W przypadku podejrzenia zapalenia opon mózgowo–rdzeniowych, w celu ustalenia etiologii wykonuje się punkcję lędźwiową z pobraniem płynu mózgowo–rdzeniowego do badań biochemicznych i mikrobiologicznych. Dla wirusowego ZOMR charakterystyczna będzie następująca konstelacja parametrów płynu:
Wodojasny, klarowny, prawidłowa lub miernie podwyższona liczba neutrofili, podwyższona liczba limfocytów, prawidłowe lub miernie podwyższone stężenie białka i prawidłowe lub nieco obniżone stężenie glukozy