biolomolo kolo 2

w obrebie genu trpD

krótki transkrypt liderowy kończy sekwencja poliU

rybosom zatrzymuje się tak że transkrypcja zachodzi poniżej atenuatora

transkrypcja operonu trp kontrolowana atenuatorem

niedobór trp, bo brak tryptofanylo-tRNA rybosom zatrzymuje się na sekwencjach kodujących trp

reszty trp obecne obok siebie

za prawidłowe rozpoznanie miejsca startu transkrypcji odpowiada podjednostka α polimerazy RNA

u E.coli wyspecjalizowane sygnały terminacji transkrypcji zwane atenuatorami dostosowują poziom transkrypcji określonych genów do potrzeb pokarmowych komórki

Typowe promotory E.coli zawierają w obrebie -10 tzw. kasetę TATA o sekwencji zgodnej TATAAA

heksametryczne bialko rho jest ATPazą w obecności jednoniciowego RNA i uczestniczy terminacji transkrypcji niektórych genów E.coli

sygnałem terminacji transkrypcji jest część RNA o strukturze spinki do włosów przed kilkoma resztami UUUU

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę ER

umożliwiają na zwykle niedozwolone interakcje pomiędzy cząsteczkami

kompleks ADP-chaoperon ma duże powinowactwo do białek rozfałdowanych

są powolnie działającymi ATPazami

przykładem jest grupa białek szoku termicznego

wiążą się z rosnącymi łańcuchami polipeptydowymi

Szczególnie wysoka wierność transkrypcji osiągana jest dzięki Polimerazie RNA II, ponieważ potrafi ona samodzielnie korygować błędnie wprowadzone nukleotydy dzięki swej aktywności egzonukleazowej 3’->5’.

Cztery reszty fenyloalaninowe białka TBP interkalują między pary odpowiedniej sekwencji DNA.

Czynnik TFIIF jest helikazą zależną od ATP i rozpoczyna rozplatanie DNA, przygotowując matrycę do oddziaływania z polimerazą RNA III.

Fosforylacja domeny CTD jednej z podjednostek polimerazy RNA II umożliwia rozbicie czynników transkrypcyjnych TFII i zapoczątkowanie etapu elongacji transkrypcji.

Białko TBP jest składnikiem czynnika transkrypcyjnego TFIIA, który rozpoczyna inicjację transkrypcji

Promotory rozpoznawane przez Polimerazę RNA II znajdują się od strony 3’ w stosunku do początku transkrypcji

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zakończenie elongacji

rozfałdowanie łańcuchów polipeptydowych – optymalna substancja do transportu

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę

SRP zapobiega przed elongacją i fałdowaniem

cząsteczki rozpoznające SRP to białka składające się z 7 łańcuchów polipeptydowych

Redagowanie RNA jest jednym z rodzajów splicingu alternatywnego

edagowanie RNA może polegać na insercji lub delecji nukleotydów oraz na specyficznej deaminacji, kiedy cytozyna jest przekształcana w urydynę, a adenozyna w inozynę

Edycja RNA powoduje, że sekwencja aminokwasowa białka kodowanego przez transkrypt jest inna, niż wynika to z sekwencji kodującego je genu

Splicing alternatywny jest jednym z rodzajów redagowania RNA

Zachodzi przy udziale enzymów, np. polimerazy poli(A)

Zachodzi przy udziale enzymów, np. deaminaz

Redagowanie RNA może polegać na insercji lub delecji nukleotydów oraz na specyficznej deaminacji, kiedy cytozyna jest przekształcana w inozynę, a adenozyna w urydynę

Edycję RNA obserwuje się wyłącznie w cząsteczkach mRNA

Zachodzi już po transkrypcji

Zachodzi autokatalitycznie

W niektórych mitochondrialnych mRNA sekwencje, które mają być zmodyfikowane, rozpoznaje specyficzna cząsteczka RNA zwana przewodnikiem

Grupa 2’-OH reszty adenylowej intronu A atakuje atom fosforu w wiązaniu fosfodiestrowym w miejscu splicingowym 3’

Grupa 2’-OH z wolnego adenylanu atakuje miejsce splicingowe 5’ pomiędzy egzonem 1 i koncem 5’ intronu A.

Podczas procesu splicingu omawianego typu zachodzą dwie reakcje transglikolizy

Koniec 5’-OH eksonu 1 atakuje atom fosforu pomiędzy intronem A i eksonem 2

Koniec 2’-OH eksonu 1 atakuje atom fosforu pomiędzy intronem A i eksonem 2

Grupa 2’-OH reszty adenylowej intronu A atakuje atom fosforu w wiązaniu fosfodiestrowym w miejscu splicingowym 5’

Grupa 2’-OH z wolnego ATP atakuje miejsce splicingowe 5’ pomiędzy egzonem 1 i koncem 5’ intronu A.

Podczas procesu splicingu omawianego typu zachodzą dwie reakcje transestryfikacji

Koniec 3’-OH eksonu 1 atakuje atom fosforu pomiędzy intronem A i eksonem 2