JUMPJET 1.1

Kod genetyczny jest w pełni uniwersalny, co oznacza, że wszystkie systemy translacyjne organizmów żywych używają tego samego kodonu, lub tej samej grupy kodonów, dla tych samych aminokwasów.

Mutacja w sekwencji końca 5' cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon STOP w mRNA będzie rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas.

Mutacja w pętli antykodonu cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon STOP w mRNA będzie rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas

Jest całkowicie zdegradowany

Kodony, które określają ten sam aminokwas są nazywane akronimami.

Sekwencja jest odczytywana kolejno, od określonego miejsca startowego

61 trojek koduje aminokwasy

Jest zdegenerowany

Każdy aminokwas może być kodowany przez więcej niż jeden kodon, przy czym skład pierwszej i drugiej zasady dla danego aminokwasu jest taki sam

Znakami przestankowymi w kodzie genetycznym są zwykle cytozyny metylowane przy C-5

W różnych organizmach ten sam kodon może kodować inny aminokwas, co jest nazywane degeneracją kodu genetycznego

Eukariota mają introny, a większość prokariota nie ma

W genie prokariota występuje współliniowa zależność pomiędzy genem i kodowanym przez niego białkiem.

Egzony mogą kodować całe domeny białek

Splicing autokatalityczny jest jedną z metod do otrzymania białka o innnych właściwościach

Introny kodują łączniki pomiędzy białkami

Syntezę RNA ułatwia nukleofilowy atak na gr 2’

Jako matryce wykorzystuje RNA zamiast DNA

Jako startera wymaga RNA zamiast DNA

Umożliwia syntezę łańcucha DNA poprzez atak nukleofilowy grupy hydroksylowej 3’ rosnącego łańcucha na atom fosforu w pozycji α odpowiedniego dNTP

Wymaga dUTP zamiast dTTP

Nie ma właściwości nukleazowej

Wydłuża rosnący łańcuch w kierunku 5’->3’

Umożliwia syntezę łańcucha DNA poprzez ułatwienie ataku nukleofilowego grupy hydroksylowej 3’ rosnącego łańcucha na atom fosforu w pozycji alfa odpowiedniego bifosforanu deoksyrybonukleotydu

Wymaga jonu 2-wartościowego

Katalizuje tworzenie wiązań fosfodiestrowych tylko wtedy, gdy zasada przyłączonego nukleotydu jest komplementarna do zasady w łańcuchu stanowiącym matrycę

Składają się na niego 3 etapy: denaturacja w 90℃, hybrydyzacja w 72℃, elongacja, dla której temp jest zależna od długości startera

Klasyczny PCR może być wykorzystany do amplifikacji dwuniciowych matryc DNA

Wykorzystywana do wykrywania białaczki (spowodowane rearanżacją chromosomów)

Ma ważne zastosowanie w mutagenezie ukierunkowanej sterowanej oligonukleotydem

Metodą tą możemy skutecznie poddać amplifikacji także ten fragment cząsteczki DNA, którego sekwencji nie znamy, pod warunkiem, że znamy sekwencje go oskrzydlające (otaczające)

Wymaga polimerazy DNA

Służy do wykrywania śladowych ilości wirusów i bakterii

Wymaga użycia dwóch komplementarnych do siebie oligonukleotydów jako starterów

Typowym enzymem wykorzystywanym w tej metodzie jest termostabilna polimeraza DNA z Thermus aquaticus, nazywana polimerazą Taq

DNA jest syntezowany w sposób geometryczny

Można wykrywać śladowe ilości białek i cukrów

W PCR: 3 etapy: denaturacja w 90℃, hybrydyzacja w 72℃, elongacja , dla której temp jest zależna od długości startera

W reakcji PCR DNA jest wydłużane w sposób geometryczny

Produkty PCR są wykrywane przy pomocy western blotting

Potrzebne są: 2 odcinki startera, trifosforany 4 nukleozydów, polimeraza RNA

Służy do wykrywania rzadkich rodzajów białek

Beta-laktamowe

Fosfodiestrowe

Kowalencyjne

Glikozydowe

Posiadają na końcu 3’ ogon poliA, niekodowany przez matryce

Posiadają na końcu 5’ rejon bogaty w ppG lub pppG

Posiadają na końcu 5’ rejon bogaty w ppG

Zazwyczaj powstają z pre-mRNA

Translacja jest sprzężona z transkrypcją i zachodzi w tym samym czasie

Odwrotna transkryptaza RNA zależna od DNA

Organizmy eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa zmieniać metabolizm

Dwuniciowy RNA wbudowuje się do genomu

Polimeraza DNA zależna od RNA

Powstaje hybryda DNA-RNA

Polimeraza DNA zależna od DNA

Replikaza RNA-polimeraza RNA zależna od RNA

Wirusowa czy komórki gospodarza