Nauka
Biochemia I egzamin Dobryszycki
Wyświetlane są wszystkie pytania.
Pytanie 65
12 Które z podanych reakcji mogą być katalizowane przez kinazy NMP?
b. AMP+ GTP ADP + GDP
d. CDP+ ATP CTP + ADP
c. GMP+ ADP GDP + AMP
e. ATP + H2O ADP + P
a. AMP+ ATP 2ADP
Pytanie 66
10 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących enzymów wykorzystujących jedną z reszt aminokwasowych jako silny nukleofil do hydrolizy wiązania peptydowego są prawdziwe?
c. Mimo, iż karboksypeptydaza II z ziaren pszenicy wykorzystuje triadę katalityczną złożoną z takich samych reszt co chymotrypsyna, enzymy te nie wykazują ogólnego podobieństwa strukturalnego.
a. W przypadku niektórych proteaz w powstawaniu silnie reaktywnego nukleofilu zamiast histydyny uczestniczy bezpośrednio pierwszorzędowa grupa aminowa pochodząca z reszty lizylowej lub z aminowego końca enzymu
f. Chymotrypsyna, trypsyna i elastaza są białkami homologicznymi, ale wykazują odmienną specyficzność substratową z powodu różnic w budowie kieszeni S1 wiążącej substrat
e. Rolę kluczowego nukleofilu w niektórych proteazach pełni reszta treonylowa.
d. Podobną do chymotrypsyny strategię triady katalitycznej wykorzystują proteazy uczestniczące w kaskadzie krzepnięcia krwi
b. Jedną z istotnych strategii generowania silnego nukleofilu jest tzw. triada katalityczna.
Pytanie 67
9 Na schemacie przedstawiono wyniki mutagenezy ukierunkowanej pewnej proteazy serynowej. Zaznaczone reszty tworzące triadę katalityczną zastępowano alaniną i mierzono aktywność zmutowanego punktowo enzymu (zielone słupki) wyznaczając wartość log10(kkat). Podobnie zbadano enzym zawierający alaninę we wszystkich trzech pozycjach triady (niebieski słupek). Dla porównania na schemacie przedstawiono wynik pomiaru aktywności dla enzymu niezmutowanego (czerwony słupek) oraz szybkość reakcji niekatalizowanej (czarny słupek). Które z poniższych stwierdzeń dotyczących roli poszczególnych reszt w katalizie uważasz za najbardziej prawdopodobne na podstawie danych uzyskanych w tym eksperymencie? Załóż, że każda z wprowadzonych mutacji zmienia wyłącznie strukturę pierwszorzędową enzymu
c. Mutacja reszty histydylowej na alaninę praktycznie uniemożliwia atak reszty serylowej na wiązanie peptydowe substratu.
d. Mutacja reszty aspartylowej na alaninę praktycznie uniemożliwia atak reszty serylowej na wiązanie peptydowe substratu
e. Najprawdopodobniej w centrum aktywnym tego enzymu w pobliżu reszty Ser występuje inna reszta, która może pełnić rolę nukleofila wspomaganego pozostałymi resztami triady katalitycznej.
a. Najprawdopodobniej mutant podwójny, w którym reszty His i Asp zostałyby zamienione na Ala wykazywałby aktywność na poziomie kkat = 10–4 [s–1].
f. Pewien wkład w katalizę mają także inne mechanizmy niż te związane bezpośrednio z triadą katalityczną.
b. Najprawdopodobniej mutant podwójny, w którym reszty His i Ser zostałyby zamienione na Ala wykazywałby aktywność na poziomie kkat = 10–4 [s–1].
Pytanie 68
8 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących katalizy enzymatycznej są prawdziwe?
c. Podczas katalizy enzymatycznej jon metalu pełni najczęściej rolę nukleofila
. Kataliza elektrostatyczna polega na ułatwieniu powstania lub stabilizacji stanu przejściowego za pomocą naładowanych grup enzymu lub za pomocą kofaktorów.
b. Enzymy katalizują reakcje chemiczne poprzez preferencyjne wiązanie stanu przejściowego reakcji w porównaniu z jej substratami i produktami.
d. Podczas katalizy enzymatycznej zachodzącej z przeniesieniem protonu rolę donora lub akceptora protonu pełni zawsze cząsteczka wody
e. Istotny wkład w katalizę enzymatyczną ma przybliżanie oraz odpowiednie wzajemne orientowanie substratów reakcji wielosubstratowych.
a. Kataliza kowalencyjna to taka kataliza enzymatyczna, podczas której zachodzi zmiana układu wiązań kowalencyjnych w substratach reakcji, co prowadzi do powstania produktów.
Pytanie 69
7 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mechanizmu reakcji katalizowanej przez enzym restrykcyjny EcoRV są prawdziwe?
e. Prawdziwość udziału w tej reakcji nukleofila (Nu) można zweryfikować za pomocą analizy stereochemicznej produktów hydrolizy chiralnych, tiofosforanowych pochodnych DNA, które zamiast jednego atomu tlenu w wiązaniu fosfodiestrowym zawierają atom siarki.
a. Reaktywnym nukleofilem (Nu), który tworzy kowalencyjny produkt pośredni z atomem fosforu substratu jest reszta tyrozylowa.
c. EcoRV zawiera jon metalu, który uczestniczy w aktywacji nukleofila (Nu).
b. Kataliza zachodzi zgodnie z mechanizmem przedstawionym na rysunku.
d. Eksperymentalnie wykazano, że reakcja hydrolizy wiązania fosfodiestrowego zachodzi z odwróceniem konfiguracji stereochemicznej na atomie fosforu.
Pytanie 70
6 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących anhydraz węglanowych są prawdziwe?
e. Jon metalu ludzkiej anhydrazy węglanowej z … histydylowe oraz w zależności od pH jedną cząsteczkę wody …
d. Niektóre anhydrazy węglanowe mają bardzo wysoką liczbę obrotów rzędu 10^6.
a. Wszystkie znane anhydrazy węglanowe wykorzystują jon Zn2+ jako …
b. Anhydrazy dzielimy na dwie klasy w zależności od…
c. Anhydrazy węglanowe są metaloenzymami, których ….
Pytanie 71
5 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mechanizmu reakcji katalizowanej przez ludzką anhydrazę węglanową II są prawdziwe?
i. Przez anhydrazę, następuje zmiana stopnia utlenienia atomu węgla w CO2 konieczny jest udział jonu Zn2+ który uczestniczy w przenoszeniu elektronu.
b. Rola jonu cynku polega na obniżeniu pKa z wartości >15 dla samej wody do wartości rzędu 7 dla kompleksu [His3Zn2+]H2O.
h. Kataliza wymaga aktywacji cząsteczki wody przez jon Zn2+.
c. Rola jonu cynku polega na zwiększeniu zasadowego charakteru aktywnej reszty aminokwasowej obecnej w centrum katalitycznym anhydrazy
d. Rola jonu cynku polega m.in. na zwiększeniu kwasowego charakteru aktywnej reszty aminokwasowej, obecnej w centrum katalitycznym enzymu.
e. Ponieważ podczas reakcji katalizowanej przez anhydrazę, następuje zmiana stopnia utlenienia atomu węgla w CO2 konieczny jest udział jonu Zn2+, który uczestniczy w przenoszeniu elektronu
f. Istotny wkład w szybkość reakcji katalizowanej przez anhydrazę węglanową wnosi mechanizm nazywany wahadłem protonowym, ułatwiający uwalnianie … do protonu oraz do cząsteczki wody w miejscu aktywnym.
g. Istotny wkład w szybkość reakcji katalizowanej przez anhydrazę węglanową wnosi mechanizm nazywany wahadłem protonowym, ułatwiający transfer protonu pomiędzy dwiema aktywnymi katalitycznie resztami aminokwasowymi.
a. Rola jonu cynku polega na podwyższeniu pKa wody z wartości … dla … do wartości … dla kompleksu [His3Zn2+]H2O