Nieszczelność zlewni hydrologicznej może wynikać z:
braku zgodności przebiegu granic zlewni topograficznej i hydrogeologicznej
infiltracji wody przez nieciągłości warstwy nieprzepuszczalnej ograniczającej zlewnię od dołu
odpływu wody przez profil zamykający lecz poniżej dna cieku