Podsumowanie: molekularna egzamin

Pytanie 1

Wybierz z podanych poniżej informacji te które są prawdziwe w odniesieniu do przekazywania sygnału biologicznego przez wniknięcie związku sygnalizacyjnego do komórki.

laktoferyna, białko znajdowane w mleku ssaków, a w mniejszej ilości w krwioobiegu pełni rolę zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego, który może stymulować transkrypcję specyficznych genów. (wiąże żelazo/DNA, odgrywa rolę w obronie przed atakiem mikroorganizmów)

bezpośrednie oddziaływanie związku sygnalizującego z białkiem regulacyjnym obecnym w komórce ma miejsce tylko w przypadku komórek eukariotycznych. (operon laktozowy u E. Coli i wpływ allolaktozy ma białko regulacyjne

aktywatory transkrypcji, należące do nadrodziny receptorów jądrowych, są głównym celem dla hormonów steroidowych związków sygnalizujących wnikających do komórki i koordynujących szeroki zakres aktywności fizjologicznych u wyższych eukariontów. (aktywatory transkrypcji są głównym celem dla hormonów steroidowych, “inny zestaw receptorów białowych – nadrodzinę receptorów jądrowych, należą do tej samej klasy co receptory steroidów<- hormony nie są steroidami” Steroidowe to receptory jądrowe, a nadrodzina obejmuje niesteroidowe.)

rola glukozy, w odpowiedzi diauksycznej operonu laktozowego polega na tym że wywiera ona pośredni wpływ na aktywator kataboliczny (CAP, ang catabolite activator protein) dokonuje tego przez hamowanie aktywności cyklazy adenylowej. (glukoza nie oddziałuje bezpośrednio z CAP, kontroluje poziom cAMO poprzez hamowanie aktywności cyklazy adenylanowej)

związek sygnalizacyjny, który jest białkiem, może działać, na przykład przez oddziaływanie z eksonowymi wzmacniaczami lub wyciszaczami składania RNA. (przez aktywację lub represję składania kompleksu inicjacji transkrypcji lub przez oddziaływanie ze wzmacniaczem lub wyciszaczem składania RNA)

Pytanie 2

Które z podanych poniżej informacji są PRAWDZIWE dla inicjacji replikacji DNA w komórkach drożdży Saccharomyces cerevisiae?

Typowa sekwencja ARS jest zwykle dłuższa niż oriC w genomie E.coli.( (w e.coli 245 bp, w drożdżach 200 bp))

Identyfikacji sekwencji istotnych dla inicjacji replikacji DNA w tych komórkach dokonano stosując techniki badawcze wcześniej użyte do ustalenia sekwencji oriC bakteryjnego.

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z dwóch subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.(ARS 4 subdomeny)

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B3. (B2)

Kompleks ORC działa jako pośrednik pomiędzy miejscem inicjacji replikacji z sygnałami regulacyjnymi odpowiedzialnymi za koordynację inicjacji replikacji z cyklem komórkowym.

Pytanie 3

Jaka jest funkcja grupy formylowej przyłączonej do inicjatorowej metioniny w komórce EUKARIOTYCZNEJ?

Blokuje łańcuch boczny Met tak, że nie może ona oddziaływać z czynnikiem inicjacyjnym IF-3.

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N -> C ( u prokariota to dobra)

łączy inicjatorowy tRNA z dużą podjednostką rybosomu w czasie inicjacji translacji.(nie łączy u eukariota, raczej z mała jak już)

żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzi w kierunku C -> N.

Wiąże cząsteczkę GTP potrzebną w procesie formowania kompleksu inicjacyjnego.(nie wiąże)

Pytanie 4

Dlaczego reinicjacja transkrypcji z promotora polimerazy RNAII jest dużo szybsza niż pierwsza inicjacja?

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA, TFIIH) pozostają związane z polimerazą RNA umożliwiając reinicjację. (pozostają związane z promotorem.)

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację. tylko TFIID, TFIIA, TFIIH

Domena Ckońcowa (CTD) polimerazy jest zaktywowana ze względu na defosforylację jaka miała miejsce w czasie pierwszej inicjacji. ze względu na fosforylację- dodanie grup fosforanowych, co zmienia właściwości jonowe polimerazy

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne oddysocjowują od promotora ale promotor jest ciągle eksponowany, co umożliwia szybkie ponowne zbudowanie kompleksu inicjującego. (nie wszystkie)

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA i TFIIH) pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację.

Pytanie 5

Inicjacja transkrypcji u Eukaryota to proces, dla którego prawdziwe są następujące stwierdzenia:

Inicjacja transkrypcji u Eukaryota różni się od inicjacji transkrypcji jaka ma miejsce w komórkach bakteryjnych, między innymi tym, że podstawowy poziom inicjacji transkrypcji eukariotycznej jest stosunkowo wysoki dla większości promotorów, z wyjątkiem najsłabszych.

Ilość zachodzących inicjacji transkrypcji polimerazy RNAII, zależy od tego, które moduły promotorowe danego genu w danym czasie są związane ze specyficznymi białkami (wiążącymi) s.321

Powszechną cechą aktywatorów transkrypcji jest ich zdolność do bezpośredniego oddziaływania z kompleksem preinicjacyjnym polimerazy RNAII przez tzw. domenę poliprolinową Oddziaływania nie są bezpośrednie, ponieważ pośredniczy w nich mediator. Istnieją trzy domeny: kwaśna, poliglutaminowa, poliprolinowa. str. 323--324

Koaktywator, to białko, stymulujące inicjację transkrypcji przez specyficzne bezpośrednie wiązanie DNA. Koaktywator (białko) wiąże DNA niespecyficznie lub wpływa poprzez oddziaływania typu białko-białko

Aktywatory transkrypcji są istotne dla inicjacji transkrypcji przez polimerazy RNAII i RNAIII, natomiast ich rola w przypadku polimerazy RNAI przeprowadzającej transkrypcję wielokrotnie powtórzonej jednostki transkrypcyjnej zawierającej sekwencję kodującą niektóre z rybosomalnych RNA nie jest dobrze określona. s.323

Pytanie 6

Która z poniższych modulowanych sekwencji DNA umożliwiają regulację transkrypcji w odpowiedzi na ogólne sygnały z zewnątrz komórki? (z genomów)

Moduł w kształcie palca cynkowego(struktura wiążąca DNA)

Moduły konstytutywne/ konserwatywne “Moduły konstytutywne nie odpowiadają na żadne sygnały tkankowo specyficzne czy rozwojowe”..

Moduły komórkowo specyficzne

Moduły odpowiedzi(response modules)

Moduły regulatorów rozwoju

Moduły represorów

Pytanie 7

Które z następujących twierdzeń jest prawdziwe w odniesieniu do procesu interferencji RNA?

Dwuniciowe cząsteczki RNA wiążą się z białkami, które blokują ich translację.

Krótkie interferujące cząsteczki RNA wiążą się z rybosomem, aby zapobiec translacji wirusowych mRNA.

Dwuniciowe cząsteczki RNA są cięte przez nukleazę na krótkie interferujące cząsteczki RNA.

Interferencja RNA może być przyczyną braku produktu białkowego kodowanego przez transgenu.

Antysensowne cząsteczki RNA przyłączają się do nie ulegającego translacji regionu 3’ docelowego RNA.

Dwuniciowe interferujące cząsteczki RNA są wytwarzane z prekursorowego RNA kodowanego w genomie komórki.

Pytanie 8

18. Które z poniższych twierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do piętnowania genomowego?

Skutkiem piętnowania jeden gen z pary alleli ulega ekspresji, drugi jest metylowany i wyciszany. (zawsze ten sam gen z pary ulega)

jeden z pary alleli ulega metylacji w procesie zależnym od tzw. elementów kontrolujących piętnowanie

funkcją piętnowania jest to, że DNA pary alleli (obu jednocześnie) homologicznych podlega metylacji, co skutkuje brakiem ich ekspresji. (tylko jeden z pary ulega mutacji)

jest to bardzo często występująca cecha genomów ssaków. piętnowanie genomowe jest stosunkowo rzadką, ale ważną cechą genomów ssaków.(rzadko, ale jest ważne u ssaków)

b) piętnowaniu podlegają tylko geny kodujące białka. (są to zarówno geny kodujące białka, jak i geny kodujące funkcjonalny RNA.)

Pytanie 9

Jaki stan metylacji wysp CpG charakteryzuje geny metabolizmu podstawowego (housekeeping genes)?

Te geny z reguły nie są położone w sąsiedztwie wysp CpG.(często są położone)

Wyspy CpG położone w sąsiedztwie tych genów charakteryzuje wysoki poziom metylacji.(nisko metylowanej aby umożliwić ciągłą transkrypcję)

Wyspy CpG położone w sąsiedztwie tych genów nie są metylowane.

Wyspy CpG nie są metylowane tylko w tych tkankach, w których specyficznej ekspresji ulega sąsiadujący z nią gen metabolizmu

Pytanie 10

. Które z poniższych cech są PRAWDZIWE w odniesieniu do heterochromatyny konstytutywnej? *

Zawiera DNA, który ma zwartą strukturę

w jej skład wchodzi np DNA centromerów i telomerów

Można ją obserwować czasami w pewnych komórkach(konstytutywna zawsze zwarta, we wszystkich komórkach)

w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

Zawiera ona geny nieaktywne w pewnych komórkach lub na niektórych etapach cyklu komórkowego(heterochromatyna fakultatywna)

W rejonach w których występuje heterochromatyna konstytutywna, można zaobserwować przy pomocy mikroskopu elektronowego pętle zbudowane z włókna chromatynowego.(nie widoczne)

jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci – tylko

W jej skład wchodzi DNA nie zwierający żadnych genów(geny nieaktywne)

Jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci

Pytanie 11

Izolatory to:

sekwencje które w swoich normalnych położeniach izolują poszczególne geny danej domeny funkcjonalnej – rozdzielają całe domeny, a nie tylko poszczególne geny

Sekwencje występujące wyłącznie w genomie Drosophila melanogaste

Sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji’’ między sąsiednimi domenami.

Sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnego przejawiającego się, w nieobecności intronów (nie mogę odczytać) niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegającej „wymianie informacji” między sąsiednimi domenami

Sekwencje o długości 1-2 kb wyznaczające granice domen tzw. Domen funkcjonalnych charakteryzujących się zwartą strukturą(rozluźnioną strukturą, bo ulegają ekspresji)

sekwencje które najprawdopodobniej do spełniania swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie zarówno izolatory jak i sieć włókien zbudowanych z RNA i białek przenikających całe jadro.

sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji” między sąsiednimi domenami.

sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnego, przejawiającego się w nieobecności izolatorów zamiennością lokalizacji, w której wbudowywany jest rekombinowany gen.

Pytanie 12

Które z podanych poniżej informacji są PRAWDZIWE w odniesieniu do domeny C-końcowej (CTD) największej podjednostki polimerazy RNA II:

U ssaków CTD zawiera 52 powtórzenia siedmioaminokwasowej sekwencji Tyr-Ser- Pro-Thr-Ser-Pro-Ser. Dwie z reszt Pro w każdym powtórzeniu mogą byćmodyfikowane przez dodanie grup fosforanowych(dwie z reszt seryny)

Wieloskładnikowy kompleks białkowy, tzw. Czynnik specyficzności cięcia i poliadenylacji (CPSF), pozyskiwany do kompleksu polimerazy jest już na etapie inicjacji transkrypcji i wchodzi w kontakt z CTD. CPSF pozostaje związany z CTD do czasu pojawienia się sekwencji poliA w transkrypcie.( CPSF wiąże się z CTD już na etapie inicjacji.)

Kompleks białkowy zwany mediatorem bezpośrednio aktywuje inicjację transkrypcji przez fosforylację CTD(mediator pośredniczy, nie jest to więc bezpośredni; aktywuje elongację i pośrednio za pomocą TFIIH).

Jej fosforylacja warunkuje przyłączenie się polimerazy do kompleksu reinicjacyjnego(potrzebna do aktywacji, a nie przyłączenia)

tatus jej fosforylacji jest stały podczas trwania procesu transkrypcji(nie jest trwały, zmienia się podczas trwania transkrypcji)

Pytanie 13

Zakończenie transkrypcji bakteryjnej:

Mniej więcej w połowie przypadków następuje w obrębie sekwencji nici matrycowej DNA, która zawiera sekwencję odwróconego palindromu.

Poprzedzone jest nieciągłym procesem transkrypcji

Może być skutkiem specjalnego rodzaju kontroli zależnego od sprzężonych ze sobą procesów syntezy tran skryptu i biłaka

Może być zależne od białka Rho, które posiada aktywność helikazy, dzięki czemu może ono aktywnie „rozbijać” pary zasad, w tym przypadku pomiędzy matrycą a ciągiem reszt U struktury spinki do włosów transkryptu

Żadne z powyższych stwierdzeń nie jest prawdziwe

Może być kontrolowane przez tzw. Białko antyterminacyjne, którego obecność zapobiega, na przykład, zatrzymaniu się polimerazy przy terminatorze zależnym od białk Rho.

Pytanie 14

Bardzo często polipeptyd uwalniany z rybosomy jest nieaktywny i zanim będzie mógł spełnić swoją funkcje w komórce musi być poddany obróbce potranslacyjnej. Z podanych poniżej informacji proszę wybrać te które są PRAWDZIWE w odniesieniu do obróbki potranslacyjnej:

Niektóre z intern posiadają aktywność endonukleazy, która może specyficznie przeciąć gen nie zawierający interny, co jest wymagane dla ukierunkowanego przemieszczenia się sekwencji intronu interny.(introny nie mają zazwyczaj aktywności egzonukleazowej)

Interna, to wewnętrzny fragment biłka usuwany po translacji z jednoczesnym połączeniem fragmentów go otaczających.(interna to fragment usuwany po translacji)

Niektóre białka syntetyzowane są jako poliproteiny, długie polipeptydy zwierające kilka białek połączonych ze sobą jedno z drugim sposobem głowa-ogon; zdarza się że sekwencje kodujące poszczególne produkty (białka) zachodzą na siebie

Gdyby w komórce proces fałdowania polipeptydu przebiegał, gdy dostępna jest tylko jego część, to mogłoby zmniejszyć prawdopodobieństwo występowania nieprawidłowych odgałęzień scieżki fałdowania.(zwiększyć)

Białka opiekuńcze ( molecular chaperons) decydują o trzeciorzędowej strukturze białek(białka opiekuńcze nie decydują o trzeciorzędowej strukturze, pomagają odnaleźć odpowiednią strukturę)

Nie jest możliwe aby niewłaściwie sfałdowane białko przyjęło włąściwą dla siebie konformację.( Niewłaściwie sfałdowane białka mogą przyjąć prawidłową konformację.)

Pytanie 15

Jednym z typowych promotorów E.coli poddano, wraz z kontrolowanym przez ten promotor genem, gruntownym badaniom, korzystając z odpowiednich metod biologii molekularnej. Poniżej przedstawione są wybrane wnioski/konkluzje jakie sformułowano po ich przeprowadzeniu. Proszę wybrać te, które zgodne są z aktualnym stanem wiedzy.

Rozpoczęcie elongacji towarzyszy zmiana konformacyjna holoenzymu polimerazy RNA, skutkiem czego pokrywa ona mniejszy odcinek DNA(Początkowo rdzeń polimerazy pokrywa 60bp, jednak szybko po rozpoczęciu elongacji następuje kolejna zmiana konformacyjna polimerazy, wyniku której pokrywa ona mniejszy odcinek DNA (30-40bp)

W zamkniętym kompleksie promotorowym polimeraza pokrywa ok. 80pz, rozpoczynając powyżej bloku -35 i kończąc poniżej bloku -10

Zmiana sekwencji bloku/ kasety -35 promotora ma bezpośredni wpływ na przekształcenie zamkniętego kompleksu promotorowego w kompleks otwarty.( – 10, a nie -35)

W trakcie eksperymentów prowadzonych In vitro nie zaobserwowano powstania krótszych, niż spodziewany, transkryptów(można obserwować krótsze peptydy)

Wzbogacenie sekwencji -10 w pary G-C wpływa na proces rozpoznania promotora przez podjednostkę polimerazy RNA za to odpowiedzialną.(brak takiego wpływu)

Rdzeń polimerazy RNA rozpoznaje sekwencję promotora i łączy się z nim.(rdzeń nie rozpoznaje bezpośrednio promotora, jednostka sigma male)

Pytanie 16

Degradacja eukariotycznych RNA:

Może przebiegać według mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA ( RNA surveillance) który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych.

Może przebiegać w procesie w którym następuje usuwanie czapeczki mRNA skutkiem czego dochodzi do usunięcia łańcucha poliA, co z kolei prowadzi do braku translacji i szybkiego trawienia eksonukleolitycznego

Powoduje że eukariotyczne mRNA są cząsteczkami żyjącymi dłużej niż ich odpowiedniki bakteryjne, jednak z typowym okresem półtrwania rzędu 10-20 minut(eukariotyczne mRNA żyją zazwyczaj dłużej)

Może zależeć od sekwencji znajdujących się w obrębie transkryptu

W prawidłowej niezmienionej komórce skutkuje powstaniem krótkich interferujących RNA o długości 21-28 nukleotydów.(związane z innym procesem)

Może zależeć od szlaku, którego jednym z elementów są cząsteczki RNA o strukturze spinki do włosów, powstające z prekursorowego RNA, syntetyzowanego przez polimerazę RNA II. .(nie jest związane bezpośrednio z degradacją RNA)

Pytanie 17

Problem topologiczny związany z replikacją DNA dotyczy którego z następujących zagadnień?

Trudności związane z syntezą DNA na nici opóźnionej

Aranżacja DNA zapobiegająca rozdziałowi łańcuchów DNA opisuje grupa toponemiczna Plektonemiczna natura podwójnej helisy uniemożliwia rozdzielenie 2 nici helisy bez rozwinięcia całej cząsteczki.

Aranżacja DNA zapobiegająca rozdziałowi łańcuchów dsDNA opisuje grupa plektonemiczna

hronizacja replikacji DNA z podziałem komórkowym

Rozwijanie dsDNA i rotacji cząsteczki DNA

Zablokowania miejsc replikacji przez nukleosomy.

Pytanie 18

Które z poniższych twierdzeń dotyczących telomerazy ssaków jest PRAWDZIWE

Terapia powodująca inaktywację telomerazy powinna skuteczna w walce wtedy gdy aktywacja telomerazy jest przyczyną powstawania raka a nie skutkiem - bez względu czy jest przyczyną czy skutkiem

Aktywność telomerazy jest kontrolowana przez białko TRF1, promujące tworzenie struktury telomerów typu pętli t – powoduje to białko TRF2

Telomeraza jest polimerazą DNA zależną od RNA

Telomeraza syntetyzuje tylko jeden z łańcuchów polinukleotydowych telomerów Matrycy bogatej w reszty G.( matrycy bogatej w reszty G – matryca bogata w C, telomer bogaty w G

Żadne z powyższych nie jest prawdziwe

. Telomeraza jest aktywna w wybranych typach komórek np. w komórkach homopoetycznych szpiku kostnego.(tak, bo jest aktywna komórkach które muszą utrzymać długość telomerów)

Pytanie 19

Które z podanych poniżej twierdzeń są PRAWDZIWE dla zjawiska replikacji DNA eukariotycznych?

Chromatydy siostrzane są związane razem aż do stadium anafazy dzięki kohezynom, które dołączane są do nowych nici DNA natychmiast po przejściu przez widełki replikacyjne.

Zakończenie syntezy fragmentów Okazaki wymaga usunięcia sekwencji odpowiednią polimerazą posiadającą aktywność egzonukleazy.( u Eukariota nie ma polimerazy posiadającej aktywność egzonukleazową 5’→3’, robi to endonukleaza FEN1)

Koniec 5’ startera używanego przez polimerazę DNA zawiera resztę 5’- blokuje aktywność enzymatyczną nukleazy oznaczanej skrótem FEN1.(5’ nie blokuje FEN1)

Polimeraza DNA kopiująca nić opóźnioną tworzy kompleksy dimeryczne.(nie tworzy dimerycznych kompleksów)

Enzymy i pozostałe białka, biorące udział w replikacji, tworzą duże struktury wewnątrzjądrowe, tzw. fabryki replikacyjne, z których każda zawiera odpowiednik bakteryjnego replisomu. – u Eukariota nie stwierdzono odpowiednika replisomu,

Pytanie 20

Standardowy mechanizm syntezy polega na przesuwani się rybosomy względem mRNA dokładnie kodon za kodonem. Są znane jednak nietypowe zjawiska zachodzące podczas elongacji. Poniżej podano inf na ich temat. Wybierz PRAWDZIWE

W przypadku kilku mRNA obserwuje się zaprogramowaną zmianę fazy odczytu, zmieniającą fazę odczytu w specyficznym miejscu transkryptu

wskutek pominięcia translacyjnego z jednego mRNA mogą być syntezowane dwa różna białka

Zaprogramowana zmiana fazy odczytu występuje wyłącznie w bakteriach(wszystkich prokariota)

Zmiana fazy odczytu polega na tym, iż w czasie translacji mRNA rybosom zatrzymuje się przesuwa o jeden kodon do przodu lud do tyłu i potem kontynuuje translację(1 nukleotyd)

Pominięcie translacyjne zaczyna się i kończy zawsze na dwóch identycznych kodonach(nie zawsze zaczyna i kończy się na identycznych kodonach)

Poślizg rybosomy umożliwiw jednemu rybosomowi translację wybranych fragmentów mRNA policistronowego, np. mRNA operonu laktozowego.

Pytanie 21

Której z wymienionych niżej modyfikacji mogą podlegać histony?

Acetylacja(ułatwia rozluźnieniu chromatyny, co sprzyja transkrypcji)

Metylacja

Ubikiwitynacja(sygnał np. degradacji białka)

Przemieszczenie trans(translokacja odnosi się do zmian histonowych)

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

remodelowanie

Pytanie 22

Redagowanie RNA

zwiększa różnorodność genomu

dodatkowa zmienność genetyczna

zachodzi autokatalitycznie

Zachodzi przy udziale enzymów, np. polimerazy poli(A) (inny przykład to deaminaza przy Apolipoproteinie B 100 i 48)

Zachodzi już po transkrypcji

Pytanie 23

TOPOIZOMERAZY

żadna poprawna

5’ P laczy się z ε Lys

top. 1 rozcina 2 nici top. 2 jedną

przekształcają topoizomery, rozcinają DNA

zmieniają liczbę opleceń

wymagają ATP – nie tylko Giraza wymaga

Pytanie 24

Przeciwciała wytwarzane przez człowieka

Różne ramki odczytu

10^8

V,D,J,C

Różne rodzaje przeciwciał powstają przez ...

Pytanie 25

Jeśli komórka diploidalna ma 4 chromosomy X to ile chromosomów X będzie transkrybowanych?

To się zmienia mogą być dwa lub jeden

jeden

dwa

To się zmienia mogą być trzy albo dwa

trzy

cztery

Pytanie 26

SPLAJSING

gr 1 jest u Procaryota gr 2 u Eucaryota – u prokariota nie ma splicingu bo nie ma intronów!!!

splajsing autokatalityczny grupy 1 wymaga guaznozyny lub guanylanu i wiąże się do miejsca splajsingowego 3’

w splicuinu gr 1 następuje atak guaniny lub guanozyny ma na 2’ OH? Na miejsce splicingowe 5’ powinno być (tak, że powstaje wolna gr.3’0h egzonu pierwszego)

w splicosomie uczestniczą katalityczne cząsteczki snRna - to było poprawne

Pytanie 27

Odwrotna transkryptaza:

Replikaza RNA-polimeraza RNA zalezna od RNA

odwrotna transkryptaza RNA zależna od DNA

2-niciowy RNA wbudowuje się do genomu (dwuniciowy DNA)

polimeraza DNA zalezna od DNA

powstaje hybryda DNA – RNA(retrowirusy

polimeraza DNA zalezna od RNA

wirusowa czy komórki gospodarza – wirusowa(to jest enzym wprowadzany do komórki gospodarza przez wirus razem z jego materiałem genetycznym)

organizmy eukariotyczne mogą korzystać z retrowirusa zmieniać metabolizm.

stępuje etap gdzie o.t. tworzy DNA wirusowego RNA i potem integracja z chromosomem gospodarza

Pytanie 28

Cechy charakterystyczne mRNA eukariota

Translacja jest sprzężona z transkrypcja i zachodzi w tym samym czasie - tylko u prokariotów zachodzi jednocześnie, bo nie ma tam dojrzewania mRNA

Posiadają na końcu 5’ rejon bogaty w ppG( na końcu 5’ jest kap, który nie jest bogaty w ppG)

Zazwyczaj powstają z premRNA

Posiadają na końcu 3’ ogon poliA , nie kodowany przez matryce

Posiadają na końcu 5’ rejon bogaty w ppG lub pppG

Pytanie 29

może zależeć od obecności tzw. elementów niestabilności, znajdujących się w obrębie transkryptu

który wiąże się z intensywnymi modyfikacjami chemicznymi histonów - (zmiany struktury nukleosomu, poślizg lub przemieszczenie cis, transfer lub przemieszczenie trans)

który zachodzi przy udziale złożonych kompleksów białkowych np. Swi/Snfi i wpływa na ekspresję całego genomu -kompleks swi/snfi nie działa ogólnie na cały genom, ale wpływa na ekspresję tylko ograniczonej liczby genów - krótkie rejony w genomie, ale zachodzi przy udziale kompleksów białkowych Swi/Snfi

które może skutkować tzw. przemieszczeniem cis, skutkujący transportem(?) nukleosomu na inną cząsteczkę DNA - przemieszczenie cis jest fizycznym przesunięciem nukleosomu wzdłuż nici DNA, a transprzeniesienie nukleosomu na inną cząsteczkę DNA lub dalszy fragment tej samej cząsteczki (str.285)

który jest bezwzględnie konieczny dla rozpoczęcia transkrypcji genu. - nie jest to niezbędny warunek

który jest indukowany przez zależny od energii proces osłabiający oddziaływania pomiędzy nukleosomem i związanym z nim DNA - (str. 284)

Pytanie 30

Degradacja drożdżowych mRNA:

może uczestniczyć w procesie, w którym uczestniczy wielobiałkowy składnik zwany egzosomem, który degraduje mRNA przy udziale spokrewnionych z enzymami bakteryjnego degradosomu.

może przebiegac wg mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA (RNA surveillance), który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych

może przebiegać w procesie w którym następuje usuwanie czapeczek skutkiem czego dochodzi do usunięcia łańcuchów poliA, co z kolei prowadzi do braku translacji mRNA i szybkiego i szybkiego trawienia eksonukleotydów.

może zachodzić w kierunku od 5’ do 3’ lub 3’ do 5’ w odróżeniniu od degradacji w komórkach bakteryjnych, która zawsze zachodzi w kierunku od 3’ do 5’ zachodzi w kierunku 5' -> 3'

może zależeć od obecności tzw. elementów niestabilności, znajdujących się w obrębie transkryptu

w prawidłowej, niezmienionej komórce (tzn. niezainfekowanej wirusami i nietransformowanej egzogennym DNA) może być skutkiem wyciszania RNA (interferencji RNA) dwuniciowe genomy wirusowe są wyciszane

Pytanie 31

W jaki sposób zachodzi zmiana fazy odczytu w czasie translacji?

W czasie translacji cząsteczek RNA rybosomu pomija kodon.

Rybosom zatrzymuje się w czasie translacji, przesuwa o jeden nukleotyd do przodu lub do tyłu i potem kontynuuje translację.

Rybosom kończy translację na kodonie, który koduje aminokwas.

Rybosom przeprowadza translację cząsteczki tRNA, która zawiera jeden dodatkowy nukleotyd lub brakuje w niej nukleotydu.

Rybosom zatrzymuje się w czasie translacji przesuwa o jeden kodon do przodu lub do tyłu i potem kontynuuje translację.

Rybosom dochodzi do końca sekwencji kodującej, uwalnia właściwie zsyntezowane białko i rozpoczyna syntezę nowego białka począwszy od następnego kodonu inicjacyjnego

Pytanie 32

Które zdanie prawidłowo opisuje składanie RNA w układzie trans ?

Niektóre RNA uczestniczące w tym procesie zawierają informację z dwóch genów, co skutkuje jednoczesną translacją, prowadzącą do dwóch produktów białkowych.

Składanie w układzie trans jest powszechnym zjawiskiem w odniesieniu do transkryptów genów człowieka.

Składanie w układzie trans zachodzi w sposób podobny do składania przebiegającego z wycinaniem intronów GUAG, z tym że zamiast lassa tworzona jest struktura widełek.

Następuje zastąpienie wybranych eksonów w niektórych transkryptach przez ekson liderowy.

Odbywa się pomiędzy eksonami zawartymi w obrębie różnych cząsteczek RNA.

Sekwencje intronowe nie są usuwane z transkryptów RNA i podlegają translacji do białek.

eksony z różnych transkryptów RNA są łączone ze sobą

Pytanie 33

Które z poniższych twierdzeń opisują funkcje jąderka? (synteza i obróbka rRNA)

jest miejscem w jądrze komórkowym gdzie biegnie transkrypcja zależna od polimerazy RNAII

jest miejscem ekspresji genów kodujących białka

jest miejscem syntezy i obróbki cząsteczek rRNA

jest miejscem obróbki cząsteczek mRNA

jest miejscem w jądrze komórkowym gdzie biegnie transkrypcja zależna od polimerazy RNA I - polimeraza RNA I jest umieszczona w jąderku no i tworzy transkrypty komórkowe dla rRNA.

jest rusztowaniem chromosomowym zmieniającym swoją strukturę w czasie podziału komórki co prowadzi do kondensacja chromosomów

Pytanie 34

Degradacja eukariotycznych RNA:

powoduje, że eukariotyczne mRNA są cząsteczkami żyjącymi dłużej niż ich odpowiedniki bakteryjne, jednak z typowym okresem półtrwania rzędu 10--20 minut. ssacze mRNA mogą kilka godzin, drożdże 10-20 minut, bakterie max kilka minut

może zależeć od sekwencji znajdujących się w obrębie transkryptu – np. dzięki granicom egzon-intron

może przebiegać, w procesie, w którym następuje usuwanie czapeczki mRNA skutkiem czego dochodzi do usunięcia łańcucha Poli(A), co z kolei prowadzi do braku translacji i szybkiego trawienia eksonukleolitycznego. na odwrót, najpierw łańcuch potem czapeczka

może przebiegać według mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA, który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych.

w prawidłowej, niezmienionej komórce skutkuje powstaniem krótkich interferujących RNA o długości 21--28 nukleotydów. na tej podstawie wyciszane są wirusowe RNA

może zależeć od szlaku, którego jednym z elementów są cząsteczki RNA o strukturze spinki do włosów, powstające z prekursorowego RNA, syntezowanego przez polimerazę RNA II. chodzi o mikroRNA

Pytanie 35

Translacja u procaryota:

fMet-tRNAf inicjatorowy wiąże się w przeciwieństwie do...

peptydylotRNA może znajdować się zarówno w miejscu P lub A rybosomu, w zależności od fazy cyklu translacyjnego

formylometionylo-tRNAf powstaje w reakcji:

poszukiwanie pierwszego kodonu AUG od 5’ końca transkryptu hudrolizującego ATP hydroliza GTP

fMet-tRNAf zajmuje miejsce P jako jedyn h1-IF1 skierowuje fMet-tRNA od razu do miejsca P podczas inicjacji

mRNA policistronowe

czynnik elongacyjny Ts (EFTs) wiąże nukleotyd GTP, przez co w wyniku hydrolizy uwalnia się GDP EF-Ts łączy się z EF-Tu co powoduje odłączenie GDP od EF-Tu

czynnik elongacyjny Tu(EF-Tu) oddziałuje ze wszystkimi cząsteczkami aminoacetylo-tRNA oprócz fMet-tRNAf

Pytanie 36

Sygnały rozpoczynające i kończące sygnał

promotory genów szoku cieplnego różnią się w sposób zasadniczy od typowych promotorów rozpoznawanych przez inne warianty odpowiedniej podjednostki polimerazy RNA

heksametryczne białko RHO jest ATPazą w obecności jednoniciowego RNA i uczestniczy w terminacji transkrypcji niektórych genów E.coli (jest dobrze, ponieważ białko RHO ma aktywność ATPazową oraz działa również jak helikaza)

za prawidłowe rozpoznanie miejsca startu transkrypcji odpowiada podjednostka alfa polimerazy RNA podjednostka sigma

sygnałem terminacji transkrypcji jest część RNA o strukturze spinki do włosów przed kilkoma resztami UUU

u E.coli wyspecjalizowane sygnały terminacji transkrypcji zwane atenuatorami podlegając regulacji określonych genów dostosowują się do potrzeb pokarmowych komórki np. operon tryptofanowy - jest tryptofan nie trzeba nic robić, koniec transkrypcji

mRNA policistronowe

typowe promotory E.Coli zawierają w obrębie –10 tzw. Kasete tata, o sekwencji zgodnej TATAA kaseta TATA ma inną sekwencję niż podana, dodatkowo jest promotorem u eukariota a nie e.coli

Pytanie 37

Które zdania na temat struktury DNA są prawdziwe:

połączenie zasady z cukrem nosi nazwę nukteozydu, bo nukleotyd to nukleozyd plus gr.fosforanowa.

temp topnienia jest odwrotnie proporcjonalna do długości łańcucha temp. topnienia rośnie wraz z długością(wprost)

komplementarne pary tworzą się pomiędzy puryna i puryną oraz pirymidyną i pirymidyną puryna z pirymidyną.(NIE)

nie pełnią funkcji strukturalnej(?)

guanina paruje się z cytozyna poprzez 3 wiązania wodorowe

adenozyna i guanina wiąże się przez N9 z C1 deoksyrybozy wiązaniem N- -glikozydowym , a cytozyna i tymina przez N-1 z C1

zasady w superhelisie są wewnątrz helisy

eżeli A+G =30% to T może być więcej niż 20%(reguła Chargaffa)

efekt hiperchromowy - efekt podczas topnienia DNA, który powoduje podwyższenie absorbancji przy długości fali 260 nm może być pytanie o efekt hipochromowy - obniżenie absorbancji!!

dwuniciowe RNA może przyjmować strukturę A DNA.(podobną)

deoksyryboza ma przy węglu 2’ wolną grupę OH (RYBOZA)

Pytanie 38

Kierowanie białek które ze stwierdzeń na temat sekwencji sygnałowych są poprawne:

cząsteczka rozpoznająca sygnał (SRP) jest białkiem składającym się z 7 ahelis/ łańcuchów polipeptydowych

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez błonę

Cykl ATPADP... sekwencję sygnałową z SRP i odłącza ją od …

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę ER

Pytanie 39

PCR

potrzebuje dwóch starterów komplementarnych do siebie jak w metodzie dideoksy (potrzebujemy parę starterów, które hybrydyzują z sekwencjami przylegającymi do sekwencji docelowej-każdy starter chyba musi być komplementarny do jednej nici, czyli dwa startery, ale NIE są komplementarne do siebie)

3 etapyetap drugià temperatura nie zalezy od długości startera; od długości startera zależy czas trwania drugiego etapu (2 etap- przyłączanie starterów (40-60oC) - w tym kroku startery reakcji przyłączają się do matrycowego DNA, temperatura zależy od temperatury topnienia starterów, a im dłuższy starter tym wyzsza temp topnienia- dlatego ta odp. jest zła)

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów (wymaga termostabilnej DNA i wszystkich 4 dNTP)

coś z rearanżacjami chromosomówodp błędna (PCR to metoda powielania łańcuchów DNA polegająca na łańcuchowej reakcji polimerazy DNA w wyniku wielokrotnego podgrzewania i oziębiania próbki- nic nie znalazłam o żadnej rearanżacji chromosomów)

białaczka

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

Pytanie 40

Główny układ zgodności tkankowej: -totalnie nie wiem

układ zawiera 3 grupy MHC I, MHC II, MHC III

MHC I- cd 4(Fałsz. MHC klasy I prezentuje antygeny cytotoksycznym limfocytom T CD8+, a nie CD4+.)

MHC II- cd8(MHC klasy II prezentuje antygeny pomocniczym limfocytom T CD4+, a nie CD8+.)

Opryszczka (układ zgodności tkankowej)

są polimorficzne i odrzucają przeszczepy

kodowane przez HLA

Pytanie 41

Replikacja DNA u procaryota:

nie potrzebują ATP gyraza potrzebuje i helikaza do rozplecenia nici

gyrazawymaga ATP, odpowiada za superskręty dodaje ujemne zwoje

SSB to białka wiążące jednoniciowy DNA, chronią jednoniciowe DNA przed powrotną reasocjacją do dwuniciowego DNA oraz przed degradacją

topoizomeraza I tnie dwie nici, topoizomeraza II tnie jedną nić jest odwrotnie

Jest semikonserwatywna

Pytanie 42

Miozyna, meromiozyna lekka (LMM) i meromiozyna ciężka (HMM):

Miozyna może być podzielona przez trypsynę na dwa częściowo funkcjonalne fragmenty: meromiozynę lekką (LMM) i meromiozynę ciężką (HMM). LMM, podobnie jak miozyna, tworzy filamenty, lecz nie ma aktywności ATP-azowej i nie łączy się z aktyną. Natomiast meromiozyna ciężka - HMM - przeciwnie - katalizuje hydrolizę ATP i wiąże się z aktyną lecz nie tworzy filamentów. HMM: S1 lub jeden sufragment o kształcie pałeczki nazwany S2. W rzeczywistości subfragmenty S1 są jednostkami miozyny generującymi siłę mechaniczną. S'2' → szyjka, zawias S'1' → główka z łańcuchami lekkimi (miejsce wiążące aktynę i ATP [aktywność ATPazy]

Fragment S1 HMM - jest ATPazą, ale nie jest zbudowana z mikrotubul aktynowych

LMM tworzy filamenty, brak aktywności ATPazy - i nie łączy się z aktyną

HMM nie tworzy filamentów

Pytanie 43

Rzęski u eucaryota, budowa, mechanizm: to w ogóle jest w genomach?

gł. Składnikiem włókien rzęsek komórek eucaryotycznych są mikrofilamenty tubulinowe, które wchodzą w skład podstawowej wiązki włókien zwanej aksodyskiem- na pewno składają się z mikrotubul, ale nie wiem kompletnie czym jest aksodysk, jeśli już to jest coś takiego jak aksonema i to jest kompleks mikrotubul.

ramiona podwłókien A są zbudowane z dyneiny wykazującej aktywność ATPazową- Na każdej podjednostce A występują dwa ramiona dyneiny - wewnętrzne i zewnętrzne, a dyneina zawiera ATPazę, więc chyba prawda.

poszczególne pary mikrotubul są trzymane razem przez łączniki zbudowane z dyneiny- Poszczególne dublety mikrotubul połączone są z sąsiednimi dubletami poprzez wiązania neksynowe oraz z otoczką centralną poprzez promienie łączące, więc fałsz chyba

ramiona podwłókien A i B przyłączone są do kinezyny

dyneina przyłącza się do A

siła powstająca przez mostki poprzeczne między A i B

Pytanie 44

β-galaktozydaza

jest produkowana z jednostki genu zwanej operonem

jest allosterycznie aktywowana przez niemetaboliczny składnik IPTG (izopropylotiogalaktozyd)

obecna w różnych stężeniach zależnie od źródła węgla używanego do wzrostu

hydrolizuje wiązanie 1,4-β oligosacharydy laktozy i tworzy galaktozę i glukozę

jej poziom wzrasta w koordynacji z permeazą galaktozydową i acetylofransferazą tiogalaktozydową

tworzy wiązanie 1,6-β oligosacharydu allolaktozy

Pytanie 45

Bakteriofag λ w fazie litycznej:

tworzą produkty genów N i Q, które działają jako białka regulacji pozytywnej, prowadzące sekwencyjną λ- kodującego białka

syntetyzuje 3 rożne klasy mRNA, które są wyznaczane poprzez czas po infekcji ich pojawienia

N i Q zapobiegają końcu transkrypcji

Q potrzebne, gdy są transkrybowane geny białka główki i ogonka wirusa oraz białka konieczne do lizy komórki gospodarza

niosą programowaną syntezę białek potrzebnych do replikacji genów i produkcji ich strukturalnych komponentów

tworzą produkty genów N i Q, które działają jako białka regulacji pozytywnej, prowadzące sekwencyjną λ- kodującego białka

N powoduje produkcję białka niezbędnego do replikacji DNA faga i rekombinacji

Pytanie 46

Metody stosowane w inżynierii genetycznej?

Biblioteki genomowe

RLFP

Kosmidy

Southern - wykrywanie DNA

Yac-i - jeśli chodzi o sztuczne chromosomy drożdży (YAC) - są to wektory, w które wprowadza się duże fragmenty DNA. Głównymi składnikami są ARS, centromer i telomery S.cerevisiae.

Klonowanie DNA -- dogodnymi wektorami do klonowania są bakteriofagi i plazmidy

Pytanie 47

Co wchodzi w skład promotora u Procaryota?

kaseta Pribnowa (5'-TATAAT-3', inaczej sekwencja pribnowa)

sekwencja zawierająca wiele reszt purynowych... to do inicjacji translacji, promotory są przy inicjacji transkrypcji

rejon –35

kaseta Hognessa (=kaseta TATA - u eukariota)

kaseta CAAT u eukariota

Pytanie 48

Co to jest inteina?

Wewnetrzny fragment bialka usuwany po translacji z jednoczesnym polaczeniem fragmentów go otaczajacych.

Zewnetrzny lub wewnetrzny fragment bialka usuwany przez ciecie proteolityczne prowadzące do powstania aktywnego bialka.

Zewnetrzny fragment bialka laczony kowalalencyjnie z lipidami tworzacymi blony. TEST 11

Zewnetrzny fragment bialka dodawany do innych bialek przez ligaze bialkowa.

Pytanie 49

Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do wycinania intein? 413

Wycinanie intein jest odpowiednikiem wycinania intronów z pre-mRNA. (ale warto dodać że jest białkowym odpowiednikiem)

po wycięciu inteiny, eksteiny łączone są przez specyficzną ligazę białkową

Inteina to zewnętrzny lub wewnętrzny fragment białka usuwany przez cięcie proteolityczne prowadzące do powstania aktywnego białka. INTEINY TO WYSTĘPUJĄCE WEWNĄTRZ BIAŁKASEGMENTY.

Niektóre z intein są specyficznymi endonukleazami zdolnymi do usuwania specyficznej sekwencji DNA w allelu który nie zawiera sekwencji kodującej inteinę. (JAK BĘDZIE PRZECINANIA TO TEŻ DOBRZE )

Inteina jest usuwana bezpośrednio po zakończeniu transkrypcji, czemu towarzyszy łączenie zewnętrznych segmentów, t.j ekstein. (po zakończeniu translacji, a nie transkrypcji)

Większość intein zidentyfikowano w białkach wyższych eukariotów. (większość u bakterii i archeonów, a niektóre u niższych eukariotów)

Pytanie 50

Która z definicji jest prawdziwym opisem metylacji DNA de novo

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowanych do DNA, w miejscach komplementarnych do miejsc metylowanych w nici rodzicielskiej. – to zachowawcza

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowanych do promotorów, aktywujące ekspresję genów. do nowo zsyntetyzowanej nici DNA w ms komplementarnych – to zachowawcza

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowych do DNA w nowym miejscu, prowadzące do zmiany wzoru metylacji genomu.

Metylacja DNA de novo to u myszy proces metylacji zależny od metylotransferaz DNA kodowanych przez geny Dnmt3a i Dnmt3b. (Dntm3a i Dntm3b są homologiczne do Dntm1)

Metylacja DNA de novo skutkuje przyłączeniem grupy metylowanej do reszty G(guaniny) (ma być C-cytozyny!)

Pytanie 51

Którą z niżej wymienionych technik stosuje się do określenia ruchu białek w jądrze?

Przywracanie fluorescencji po fotowygaszaniu (FRAP)

Pytanie 52

jaka jest funkcja jąderka?

jest miejscem syntezy i obróbki cząsteczek rRNA

Pytanie 53

Co to jest matriks jądrowa?

złożona sieć włókien zbudowanych z białek i RNA, tworząca substrukturę jądra

Pytanie 54

Telomerazy:

syntezuje nić bogatą w G

odwrotna transkryptaza 5’🡪3’

+ wymaga matrycy

syntezuje nic w kierunku 5’🡪3’

odwrotna transkryptaza 5’🡪3’

syntezuje nić bogatą w G

Telomerazy:

Pytanie 55

Histony

geny kodujące histony wielokrotnie powtórzone

mRNA histonowe ulega adenylacji

białka kodowane przez pojedyncze kopie genów

histony nie maja intronów

140 par zasad DNA otacza 8 białek histonowych(200 par zasad i ten oktamer histonowy)

białka histonowe H1, H2A, H2B, H3, H4(z czego H1 oddziałuje częściowo z DNA łącznikowym)

H1 rdzeń nukleosomu

białka aktywatorami transkrypcji podjednostek

histony wiążą się z nicią wiodącą

silnie zasadowe białka, ładunek ‘+’

replikacja eukariotycznego chromosomu to kilka widełek

Pytanie 56

Operon arabinozowy

konstutywna synteza białka C

w obecności cAMP-CAP i arabinozy nie da się zapętlić

może syntezować arabinozę przy wykorzystaniu białek powstałych z białek struktury

cAMP-CAP i arabiznoza może przeprowadzać transkrypcje genów struktury, nieznacznie obniżają szybkość

Pytanie 57

eriofag λ

profag (DNA) jest także lizogenicznej, gdy nie aktywuje zmiany bo represor λ …

gdy nic nie atakuje, zmienia tow fazie lizogenicznej jest on obecny z uwagi na represor, który ulega autoregulacji

ssDNA = recA oddziałuje z nim także represor λ

syntetyzuje tylko represor λ w bakterii lizogenicznych

białko cro związane z or1 to hamuje syntezę represora

białko cro wiąże się do or3 i wtedy hamuje represor (gen cL)

zostaje uwolnione z chromosomu bakteryjnego z kompleksu rexDNA

Pytanie 58

Bialko C operonu ara

wiąże się specyficznie z DNA w obecności arabinozy

wiąże araO2 aktywując geny struktury

powoduje wypętlenie, gdy zwiąże się z araO2 i araI

wiąże z araO1 hamując transkrypcję genu

w obecności cAMP-CAP geny struktury operonu i związanie arabinozowego do araO1 i araI

Pytanie 59

Kompleks cAMP-CAP

w operonie ora wpływa na geny struktury

chroni przez DNAza -87 do -47

po jego związaniu do atenuatora trp może być transkrypcja genów struktury (nie wiąże się do miejsc atenuatora)

represor transkrypcji (aktywator)

w obecności arabinozy wpływa na geny struktury

chroni miejsca -48 do -5

Pytanie 60

Polimeraza DNA III

Potrzebuje primera i matrycy

Wymagana w replikacji

Tworzy najwięcej DNA podczas replikacji ( no ogólnie ona jest głównym enzymem replikacyjnym więc pewnie tworzy najwięcej, ale nie jestem pewna)

Posiada aktywność nukleazową 3-5

Pytanie 61

Polimeraza DNA II

Potrzebuje primera z 3OH wolna i matrycy

Posiada aktywność nukleazową 3-5 (egzonukleazowa 3-5)

Wymagana w naprawie DNA

Pytanie 62

Polimeraza DNA I

Usuwa primer i wypełnia szczeliny podczas replikacji

Wymagana w replikacji

Potrzebuje primera i matrycy

Wymagana w naprawie DNA

Pytanie 63

Ligaza DNA

wymagana w replikacji DNA naprawy i rekombinacji

katalizuje reakcje przez mechanizm który wymaga aktywacji fosforanem DNA przez formowanie wiązania fosfobezwodnikowego z AMP

katalizuje tworzenie się wiązania 3’-OH i 5’P

mechanizm katalizowanej reakcji wymaga utworzenia związania kowalencyjnie enzymadenylan

Pytanie 64

. Bardzo długi odcinek DNA z genu Eukariota ( > 100 kb)

musi posiadać końce kohezyjne do klonowania

może być pakowany w fag

może być wydzielana z chromosomów sztucznych drożdży

mogą być odseparowane przez elektroforezę w żelu poliakryloamidowym

może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu

Pytanie 65

Wprowadzenie genu w środek wektora, który zawiera odporność na antybiotyk:

jest metodą niszczenia patogenicznych bakterii

jest nazywane inaktywacją insercyjną

powoduje czułość komórki na antybiotyk

może być używany do identyfikacji bakterii zawierających wektor z fragmentem DNA

prowadzi do przeniesienia odporności na leki

Pytanie 66

Które z następujących zdań określa podwójną helisę DNA typu Watson-Crick?

helisa ma pełny obrót o 34 st., bo każda para obraca się o 36 st. względem sąsiedniej pary zasady i oddalonego 3,4 A(helisa ma pełny obrót o 360 stopni)

tworzy pary A-C i G-T (nie, A-T i G-C

można zmieniać sekwencje w jednej nici niezależnie od drugiej nici

puryny i pirymidyny znajdują się w wewnętrznej stronie helisy, a szkielet fosfodiestrowy na zewnątrz

dwa polinukleotydowe łańcuchy są zwinięte wokół wspólnej osi

Pytanie 67

Immunoprecypitacja

ukazane rejony są aktywne transkrypcyjnie

mają więcej etylowanych reszt

dotyczy to euchromatyny (czyli tej rozwiniętej chromatyny), tzn. że te przeciwciała zwiążą się z euchromatyną.

przeciwciało łączy się do Lys na N’ końcu.

Pytanie 68

Represory transkrypcji u Eucaryota

np. deacylacja N-końców histonów (wpływają na genom za pomocą deacetylacji histonów lub metylacji DNA, więc wydaje mi się, że ok)

przyłączają się do rejonów cis a same są trans (represory to elementy trans oddziałujące z elementami cis np, represor wiążący się do operatora)

mają 2 rejony wiążące

mają budowę modułową

Pytanie 69

Pytanie o kod genetyczny

3 kodony kodujące 1 aminokwas to synonimy tak, ale potem była dalsza część pytania: „np. CAC i CGC to synonimy metioniny”.

jest uniwersalny jego uniwersalność jest prawie absolutna

ma 64 kodony kodujące 20 aminokwasów ( 61 i 3 kodony stop)

jest zdegenerowany, bo w różnych organizmach kodują inny aminokwas (nie z tego powodu chodzi) b)ogólnie cechy kodu genetycznego

nie ma znaków przecinkowych

Pytanie 70

Pytanie dotyczące usuwanie deaminowanej Cytozny do uracylu w DNA.

coś z tyminą , że jest obecna w RNA, mimo że koszt energetyczny syntezy jest wiekszy niż w uracylu , występującym w RNA

est to spontaniczna modyfikacja prowadzi do powstania nowych kodonów

czy da to mutację CG – AT w niciach potomnych

jeżeli jest w mRNA to w znaczący sposób wpływa na ekspresję (nieprawda bo mRNA nie ma tak dużego wpływu na ekspresję)

mutacje w DNA są widoczne we wszystkich następnych pokoleniach

enzymy usuwające tą mutacje – proces naprawy –glikozydaza uracylowa, potem endonukleaza AP, polimeraza DNA i ligaza na końcu

Pytanie 71

Pytania dotyczące podjednostek polimeraz RNA (prokariota)Eucaryota tu było

SEKWENCJE WZMACNIAJĄCE - działają w układzie cis wiąząc się z czynnikami transkrypcji działającymi w trans

przyłącza się do sekwencji TATA która u Procaryota jest bliżej niż u eukariota początku transkrypcji( tu było tak że TATA znajduje się bliżej poczatku transkrypcji niz homologiczna sekw.u Prokariota i to była nieprawda)

związanie TBP do kasety TATA zapoczątkowuje transkrypcję

kaseta CG i CAAT leżą tylko na nici antysensowna

Pytanie 72

Chcesz syntezować nić DNA co jest do tego NIEZBĘDNE?

wszystkie 4 dNTP

matryca 1 lub 2 niciowa

aktywność egzonukleazowa 3’--5’ (ogólnie nie jest to mega niezbędne, po prostu będa błędy)

wszystkie 4 NTP

jon magnezu

starter z 3’-OH ( z wolną grupą 3’-OH)

matryca komplementarna do startera (nie xd)

polimeraza DNA

Pytanie 73

Co jest wymagane do przeprowadzenie reakcji Sangera ale chodziło o to że jest obecny zawsze w jednym z odczynników?

polimeraza DNA (I)

2’,5’-di detoksy analog jednego z 4 dNTP - (2,3-dideoksy analog dNTP)

matryca

jeden z 4 dNTP (wszystkie cztery)

ά-P32-ATP czy γP32-ATP - (bo nie dodajemy ddNTP na początek, więc nie może być gamma)

Pytanie 74

OBRAZEK:

Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o dług. 210pz

Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o dług. 2220pz (najwolniej

) W żelu znajduje się bromek etydyny

Metoda ta może być stosowania do produktów ekspresji metody Sangeranie,bo wmetodzie dideoksy sangera nie stosuje się elektroforezy tylko robi się autoradiogram a elektroforeze stosuje się do metody Southern

Na tym odcinku DNA znajduje się 5 unikalnych mc restrykcyjnych rozpoznawanych przez enzym – tak, bo to był liniowy DNA i powstalo 6 kawałków czyli 5 miejsc restrykcyjnych

Długość cząsteczki Dna wynosi 2220

Pytanie 75

Histony

ulegają acetylacji , fosforylacji , ATp-zowane , ubikwitynacji -wystawienie ogonów na działanie acetylaz

coś tam było z acylacją reszt Lys w ogonach hisonowych- to jest chyba zla odpowiedz, bo było napisane, że tylko Lys a to Lys i Arg ma być?

regulacje dotyczące histonów noszą nazwę kodu histonoweg.

kod histonowy zbiór informacji o modyfikacjach histonów

w heterochromatynie acetylacja N-końców

modyfikacje potranslacyjne na końcu N’

Pytanie 76

Jakie sa funkcje czynnika elongacyjnego EF-1A?

Uniemozliwia czasteczkom tRNA opuszczenie rybosomy przed utworzeniem wiazania peptydowego.

Hydrolizuje GTP, co jest potrzebne w procesie translokacji rybosomu wzdluz mRNA.

Katalizuje tworzenie wiazania peptydowego

Zapewnia, ze wlasciwe aminoacylo-tRNA wchodzi do rybosomu.(łączy do miejsca A, jest to podobne do EF-Tu u prokariota) czyli GPTazy, a EF1B to wymienia GDP na GPT jak EF-Ts.

Pytanie 77

Jaka jest funkcja czynnika inicjacyjnego eIF-6?

Zapobiega polaczeniu duzej podjednostki rybosomu z mala podjednostka w cytoplazmie

Uwalnia czynniki inicjacyjne po zlozeniu rybosomy w rejonie kodonu inicjacyjnego.

Laczy czapeczke na koncu 5' mRNA z kompleksem preinicjacyjnym.

Wiaze inicjatorowy tRNAMet i GTP w czasie skladania kompleksu inicjacyjnego

Pytanie 78

cząsteczka tRNA, do której mogą być przyłączane różne aminokwasy.

Wszystkie syntetazy aminoacylo-tRNA katalizują dodanie jednego rodzaju aminokwasu do jednego lub więcej rodzajów tRNA.

Wszystkie syntetazy aminoacylo-tRNA katalizują dodanie jednego rodzaju aminokwasu do jednego rodzaju tRNA.

Wszystkie syntetazy aminoacylo-tRNA katalizują dodanie jednego lub więcej rodzajów aminokwasów do jednego lub więcej rodzajów tRNA.

Wszystkie syntetazy aminoacylo-tRNA katalizują dodanie jednego lub więcej rodzajów aminokwasów do jednego rodzaju tRNA.

Pytanie 79

Które z poniższych jest definicja cząsteczki izoakceptorowego tRNA?

cząsteczka tRNA, do której mogą być przyłączane różne aminokwasy.

różne cząsteczki tRNA rozpoznające ten sam kodon.

różne cząsteczki tRNA specyficzne dla tego samego aminokwasu

pojedyncza cząsteczka tRNA oddziałująca z różnymi kodonami dla tego samego aminokwasu

Pytanie 80

w jaki sposób RNA jest transportowane z jądra?

przez pory w błonach w procesie zależnym od energii (str 375)

Pytanie 81

rozpad RNA zależny od kodonu stop to system degradacji cząsteczek.......

NMD degraduje cząsteczki mRNA z kodonami stop w nieprawidłowych pozycjach (str 372)

Pytanie 82

modyfikacja chemiczna cząsteczek eukariotycznego rRNA odbywa się w

jąderku (str 369

Pytanie 83

ktore zdanie prawidłowo opisuje składanie RNA w układzie trans?

eksony z różnych transkryptów RNA są łączone ze sobą (str 362)

Pytanie 84

w jaki sposób tworzy się struktura lassa w czasie wycinania intronów GU-AG?

po cięciu w miejscu składania RNA o stronie 5' intronu tworzy się nowe wiązanie fosfodiestrowe między nukleotydem 5' i węglem 2' wew. adenozyny (str 356)

Pytanie 85

ktore z ponizszych NIE jest uważane za powod modyfikacji nukleotydow tRNA?

wzmocnienie par zasad tworzących się między rybonukleotydami (str 346)

Pytanie 86

antyterminacja uczestniczy w regulacji

genów obecnych w rejonie 3'koncowym operonu (str 338)

Pytanie 87

jaki czynnik uważa się za najważniejszy przy decydowaniu czy bakteryjna polimeraza RNA kontynuuje czy kończy transkrypcje?

zdarzenia termodynamiczne (str 337)

Pytanie 88

jeżeli komórka diploidalna ma 3 chromosomy X to ile chromosomów X będzie nieaktywnych

dwa rozdział 12

Pytanie 89

Piętnowanie genomowe występuje, gdy:

Tylko jeden gen z pary alleli ulega ekspresji, drugi jest metylowany i wyciszany

Jeden z pary alleli ulega metylacji w procesie zależnym od tzw. elementów kontrolujących piętnowanie

Pytanie 90

jaki stan metylacji wysp CpG charakteryzuje geny metabolizmu podstawowego

wyspy CpG nie są metylowane

Pytanie 91

Która z definicji jest definicją metylacji DNA de novo?

Przyłączenie grup metylowych do DNA w nowym miejscu, prowadzące do zmiany wzoru metylacji genomu.

Pytanie 92

który z podanych rodzajów modyfikacji DNA prowadzi do wyciszenia regionu w genomie w taki sposob ze stan wyciszenia może być przekazany kom. potomnym

metylacja

Pytanie 93

Który z niżej podanych rodzajów remodelowania nukleosomu powoduje jego przeniesienie na inną cząsteczkę DNA?

Transfer

Pytanie 94

której z niżej wymienionych modyfikacji NIE podlegają histony?

ADP-rybozylacja

Pytanie 95

Który z aminokwasów jest acetylowany w N-końcowych fragmentach histonów?

Lizyna

Pytanie 96

Jaka jest rola regionu kontrolnego locus LCR w regulacji ekspresji genów?

białka wiążące DNA przylaczaja sie do LCR i modyfikują strukturę chromatyny

Pytanie 97

Który z podanych fragmentów DNA uniemożliwia ekspresję genu, gdy umieści się go między genem a jego sekwencjami regulatorowymi?

Izolator

Pytanie 98

który z niżej podanych terminów określa rejon eukariotycznego DNA zawierający jeden lub więcej genów możliwy do wyznaczenia przez traktowanie DNaza I?

domena funkcjonalna

Pytanie 99

Który rodzaj chromatyny zawiera geny ulegające ekspresji?

Euchromatyna

Pytanie 100

terochromatyne definiuje sie jako:

chromatynę o stosunkowo skondensowanej strukturze zawierającej nieaktywne geny

Pytanie 101

Która z niżej wymienionych funkcji jest właściwością girazy DNA z komórek E. coli?

przeciwdziałanie superzwijaniu sie genomu podczas jego replikacji

wszystkie wyżej wymienione

wprowadzenie superzwojów do cząsteczki DNA

przeciwdziałanie superzwijaniu się genomu podczas transkrypcji

Pytanie 102

Który z badaczy zaproponował jako pierwszy model „przecinania i łączenia” w celu rozwizania problemu topologicznego replikacji DNA?

Meselson i Stahl

Delbruck

Kornberg

Watson i Crick

Pytanie 103

Jakie określenie opisuje taką aranżację topologiczną, która zapobiega rozdziałowi łańcuchów DNA podwójnej helisy bez jej rozwijania?

par anemiczna- oba łańcuchy mogą się rozdzielać przez odciąganie ich od siebie, bez konieczności rozwijania cząsteczek

plektonemiczna

helinemiczna

toponomeryczna

Pytanie 104

Problem topologiczny związany z replikacją DNA dotyczy którego z następujących zagadnień?

zablokowania miejsc replikacji DNA przez nukleosomy

udności związanych z syntezą DNA na nici opóźnionej

synchronizacji replikacji DNA z podziałem komórkowym

rozwijania podwójnej helisy i rotacji cząsteczki DNA

Pytanie 105

jakie nowe techniki badawcze znalazly zastosowanie w ustaleniu czasow rozpoczynania inicjacji replikacji DNA w roznych regionach chromosomow?

analiza mikromacierzy (str 498)

Pytanie 106

ktore bialka zapobiegaja degradacji lub reasocjacji jednoniciowego DNA w obrębie widełek replikacyjnych?

białka wiążace jednoniciowy DNA (str 484)

Pytanie 107

jakie aktywnosci nukleolityczne wykozystują polimarzy DNA w celu zapewnienia kontroli prawidlowosci dolaczania nukleotydow podczas syntezy DNA?

gzonukleazy 3' --> 5' ( str 480)

Pytanie 108

Która z ponizszych domen nie jest domena aktywujaca?

Domena poliglutaminowa.

Suwak leucynowy.

Domena poliprolinowa.

Domena kwasna.

Pytanie 109

Która z ponizszych sekwencji DNA podwyzsza poziom inicjaji i transpiracji i moze byc polozona w duzej odleglosci powyzej lub poniżej genu, który reguluje?

Wyciszacz.

Wzmacniacz.(enhancery)

Terminator.

ktywator.

Pytanie 110

Która z ponizszych sekwencji modulowych umozliwia regulacje transkrypcji w odpowiedzi na ogólne sygnaly z zewnatrz komórki?

Moduly regulatorów rozwoju.

Moduly komórkowo specyficzne.

Moduly represorów.

Moduly odpowiedzi

Pytanie 111

Która z ponizszych sekwencji modulowych NIE jest modulem konstytutywnym?

Blok GC.

Oktamer.

Blok CM T.

Sekwencja TATA.

Pytanie 112

Jakiego rodzaju modyfikacje polimerazy RNA II sa niezbędne do aktywacji kompleksu preinicjacyjnego

Metylacja.

Ubikwitynacja.

Fosforylacja.

Acetylacja

Pytanie 113

Pierwszym kompleksem białkowym, który u Eukaryola wiąże się z promotorem podstawowym genu kodującego białko, jest:

Podstawowy czynnik transkrypcyjny TFIIB

Polimeraza RNA II.

Podstawowy czynnik transkrypcyjny TFIIE

Podstawowy czynnik transkrypcyjny TFIID.

Pytanie 114

Która z metod identyfikacji nukleotydów istotnych dla wiązania białka stosuje się w testach zakłócania modyfikacji?

Kompleks DNA-bia/ko poddaje sie dzialaniu czynnika metylujacego, by wyznaczyc miejsce wiazania.

Kompleks DNA-bialko poddaje sie dzialaniu nukleazy, by rozszczepic niechronione wiazania fosfodiestrowe.

Bialko poddaje sie dzialaniu czynnika metylujacego przed zwiazaniem DNA

DNA poddaje sie dzialaniu czynnika metylujacego przed zwiazaniem bialka.

Pytanie 115

Która z poniższych technik, opartych na migracji fragmentów DNA w żelu w obecności lub przy braku bialek, wykorzystuje sie do identyfikacji białek wiążących DNA

Test ochrony przed nukleaza.

Analiza sladów.

Spektroskopia magnetycznego rezonansu jadrowego (NMR

Analiza spowolnienia migracji w zelu.

Pytanie 116

Która z poniższych domen wiążących DNA oddziałuje głównie z zasadami w mniejszym rowku podwójnej helisy?

Domena TBP.

Palec cynkowy.

Domena HTH

Domena zasadowa.

Pytanie 117

Która z poniższych NIE jest funkcja pełniona przez białka opiekuńcze w czasie fałdowania białek

Białka opiekuńcze określają trzeciorzędową strukturę białek.

Białka opiekuńcze osłaniają i chronią wyeksponowane regiony hydrofobowe białek

Białka opiekuńcze pomagają bialkom odnaleźć .prawidłową strukturę.

Białka opiekuńcze mogą stabilizować częściowo sfaldowane bialka i zapobiegać ich agregacji z innymi białkami.

Pytanie 118

Który z ponizej podanych powodów NIE jest powodem, dla którego bialka wymagaja pomocy w procesie faldowania w czasie translacji lub po denaturacji?

W czasie translacji czesciowo zsyntetyzowane bialko jest losowo zwiniete, co uniemozliwia mu sfaldowanie sie we wlasciwa strukture.

. Po denaturacji bialka moga tworzyc nierozpuszczalne agregaty, spowodowane niezdolnoscia schowania grup hydrofobowych przed czasteczkami wody.

W czasie translacji czesciowo zsyntetyzowane bialko moze sie zaczac niewlasciwie fałdować zanim zostanie zsyntetyzowane cale bialko

. Po denaturacji bialka moga tworzyc nierozpuszczalne agregaty, spowodowane niezdolnoscia schowania grup hydrofobowych przed czasteczkami wody.

Pytanie 119

W jaki sposób zachodzi terminacja translacji?

Rybosom zatrzymuje sie na kodonie terminacyjnym i katalizuje oddzielenie bialka od tRNA.

Czynnik uwalniajacy rozpoznaje kodon terminacyjny i wchodzi w miejsce A.

tRNA rozpoznajacy kodon terminacyjny wchodzi w miejsce P.

tRNA rozpoznajacy kodon terminacyjny wchodzi w miejsce A.

Pytanie 120

W jaki sposób zachodzi zmiana fazy odczytu w czasie translacji

Rybosom przeprowadza translacje czasteczki tRNA, która zawiera jeden dodatkowy nukleotyd lub brakuje w niej nukleotydu.

Rybosom konczy translacje na kodonie, który normalnie koduje aminokwas

Rybosom zatrzymuje sie w czasie translacji, przesuwa o jeden nukleotyd do przodu lub do tylu i potem kontynuuje translacje.

W czasie translacji czasteczki RNA rybosom pomija kodon.

Pytanie 121

Które stwierdzenia dotyczące roli białek ochronnych są poprawne?

wiążą się z rosnącymi łańcuchami polipeptydowymi

kompleks ADP-chaoperon ma duże powinowactwo do białek rozfałdowanych

są powolnie działającymi ATPazami

przykładem jest grupa białek szoku termicznego

umożliwiają na zwykle niedozwolone interakcje pomiędzy cząsteczkami

Pytanie 122

Które stwierdzenia dotyczące ekspresji genów u Eukaryota są poprawne?

w wielu białkach kontrolujących ekspresję genów, wiążących się specyficznie do….. „palca cynkowego”

aktywatory i represory działają poprzez zmianę szybkości tworzenia się kompleksu transkrypcyjnego

zaktywowane związanym hormonem receptory wiążą się ze specyficznymi sekwencjami…….”… elementami odpowiedzi na hormon”

większość genów Eukaryota znajduje się pod kontrolą jednego aktywatora i jednego represora

rejony chromosomów, w których aktywnie zachodzi transkrypcja nazywamy „pufami” …szczególnie zwartą strukturą DNA

geny w obrębie upakowanej chromatyny są aktywne

Pytanie 123

Przykładami przedtranslacyjnej kontroli ekspresji genów u Eukaryota są:

alternatywny splicing pre-mRNA, dzięki któremu powstają różne cząsteczki transkryptu

regulacja tworzenia się kompleksu inicjującego translację

glikozylacja i fosforylacja polipeptydów, aby mogły się stać funkcjonalnymi białkami

selektywne składanie aktywnych kompleksów transkrypcyjnych na ….

rozluźnienie struktury spakowanego DNA poprzez modyfikacje białek histonowych

selektywna degradacja cząsteczek mRNA

Pytanie 124

Telomery komórek Drosophila są podobne do której z niżej wymienionych struktur?

centromerów

mikrosatelitarnego DNA

retropozonów

)transpozonowego DNA

Pytanie 125

Które białko bierze udział w rozdzieleniu dwóch szczepionych chromosomów podczas terminacji replikacji DNA w komórkach E. coli?

Tus (Białko Tus po dołączeniu do sekwencji terminatorowej pozawala na przejście widełek posuwających się w jednym kierunku, natomiast stopuje te posuwające się przeciwnie. Tak więc umożliwa to zatrzymanie helikazy DnaB odpowiadającej za ruch widełek po matrycy DNA)

topoizomerazy IV (Olka 22: wydaje mi się , że 15.12 powinno byc

DnaB (ono bierze udział w przerywaniu wiązań wodorowych podczas inicjacji replikacji) b)polimeraza DNA

Pytanie 126

Które z wymienionych niżej enzymów usuwają w komórkach bakterii startery RNA obecne na początku każdego fragmentu Okazaki na nici opóźnionej?

polimeraza II DNA

ligaza DNA

polimeraza I DNA

RNaza H

Pytanie 127

Jakie rodzaje cząsteczek DNA ulegają kopiowaniu według metody obracającego się koła?

chromosomy drożdży

enomy mitochondrialne

chromosomy komórek bakterii

genomy niektórych bakteriofagów (np. λ)

Twój wynik: molekularna egzamin

Analiza