molekularna egzamin

Wyspy CpG położone w sąsiedztwie tych genów nie są metylowane.

Wyspy CpG nie są metylowane tylko w tych tkankach, w których specyficznej ekspresji ulega sąsiadujący z nią gen metabolizmu

Wyspy CpG położone w sąsiedztwie tych genów charakteryzuje wysoki poziom metylacji.(nisko metylowanej aby umożliwić ciągłą transkrypcję)

Te geny z reguły nie są położone w sąsiedztwie wysp CpG.(często są położone)

Wyspy CpG położone w sąsiedztwie tych genów charakteryzuje wysoki poziom metylacji.(nisko metylowanej aby umożliwić ciągłą transkrypcję)

Zawiera DNA, który ma zwartą strukturę

w jej skład wchodzi np DNA centromerów i telomerów

W jej skład wchodzi DNA nie zwierający żadnych genów(geny nieaktywne)

W rejonach w których występuje heterochromatyna konstytutywna, można zaobserwować przy pomocy mikroskopu elektronowego pętle zbudowane z włókna chromatynowego.(nie widoczne)

jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci – tylko

Zawiera ona geny nieaktywne w pewnych komórkach lub na niektórych etapach cyklu komórkowego(heterochromatyna fakultatywna)

w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

Jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci

Można ją obserwować czasami w pewnych komórkach(konstytutywna zawsze zwarta, we wszystkich komórkach)

Sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji’’ między sąsiednimi domenami.

Sekwencje o długości 1-2 kb wyznaczające granice domen tzw. Domen funkcjonalnych charakteryzujących się zwartą strukturą(rozluźnioną strukturą, bo ulegają ekspresji)

sekwencje które w swoich normalnych położeniach izolują poszczególne geny danej domeny funkcjonalnej – rozdzielają całe domeny, a nie tylko poszczególne geny

Sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnego przejawiającego się, w nieobecności intronów (nie mogę odczytać) niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegającej „wymianie informacji” między sąsiednimi domenami

sekwencje które najprawdopodobniej do spełniania swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie zarówno izolatory jak i sieć włókien zbudowanych z RNA i białek przenikających całe jadro.

sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnego, przejawiającego się w nieobecności izolatorów zamiennością lokalizacji, w której wbudowywany jest rekombinowany gen.

Sekwencje występujące wyłącznie w genomie Drosophila melanogaste

sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji” między sąsiednimi domenami.

Kompleks białkowy zwany mediatorem bezpośrednio aktywuje inicjację transkrypcji przez fosforylację CTD(mediator pośredniczy, nie jest to więc bezpośredni; aktywuje elongację i pośrednio za pomocą TFIIH).

U ssaków CTD zawiera 52 powtórzenia siedmioaminokwasowej sekwencji Tyr-Ser- Pro-Thr-Ser-Pro-Ser. Dwie z reszt Pro w każdym powtórzeniu mogą byćmodyfikowane przez dodanie grup fosforanowych(dwie z reszt seryny)

Jej fosforylacja warunkuje przyłączenie się polimerazy do kompleksu reinicjacyjnego(potrzebna do aktywacji, a nie przyłączenia)

tatus jej fosforylacji jest stały podczas trwania procesu transkrypcji(nie jest trwały, zmienia się podczas trwania transkrypcji)

Kompleks białkowy zwany mediatorem bezpośrednio aktywuje inicjację transkrypcji przez fosforylację CTD(mediator pośredniczy, nie jest to więc bezpośredni; aktywuje elongację i pośrednio za pomocą TFIIH).

Wieloskładnikowy kompleks białkowy, tzw. Czynnik specyficzności cięcia i poliadenylacji (CPSF), pozyskiwany do kompleksu polimerazy jest już na etapie inicjacji transkrypcji i wchodzi w kontakt z CTD. CPSF pozostaje związany z CTD do czasu pojawienia się sekwencji poliA w transkrypcie.( CPSF wiąże się z CTD już na etapie inicjacji.)

Może być zależne od białka Rho, które posiada aktywność helikazy, dzięki czemu może ono aktywnie „rozbijać” pary zasad, w tym przypadku pomiędzy matrycą a ciągiem reszt U struktury spinki do włosów transkryptu

Może być skutkiem specjalnego rodzaju kontroli zależnego od sprzężonych ze sobą procesów syntezy tran skryptu i biłaka

Żadne z powyższych stwierdzeń nie jest prawdziwe

Może być kontrolowane przez tzw. Białko antyterminacyjne, którego obecność zapobiega, na przykład, zatrzymaniu się polimerazy przy terminatorze zależnym od białk Rho.

Mniej więcej w połowie przypadków następuje w obrębie sekwencji nici matrycowej DNA, która zawiera sekwencję odwróconego palindromu.

Poprzedzone jest nieciągłym procesem transkrypcji

Białka opiekuńcze ( molecular chaperons) decydują o trzeciorzędowej strukturze białek(białka opiekuńcze nie decydują o trzeciorzędowej strukturze, pomagają odnaleźć odpowiednią strukturę)

Interna, to wewnętrzny fragment biłka usuwany po translacji z jednoczesnym połączeniem fragmentów go otaczających.(interna to fragment usuwany po translacji)

Niektóre z intern posiadają aktywność endonukleazy, która może specyficznie przeciąć gen nie zawierający interny, co jest wymagane dla ukierunkowanego przemieszczenia się sekwencji intronu interny.(introny nie mają zazwyczaj aktywności egzonukleazowej)

Gdyby w komórce proces fałdowania polipeptydu przebiegał, gdy dostępna jest tylko jego część, to mogłoby zmniejszyć prawdopodobieństwo występowania nieprawidłowych odgałęzień scieżki fałdowania.(zwiększyć)

Niektóre białka syntetyzowane są jako poliproteiny, długie polipeptydy zwierające kilka białek połączonych ze sobą jedno z drugim sposobem głowa-ogon; zdarza się że sekwencje kodujące poszczególne produkty (białka) zachodzą na siebie

Nie jest możliwe aby niewłaściwie sfałdowane białko przyjęło włąściwą dla siebie konformację.( Niewłaściwie sfałdowane białka mogą przyjąć prawidłową konformację.)

Wzbogacenie sekwencji -10 w pary G-C wpływa na proces rozpoznania promotora przez podjednostkę polimerazy RNA za to odpowiedzialną.(brak takiego wpływu)

W zamkniętym kompleksie promotorowym polimeraza pokrywa ok. 80pz, rozpoczynając powyżej bloku -35 i kończąc poniżej bloku -10

Rdzeń polimerazy RNA rozpoznaje sekwencję promotora i łączy się z nim.(rdzeń nie rozpoznaje bezpośrednio promotora, jednostka sigma male)

Zmiana sekwencji bloku/ kasety -35 promotora ma bezpośredni wpływ na przekształcenie zamkniętego kompleksu promotorowego w kompleks otwarty.( – 10, a nie -35)

Rozpoczęcie elongacji towarzyszy zmiana konformacyjna holoenzymu polimerazy RNA, skutkiem czego pokrywa ona mniejszy odcinek DNA(Początkowo rdzeń polimerazy pokrywa 60bp, jednak szybko po rozpoczęciu elongacji następuje kolejna zmiana konformacyjna polimerazy, wyniku której pokrywa ona mniejszy odcinek DNA (30-40bp)

W trakcie eksperymentów prowadzonych In vitro nie zaobserwowano powstania krótszych, niż spodziewany, transkryptów(można obserwować krótsze peptydy)

Może przebiegać w procesie w którym następuje usuwanie czapeczki mRNA skutkiem czego dochodzi do usunięcia łańcucha poliA, co z kolei prowadzi do braku translacji i szybkiego trawienia eksonukleolitycznego

Powoduje że eukariotyczne mRNA są cząsteczkami żyjącymi dłużej niż ich odpowiedniki bakteryjne, jednak z typowym okresem półtrwania rzędu 10-20 minut(eukariotyczne mRNA żyją zazwyczaj dłużej)

Może przebiegać według mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA ( RNA surveillance) który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych.

Może zależeć od sekwencji znajdujących się w obrębie transkryptu

Może zależeć od szlaku, którego jednym z elementów są cząsteczki RNA o strukturze spinki do włosów, powstające z prekursorowego RNA, syntetyzowanego przez polimerazę RNA II. .(nie jest związane bezpośrednio z degradacją RNA)

W prawidłowej niezmienionej komórce skutkuje powstaniem krótkich interferujących RNA o długości 21-28 nukleotydów.(związane z innym procesem)