Hesoyam BioMol pt.2 1-14

Miejsce splicingowe 5’ jest ustawione w odpowiedniej pozycji dzięki parowaniu się zasad rejonu bogatego w pirymidyny, występującego w eksonie poprzedzającym intron i sekwencji przewodnika bogatej w puryny, która występuje w intronie.

Pre-rRNA zawiera specjalną „kieszeń” wiążącą kofaktor.

Kofaktor atakuje miejsce splicingowe 5’ i tworzy wiązanie fosfodiestrowe z końcem 5’ intronu.

Grupa 3’-OH eksonu 1 atakuje miejsce splicingowe 3’.

Pre-rRNA zawiera specjalną „kieszeń” wiążącą kofaktor.

Tylko dwa spośród trzech białkowych czynników uwalniających (RF1 i RF2) odpowiadają za rozpoznanie kodonów STOP

Za dysocjację rybosomu na podjednostki odpowiada czynnik RRF i translokaza, a proces ten wymaga hydrolizy GTP

Hydroliza peptydylo-tRNA zachodzi dzięki cząsteczce wody dostarczonej do rybosomu przez czynnik uwalniający

Czynnik RF3 jest GTPazą należącą do rodziny białek G

Hydroliza peptydylo-tRNA zachodzi dzięki cząsteczce wody

Białko TBP jest składnikiem czynnika transkrypcyjnego TFIID, który rozpoczyna proces inicjacji transkrypcji

Asymetria kompleksu TBP/DNA jest istotna w precyzyjnym określeniu miejsca startu transkrypcji i jej kierunku

Związanie TBP wywołuje w DNA duże zmiany konformacyjne prowadzące m.in. do zgięcia DNA

Związanie TBP wywołuje w DNA duże zmiany konformacyjne prowadzące m.in. do poszerzenia małego rowka DNA

Promotory rozpoznawane przez polimerazę RNA II znajdują się od strony 5’ w stosunku do początku transkrypcji

Czynnik TFIIF jest helikazą zależną od GTP i rozpoczyna rozplatanie DNA, przygotowując matrycę do oddziaływania z polimerazą RNA II

Inhibitorem reakcji poliadenylacji jest kordycepina, czyli 3'- deoksyadenozyna

mRNA pozbawiony ogona poli(A) może nie ulegać wydajnej translacji

Długość życia mRNA zależy w pewnym stopniu od szybkości degradacji ogona poli(A)

Za syntezę ogona poli(A) odpowiedzialna jest polimeraza poli(A)

Poliadenylacja zwiększa stabilność cząsteczki mRNA

Pierwotne transkrypty eukariontów są rozcinane przez specyficzną nukleazę kompleksu rozpoznającego sekwencję AAUAAA

Donorem reszt A jest 5’-trifosforan ryboadenozyny

Większość eukariotycznych mRNA ma na końcu 3’ ogon zbudowany z 5'-monofosforanów ryboadenozyny

Typowy i akceptowalny poziom błędów syntetaz aminoacylo-tRNA wynosi mniej niż 1 błąd na 10^4 włączanych aminokwasów

Aminoacylo-tRNA może podlegać edycji przez syntetazę bez oddysocjowania substratu od enzymu

Inkubacja Ser-tRNA^Thr z syntetazą treonylo-tRNA doprowadzi do hydrolizy tego aminoacylo-tRNA

Inkubacja Thr-tRNASer z syntetazą serylo-tRNA doprowadzi do hydrolizy tego aminoacylo-tRNA.

Mimo iż Tyr różni się od Phe tylko obecnością jednej grupy hydroksylowej, syntetaza tyrozyno tRNA odróżnia tę… że posiadają aktywność korekcyjną.

W centrach hydrolitycznych syntetaz usuwane są produkty acylacji, które są zbyt małe w porównaniu z docelowym aminoacylo-tRNA co zwiększa wierność procesu translacji

α-amanityna jest oktapeptydem zawierającym kilka modyfikowanych aminokwasów

Polimeraza RNA III jest wrażliwa jedynie na duże stężenia α-amanityny

Aktynomycyna D wykazuje zdolność blokowania wzrostu szybko dzielących się komórek, dlatego wykorzystuje się ją w leczeniu niektórych nowotworów

Ryfampicyna blokuje kanał w centrum aktywnym polimerazy RNA i hamuje inicjację syntezy RNA na etapie tworzenia się pierwszych wiązań fosfodiestrowych

Bakteriofag zostaje uwolniony z chromosomu bakteryjnego w wyniku oddziaływania represora λ z kompleksem ssDNA-recA powstałym po uszkodzeniu DNA

Rolą białek N i Q jest zniesienie blokady transkrypcji genów kodujących białka odpowiedzialne za rekombinację i wejście w fazę lityczną.

Rolą białek N i Q jest blokada terminacji genów kodujących białka główki i ogonka, czyli zapobieganie przedwczesnej terminacji.

Bakteriofagowe białko Cro wiąże się do miejsca operatorowego OR3 z najwyższym powinowactwem, zapobiegając w ten sposób transkrypcji genu cI

Podczas fazy lizogenicznej bakteriofagowy DNA występuje w postaci profaga

W bakterii lizogenicznej z genomu bakteriofaga ekspresji podlega tylko represor λ (gen cI).

Transkrypcja operonu Trp jest regulowana między innymi przez miejsce kontrolowanej terminacji transkrypcji, wchodzące w skład odcinka liderowego RNA

Liderowy mRNA koduje krótki peptyd pełniący funkcję regulatorową jako czynnik działający w układzie cis

Transkrypt operonu tryptofanowego koduje 5 enzymów przekształcających choryzmian w tryptofan

Tryptofan pełni rolę korepresora, wpływając w ten sposób hamująco na własną syntezę

Transkrypt operonu tryptofanowego koduje enzymy uczestniczące w syntezie (lub biosyntezie) tryptofanu

W przypadku niedoboru tryptofanylo-tRNA, rybosom zatrzymuje się ("utyka") na kodonach kodujących tryptofan

W przypadku wysokiego stężenia tryptofanu w komórce represor zostaje wysycony Trp, tworząc kompleks represor-Trp, który wiąże się do miejsca operatorowego, co prowadzi do represji transkrypcji liderowego mRNA

Poziom Trp-tRNA monitorowany jest podczas translacji peptydu liderowego

Alternatywna struktura (spinka) liderowego mRNA "antyterminacja" umożliwia polimerazie RNA kontynuowanie transkrypcji policistronowego mRNA

W przypadku mutacji syntetazy tryptofano tRNATrp obniżający znacząco jej aktywność ma miejsce wyraźne podwyższenie poziomu ekspresji genomów struktury operonu

Podczas splicingu tworzy się struktura rozgałęziona w kształcie lassa

Podczas procesu splicingu omawianego typu zachodzą dwie reakcje transestryfikacji

Koniec 3’-OH eksonu 1 atakuje atom fosforu pomiędzy intronem A i eksonem 2

Grupa 2’-OH reszty adenylowej intronu A atakuje atom fosforu w wiązaniu fosfodiestrowym w miejscu splicingowym 5’

Oddysocjowanie niewłaściwego aminoacylo-tRNA od rybosomu możliwe jest tak długo, jak odpowiedni czynnik elongacyjny, który dostarczył ten aminoacylo-tRNA do rybosomu, pozostaje związany z GTP

Oddysocjowanie niewłaściwego aminoacylo-tRNA od rybosomu wymaga hydrolizy GTP przez odpowiedni czynnik białkowy.

Atak nukleofilowy grupy aminowej aminoacylo-tRNA na atom węgla wiązania acyloestrowego peptydylo-tRNA powoduje utworzenie kolejnego wiązania peptydowego.

W obecności kompleksu EF-G/GTP, peptydylo-tRNA jest związany z miejscem A rybosomu

W obecności kompleksu EF-G/GDP, peptydylo-tRNA jest związany z miejscem P rybosomu

Czynnik EF-Ts pełni podczas translacji analogiczną rolę jak zaktywowany receptor błonowy o siedmiu helisach w przekazywaniu sygnału przez klasyczne białka G

Za przemieszczenie transkryptu względem aminoacylo-tRNA, EF-G i peptydylo-tRNA odpowiedzialny jest czynnik białkowy zwany translokazą

Czynnik EF-Tu dostarcza aminoacylo-tRNA do rybosomu

Czynnik EF-Tu wiąże się z każdym aminoacylo-tRNA oprócz fMet-tRNAi

W zależności od fazy elongacji, peptydylo-tRNA jest związany z miejscem P lub A rybosomu

fMet-tRNA zajmuje miejsce P (jako jedyne)

Czynnik EF-Tu należy do tzw. małych białek G.

Delecja odcinka kodującego sekwencje Shine-Delgarmo prowadzi do spadku wydajności translacyjnej danego genu

Mutacja w rejonie bogatym w pirymidyny poprzedzającym kodon START zmieniająca je na szereg puryn prowadzi najprawdopodobniej do wzrostu wydajności translacyjnej danego genu

Mutacja w rejonie bogatym w puryny poprzedzającym kodon START zmieniająca je na szereg pirymidyn prowadzi najprawdopodobniej do spadku wydajności translacyjnej danego genu

Transkrypt może zawierać więcej niż jedno miejsce startu translacji

Transkrypt zawsze jest policistronowy

Wybór miejsca startu translacji zależy od oddziaływania regionu 5’-UTR (untranslated region) transkryptu z rybosomem

Do prawidłowego rozpoznania właściwego kodonu START, wchodzącego w skład sekwencji Kozak, wymagane jest skanowanie transkryptu począwszy od jego końca 5’ za pomocą kompleksu inicjacyjnego 40S

Prawie zawsze wybierany jest pierwszy kodon AUG od końca 5’ cząsteczki mRNA

Transkrypt zwykle jest monocistronowy

Jeśli w pierwszej pozycji antykodonu znajduje się inozyna, to może ona parować z adeniną, uracylem lub cytozyną w trzeciej pozycji kodonu. Podobnie, możliwe jest parowanie guaniny z uracylem w podanych powyżej pozycjach kodonu i antykodonu. Pary A-U oraz G-C mogą występować niezależnie od pozycji zasady kodonu i antykodonu

Dany antykodon może być rozpoznawany przez nie więcej niż trzy kodony

IPTG jest induktorem ekspresji wszystkich enzymów kodowanych przez ten operon

Wszystkie geny struktury podlegają wspólnej ekspresji w postaci policistronowego transkryptu

W skład tego operonu wchodzą między innymi trzy geny struktury – gen β-galaktozydazy, permeazy galaktozydowej i acetylotransferazy tiogalaktozydowej

Bezpośrednim induktorem operonu laktozowego jest 1,6-allolaktoza

X-Gal jest substratem dla jednego z enzymów kodowanych przez ten operon