować do wektora, którego końce zaopatrzone są w sekwencję złożoną z TTT? / Jak należy skonstruować prawidłowy wektor dla tego fragmentu?

114. Co potrzeba do złączenia wektora linearnego o tępych końcach z produktem reakcji PCR prowadzonej za pomocą polimerazy Taq?

115. Czym możemy znakować 5’ koniec produktu otrzymanego po PCR?

116. Co jest nieprawdziwe dla faga lambda?

117. Było podane 5 enzymów restrykcyjnych. Wskazać, które mogą być użyte, żeby otrzymać lepkie końce?

118. Szczególnie użytecznymi cechami wektora używanego do klonowania są:

119. Które z podanych poniżej związków jest odpowiednim substratem do radioaktywnego oznakowania cDNA o końcach tępych, który zostanie wykorzystany do eksperymentu footprintingu:

120. EMSA, jakie odczynniki potrzebne?